<div dir="ltr"><div><div><div><div>Many thanks for this nice joint investigation work!<br><br>There certainly still are things to check and tweak to get the package run smoothly and robustly on Mac (and Windows), but this is a great advance!<br>
</div><br>Coming next:<br><br>  * a README file with instructions on how to build/install on these platforms. I will post it here as well for comments.<br><div>  * start another thread on rcppoctave-user to discuss Mac-specific development and make information more easily accessible<br>
</div>  * I want to update the version on CRAN with some other fixes, and will do so keeping the Unix-only flag in the DESCRIPTION file, so that I don't need to wait for the Windows/Mac building machines to get Octave-geared.<br>
</div></div>  * the cross-platform capabilities development will carry on and be available from the develop/ branch  on github (+ r-forge and myCRAN). Any further contribution to achieving this aim are obviously welcomed ;)<br>
<br></div><div><br></div>Bests,<br><div><div>Renaud<br><br></div><div>PS: ABI also means Acquired Brain Injury, which somehow makes sense in the case of malfunctioning C++ libraries as well...<br></div><div><div><br></div>
</div></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 11 October 2013 06:51, Dominick Samperi <span dir="ltr"><<a href="mailto:djsamperi@gmail.com" target="_blank">djsamperi@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">A few additional close out notes:<div>1. It turns out that Apple (and Homebrew) no longer support Fortran, so</div>
<div>    I had to specify an external Fortran compiler and options:</div><div>
$ export F77="/usr/local/bin/gfortran -arch x86_64"</div><div>$ brew install octave --default-fortran-flags "-O2"</div><div>2. The fortran compiler can be obtained from AT&T (Simon Urbenek).</div>

<div>3. I think the build uses clang/clang++ and not gcc/g++</div><div>   (because Apple no longer supports the latter), so there</div><div>   is the potential for ABI problems when this version of</div>
<div>   Octave is used with RcppOctave.</div><div>4. I think brew can be instructed to use gcc/g++ by</div><div>   setting CC and CXX.</div></div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">

On Thu, Oct 10, 2013 at 11:26 PM, Steve Lianoglou <span dir="ltr"><<a href="mailto:lianoglou.steve@gene.com" target="_blank">lianoglou.steve@gene.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

Just to close this out (for posterity again).<br>
<br>
Dominick had pointed out to me off list that the octave formula isn't<br>
in the default homebrew install, and to get it you've got to "tap"<br>
their science repository by following the instructions here:<br>
<br>
<a href="https://github.com/Homebrew/homebrew-science" target="_blank">https://github.com/Homebrew/homebrew-science</a><br>
<br>
I had forgotten that I added those a while ago, so thanks again Dominick!<br>
<span><font color="#888888"><br>
-steve<br>
</font></span><div><div><br>
On Thu, Oct 10, 2013 at 12:44 PM, Steve Lianoglou<br>
<<a href="mailto:lianoglou.steve@gene.com" target="_blank">lianoglou.steve@gene.com</a>> wrote:<br>
> Hi,<br>
><br>
> On Thu, Oct 10, 2013 at 12:26 PM, Dominick Samperi <<a href="mailto:djsamperi@gmail.com" target="_blank">djsamperi@gmail.com</a>> wrote:<br>
>> The problem here is that Mac Ports installs a very old version of Octave.<br>
>> Installing the latest version (3.6.4) from source seems to resolve the<br>
>> issue. At least .O$version() works!<br>
>><br>
>> Installing Octave from source under MacOS takes some work due<br>
>> to many dependencies, and the need for work-arounds for Apple<br>
>> changes and deprecated features. See, for example:<br>
>> <a href="http://wiki.octave.org/Octave_for_Mac" target="_blank">http://wiki.octave.org/Octave_for_Mac</a><br>
><br>
> Nice work!<br>
><br>
> For the sake of future wanderers landing on this thread via google,<br>
> these days the "preferred" package manager on OSX seems to be<br>
> homebrew:<br>
><br>
> <a href="http://brew.sh" target="_blank">http://brew.sh</a><br>
><br>
> It's so good, Simon Urbanek doesn't hate it, yet ... which is not to<br>
> say that he endorses it ;-)<br>
><br>
> <a href="https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-mac/2013-September/010303.html" target="_blank">https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-mac/2013-September/010303.html</a><br>
><br>
> They've also got the latest octave on tap:<br>
><br>
>   $ brew info octave | head -n2<br>
>   octave: stable 3.6.4<br>
>   <a href="http://www.gnu.org/software/octave/index.html" target="_blank">http://www.gnu.org/software/octave/index.html</a><br>
><br>
> HTH,<br>
> -steve<br>
><br>
> --<br>
> Steve Lianoglou<br>
> Computational Biologist<br>
> Bioinformatics and Computational Biology<br>
> Genentech<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
Steve Lianoglou<br>
Computational Biologist<br>
Bioinformatics and Computational Biology<br>
Genentech<br>
</div></div></blockquote></div><br></div></div></div></blockquote></div><br></div>