
<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi,<div><br></div><div>I've got some issues by using the copy constructor of the S4 class.</div><div><br></div><div>I want to make a copy of a S4 object but it looks like the copy constructor returns a reference instead of a new instance of the S4 class.</div><div><br></div><div>I made a dummy example to illustrate my problem:</div><div><br></div><div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; color: rgb(0, 130, 18); ">##############################################################</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">setClass(</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; color: rgb(207, 49, 37); "><span style="color: #000000">  Class=</span>"ResultObject"<span style="color: #000000">,</span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">  representation=representation(</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">    data = <span style="color: #cf3125">"numeric"</span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">  ),</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">  prototype=prototype(</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">    data = numeric(<span style="color: #2934d5">0</span>)</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">  )</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">)</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; color: rgb(0, 130, 18); ">##############################################################</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; min-height: 13px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; color: rgb(0, 130, 18); ">##############################################################</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">setClass(</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; color: rgb(207, 49, 37); "><span style="color: #000000">  Class=</span>"TestObject"<span style="color: #000000">,</span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">  representation=representation(</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">    size = <span style="color: #cf3125">"numeric"</span>,</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">    results = <span style="color: #cf3125">"ResultObject"</span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">  ),</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">  prototype=prototype(</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">    size = numeric(<span style="color: #2934d5">0</span>),</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">    results = new(<span style="color: #cf3125">"ResultObject"</span>)</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">  )</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">)</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; color: rgb(0, 130, 18); ">##############################################################</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; min-height: 13px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; min-height: 13px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; min-height: 13px; "><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(0, 130, 18); ">##############################################################</span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">src <- <span style="color: #2934d5">'  </span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">  Rcpp::S4 obj(S4Object);</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; color: rgb(0, 130, 18); "><span style="color: #000000">  </span>// get the size</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">  int n = obj.slot(<span style="color: #cf3125">"size"</span>);</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; color: rgb(0, 130, 18); "><span style="color: #000000">  </span>// get a copy of the ResultObject by calling the copy constructor </div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; color: rgb(0, 130, 18); "><span style="color: #000000">  </span>// --> but here it looks like a reference not a copy ?</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">  Rcpp::S4 res(obj.slot(<span style="color: #cf3125">"results"</span>));</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; min-height: 13px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; color: rgb(0, 130, 18); "><span style="color: #000000">  </span>// if size is greater than create a list of results</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">  if ( n > <span style="color: #2934d5">1</span> ){</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; color: rgb(0, 130, 18); "><span style="color: #000000">    </span>// create a new list</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">    Rcpp::List resList(n);</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; color: rgb(0, 130, 18); "><span style="color: #000000">    </span>// loop over the results</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">    for (int i=<span style="color: #2934d5">0</span>; i<n; i++ ){</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; color: rgb(0, 130, 18); "><span style="color: #000000">      </span>// save results into the S4 object</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">      res.slot(<span style="color: #cf3125">"data"</span>) = i;</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; color: rgb(0, 130, 18); "><span style="color: #000000">      </span>// copy the S4 object into the list -->  so it looks like a copy of a reference here...</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">      resList[i]=res;</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">    }</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; color: rgb(0, 130, 18); "><span style="color: #000000">    </span>// set the list to our S4 object</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">    obj.slot(<span style="color: #cf3125">"results"</span>) = resList;</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">  }</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; color: rgb(0, 130, 18); "><span style="color: #000000">  </span>// otherwise store only one result</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">  else if ( n == <span style="color: #2934d5">1</span> ){</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">    res.slot(<span style="color: #cf3125">"data"</span>) = <span style="color: #2934d5">1</span>;</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">     obj.slot(<span style="color: #cf3125">"results"</span>) = res;</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">  }</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; color: rgb(0, 130, 18); "><span style="color: #000000">  </span>// return the S4 object</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">  return obj;</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; color: rgb(41, 52, 213); ">'</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; min-height: 13px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">testList <- cxxfunction(signature(S4Object=<span style="color: #cf3125">"TestObject"</span>), src, plugin = <span style="color: #cf3125">"Rcpp"</span>)</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; min-height: 13px; "><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(0, 130, 18); ">##############################################################</span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; min-height: 13px; "><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(0, 130, 18); "><br></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; color: rgb(0, 130, 18); "># test with 3 elements</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; color: rgb(0, 130, 18); "># all data slot will contain the same value, that's not what we expect</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">test1<-new(<span style="color: #cf3125">"TestObject"</span>, size=<span style="color: #2934d5">3</span>)</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">testList(test1)</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; min-height: 13px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; color: rgb(0, 130, 18); "># test with only one element</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">test2<-new(<span style="color: #cf3125">"TestObject"</span>, size=<span style="color: #2934d5">1</span>)</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 11px/normal Menlo; ">testList(test2)</div></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>Any idea how to make a copy of a S4 object?</div><div><br></div><div>R�mi</div><div><br></div><div><br></div><br><br><div>

<font face="Courier New" size="3">

R�mi Lebret<br>

Ing�nieur de recherche CNRS<br>

Laboratoire de math�matiques de Lille1 - UMR 8524<br>

Batiment M3 - Bureau 322<br>

Tel: 03 20 43 67 82<br>

<a href="mailto:remi.lebret@math.univ-lille1.fr">remi.lebret@math.univ-lille1.fr</a><br>

</font>


</div>

<br></body></html>