I am not running R's cor(..) function. I am calling arma::cor(...) on two vectors. I cannot use R's function, because I have some nested loops and extra steps before calculating Pearson's correlation.<br><br>The only thing I am providing in R is the matrix with values and matrix with zeros and ones where missings are.<br>
Now in ArmadilloRcpp I need to select rows with values.<br><br>The problem is that given arma::mat x and arma::colvec rowind, I cannot select value in this way<br>colvec col = x(rowind,i);<br><br>So forget about correlations, there are more steps. The problem is how to select with Armadillo values in rows from specific column.<br>
<br>Lets say colvec col = { 1,1,1,1,0,1}<br>and I want to select only values where there is 1 from column "i" of arma::mat x<br><br>I hope it became clear, that this is not related to correlations, but how to select values (without missings).<br>
<br><div class="gmail_quote">On 9 October 2012 19:43, Douglas Bates <span dir="ltr"><<a href="mailto:bates@stat.wisc.edu" target="_blank">bates@stat.wisc.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
By the way, how are you calculating this correlation in R?  Are you<br>
using the cor function?<br>
<br>
I'm confused because the cor function in R does a bit of bookkeeping<br>
then calls a C function using .Internal.  It seems unlikely to me that<br>
one could make a C++/Rcpp function run much faster.<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br></div></div></blockquote></div>