<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#3333FF">
    I would suggest using the eigen library, Rccp has an interface to
    this. Alternately, you could link to the boost graph library.<br>
    <br>
    +glenn<br>
    <br>
    On 06/24/2012 06:12 PM, Søren Højsgaard wrote:
    <blockquote
      cite="mid:7E8037094A0C2146AA3E6F94DAE621C307DAF87C@AD-EXCHMBX2-1.aau.dk"
      type="cite">
      <pre wrap="">Dear list

I have code for graph operations where I represent graphs as adjacency matrices (matrices with 0's and 1's). When graphs grow large storing all the 0's becomes uneconomical, so I want to use sparse matrices (from the Matrix package) for large graphs instead. Simple indexing operations like M[i,j] however are very slow, so I wonder if there are ways of dealing with sparse matrices (and rapid indexing) in the Rcpp framework. Apologies if I have overlooked posts on this topic.

Regards
Søren
_______________________________________________
Rcpp-devel mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Rcpp-devel@lists.r-forge.r-project.org">Rcpp-devel@lists.r-forge.r-project.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/rcpp-devel">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/rcpp-devel</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
    <pre class="moz-signature" cols="66">-- 
-----------------------------------
It is difficult to find a black cat in a dark room,
especially if there is no cat.
  -- Chinese proverb

  Dr. Glenn Lawyer                    
  +352 661 967 244              
  Max-Planck-Institut für Informatik
  Computational Biology and Applied Algorithmics
  Campus E1 4
  66123 Saarbrücken, Germany
  <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://bioinf.mpi-inf.mpg.de/~lawyer">http://bioinf.mpi-inf.mpg.de/~lawyer</a>

</pre>
  </body>
</html>