<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Hi Dan,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Thank you for sending your files. I made some corrections to your script, below:</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">baseimage <- 'AndN' </div>
<div class="">rdata <- 'rcicr.Rdata' </div>
<div class="">responsedata <- read.csv('rcicrdata.csv')</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">ci <- generateCI2IFC(responsedata$Face_All, responsedata$correct, baseimage, rdata)</div>
<div class="">cis <- batchGenerateCI2IFC(responsedata, 'subject_nr', 'Face_All', 'correct', baseimage, rdata)</div>
<div class="">cis <- batchGenerateCI2IFC(responsedata, 'Emotion', 'Face_All', 'correct', baseimage, rdata)</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">The rdata filename did not correspond to the name of the rdata file that you sent me, but this might be unrelated to your issues if you renamed it before sending to me. Besides that, the generateCI2IFC function takes as first parameters the actual
 column vectors of the data frame, not the column names. I could not find an error in the first batchGenerateCI2IFC and it runs fine for me. In the second call, ‘Emotion’ had to be the second parameter, not the fourth.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Hope this works.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Best,</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Ron</div>
<div apple-content-edited="true" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
________________________________</div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Dr. Ron Dotsch</div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<br class="">
</div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div class="">Utrecht University</div>
<div class="">Social and Organizational Psychology (Room E2.22)</div>
<div class=""><br class="">
Website: <a href="http://ron.dotsch.org" class="">http://ron.dotsch.org</a><br class="">
<br class="">
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br class="">
<div>
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Nov 15, 2014, at 09:43, Dotsch, R. (Ron) <<a href="mailto:R.Dotsch@uu.nl" class="">R.Dotsch@uu.nl</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Dear Dan,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Here too, I still need to work on more user friendly error messages. Based on your description, it seems like rcicr can’t find the .Rdata file. Is this file in your current working directory? And are you sure the label you used for base image
 is correct (case sensitive)?</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">For the last command the problem is that the parameters ‘Emotion’ should precede ‘Face_All’, assuming that Emotion is the column by which you wat to split the data.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">If that’s not the problem, could you send me the .Rdata file and your .csv file to debug? Please do so off list.</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Best,</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Ron <br class="">
<div apple-content-edited="true" class="">
<div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
________________________________</div>
<div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Dr. Ron Dotsch</div>
<div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<br class="">
</div>
<div style="letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div class="">Utrecht University</div>
<div class="">Social and Organizational Psychology (Room E2.22)</div>
<div class=""><br class="">
Website: <a href="http://ron.dotsch.org/" class="">http://ron.dotsch.org</a><br class="">
<br class="">
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br class="">
<div class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On Nov 15, 2014, at 02:17, Daniel Albohn <<a href="mailto:d.albohn@gmail.com" class="">d.albohn@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Hello all,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">I apologize for not being too proficient in this package, but I am running into some additional errors while trying to compute classification images. I’ve reproduced the script and errors below. I’ve tried every iteration for producing CIs, but
 get an error for every one (errors bolded). Any help in figuring out how to remedy this issue would be greatly appreciated.</div>
<blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;" class="">
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">> library(rcicr)</div>
<div class="">> baseimage <- ‘AndN’ #What I named the image when producing the stim</div>
<div class="">> rdata <- 'rcicrRC2.Rdata’ #Name of my data file computed while making the images</div>
<div class="">> responsedata <- read.csv('rcicrdata.csv’)</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">> ci <- generateCI2IFC(responsedata, 'Face_All', 'correct', baseimage, rdata)</div>
<div class="">  <b class=""> Error in readChar(con, 5L, useBytes = TRUE) : cannot open the connection</b></div>
<div class=""><b class="">   In addition: Warning message:</b></div>
<div class=""><b class="">   In readChar(con, 5L, useBytes = TRUE) :</b></div>
<div class=""><b class="">   cannot open compressed file 'AndN', probable reason 'No such file or directory’</b></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">> cis <- batchGenerateCI2IFC(responsedata, 'subject_nr', 'Face_All', 'correct', baseimage, rdata)</div>
<div class="">  <b class=""> Error in matlab::zeros(length(names(cis)), 2) : </b></div>
<div class=""><b class="">  dimensions must be a positive quantity</b></div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">> cis <- batchGenerateCI2IFC(responsedata, 'Face_All', 'correct','Emotion', baseimage, rdata)</div>
<div class="">   <b class="">Error in stimuli_params[[baseimage]][stimuli, ] : </b></div>
<div class=""><b class="">   only 0's may be mixed with negative subscripts</b></div>
</blockquote>
<div class="">
<div class=""><br class="webkit-block-placeholder">
</div>
<div class="">Best,</div>
<div class="">Dan</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Daniel Albohn<span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;">
</span><br class="">
<a href="mailto:d.albohn@gmail.com" class="">Email</a>  | (484)332-7688<br class="">
</div>
<br class="">
</div>
</div>
_______________________________________________<br class="">
Rcicr-users mailing list<br class="">
<a href="mailto:Rcicr-users@lists.r-forge.r-project.org" class="">Rcicr-users@lists.r-forge.r-project.org</a><br class="">
<a href="http://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/rcicr-users" class="">http://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/rcicr-users</a><br class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</div>
_______________________________________________<br class="">
Rcicr-users mailing list<br class="">
<a href="mailto:Rcicr-users@lists.r-forge.r-project.org" class="">Rcicr-users@lists.r-forge.r-project.org</a><br class="">
http://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/rcicr-users<br class="">
</div>
</blockquote>
</div>
<br class="">
</div>
</body>
</html>