<div dir="ltr">A few additional close out notes:<div style>1. It turns out that Apple (and Homebrew) no longer support Fortran, so</div><div style>    I had to specify an external Fortran compiler and options:</div><div style>
$ export F77="/usr/local/bin/gfortran -arch x86_64"</div><div style>$ brew install octave --default-fortran-flags "-O2"</div><div style>2. The fortran compiler can be obtained from AT&T (Simon Urbenek).</div>
<div style>3. I think the build uses clang/clang++ and not gcc/g++</div><div style>   (because Apple no longer supports the latter), so there</div><div style>   is the potential for ABI problems when this version of</div>
<div style>   Octave is used with RcppOctave.</div><div style>4. I think brew can be instructed to use gcc/g++ by</div><div style>   setting CC and CXX.</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">
On Thu, Oct 10, 2013 at 11:26 PM, Steve Lianoglou <span dir="ltr"><<a href="mailto:lianoglou.steve@gene.com" target="_blank">lianoglou.steve@gene.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Just to close this out (for posterity again).<br>
<br>
Dominick had pointed out to me off list that the octave formula isn't<br>
in the default homebrew install, and to get it you've got to "tap"<br>
their science repository by following the instructions here:<br>
<br>
<a href="https://github.com/Homebrew/homebrew-science" target="_blank">https://github.com/Homebrew/homebrew-science</a><br>
<br>
I had forgotten that I added those a while ago, so thanks again Dominick!<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
-steve<br>
</font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On Thu, Oct 10, 2013 at 12:44 PM, Steve Lianoglou<br>
<<a href="mailto:lianoglou.steve@gene.com">lianoglou.steve@gene.com</a>> wrote:<br>
> Hi,<br>
><br>
> On Thu, Oct 10, 2013 at 12:26 PM, Dominick Samperi <<a href="mailto:djsamperi@gmail.com">djsamperi@gmail.com</a>> wrote:<br>
>> The problem here is that Mac Ports installs a very old version of Octave.<br>
>> Installing the latest version (3.6.4) from source seems to resolve the<br>
>> issue. At least .O$version() works!<br>
>><br>
>> Installing Octave from source under MacOS takes some work due<br>
>> to many dependencies, and the need for work-arounds for Apple<br>
>> changes and deprecated features. See, for example:<br>
>> <a href="http://wiki.octave.org/Octave_for_Mac" target="_blank">http://wiki.octave.org/Octave_for_Mac</a><br>
><br>
> Nice work!<br>
><br>
> For the sake of future wanderers landing on this thread via google,<br>
> these days the "preferred" package manager on OSX seems to be<br>
> homebrew:<br>
><br>
> <a href="http://brew.sh" target="_blank">http://brew.sh</a><br>
><br>
> It's so good, Simon Urbanek doesn't hate it, yet ... which is not to<br>
> say that he endorses it ;-)<br>
><br>
> <a href="https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-mac/2013-September/010303.html" target="_blank">https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-mac/2013-September/010303.html</a><br>
><br>
> They've also got the latest octave on tap:<br>
><br>
>   $ brew info octave | head -n2<br>
>   octave: stable 3.6.4<br>
>   <a href="http://www.gnu.org/software/octave/index.html" target="_blank">http://www.gnu.org/software/octave/index.html</a><br>
><br>
> HTH,<br>
> -steve<br>
><br>
> --<br>
> Steve Lianoglou<br>
> Computational Biologist<br>
> Bioinformatics and Computational Biology<br>
> Genentech<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
Steve Lianoglou<br>
Computational Biologist<br>
Bioinformatics and Computational Biology<br>
Genentech<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>