[Pomp-commits] r890 - www/vignettes
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Tue Mar 11 14:23:39 CET 2014
Author: kingaa
Date: 2014-03-11 14:23:39 +0100 (Tue, 11 Mar 2014)
New Revision: 890
Modified:
www/vignettes/intro_to_pomp.R
www/vignettes/intro_to_pomp.Rnw
www/vignettes/intro_to_pomp.pdf
Log:
- put in note regarding necessity of using compiled codes
Modified: www/vignettes/intro_to_pomp.R
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--- www/vignettes/intro_to_pomp.R 2014-03-10 13:38:56 UTC (rev 889)
+++ www/vignettes/intro_to_pomp.R 2014-03-11 13:23:39 UTC (rev 890)
@@ -110,7 +110,7 @@
###################################################
-### code chunk number 9: intro_to_pomp.Rnw:326-327 (eval = FALSE)
+### code chunk number 9: intro_to_pomp.Rnw:327-328 (eval = FALSE)
###################################################
## plot(gompertz,variables="Y")
@@ -239,13 +239,13 @@
###################################################
-### code chunk number 21: intro_to_pomp.Rnw:465-466 (eval = FALSE)
+### code chunk number 21: intro_to_pomp.Rnw:466-467 (eval = FALSE)
###################################################
## as(gompertz,"data.frame")
###################################################
-### code chunk number 22: intro_to_pomp.Rnw:470-473 (eval = FALSE)
+### code chunk number 22: intro_to_pomp.Rnw:471-474 (eval = FALSE)
###################################################
## obs(gompertz)
## obs(gompertz,"Y")
@@ -253,40 +253,40 @@
###################################################
-### code chunk number 23: intro_to_pomp.Rnw:476-477 (eval = FALSE)
+### code chunk number 23: intro_to_pomp.Rnw:477-478 (eval = FALSE)
###################################################
## time(gompertz) <- 1:10
###################################################
-### code chunk number 24: intro_to_pomp.Rnw:480-482 (eval = FALSE)
+### code chunk number 24: intro_to_pomp.Rnw:481-483 (eval = FALSE)
###################################################
## timezero(gompertz)
## timezero(gompertz) <- -10
###################################################
-### code chunk number 25: intro_to_pomp.Rnw:485-487 (eval = FALSE)
+### code chunk number 25: intro_to_pomp.Rnw:486-488 (eval = FALSE)
###################################################
## time(gompertz,t0=TRUE)
## time(gompertz,t0=T) <- seq(from=0,to=10,by=1)
###################################################
-### code chunk number 26: intro_to_pomp.Rnw:490-491 (eval = FALSE)
+### code chunk number 26: intro_to_pomp.Rnw:491-492 (eval = FALSE)
###################################################
## window(gompertz,start=3,end=20)
###################################################
-### code chunk number 27: intro_to_pomp.Rnw:495-497 (eval = FALSE)
+### code chunk number 27: intro_to_pomp.Rnw:496-498 (eval = FALSE)
###################################################
## coef(gompertz)
## coef(gompertz,c("sigma","tau")) <- c(1,0)
###################################################
-### code chunk number 28: intro_to_pomp.Rnw:501-503 (eval = FALSE)
+### code chunk number 28: intro_to_pomp.Rnw:502-504 (eval = FALSE)
###################################################
## states(gompertz)
## states(gompertz,"X")
@@ -307,32 +307,32 @@
###################################################
-### code chunk number 30: intro_to_pomp.Rnw:542-543
+### code chunk number 30: intro_to_pomp.Rnw:543-544
###################################################
coef(gompertz) <- c(r=0.1,K=1,tau=0.1,sigma=0.1,X.0=1)
###################################################
-### code chunk number 31: intro_to_pomp.Rnw:546-547
+### code chunk number 31: intro_to_pomp.Rnw:547-548
###################################################
coef(gompertz)
###################################################
-### code chunk number 32: intro_to_pomp.Rnw:550-552
+### code chunk number 32: intro_to_pomp.Rnw:551-553
###################################################
coef(gompertz,transform=TRUE) <- c(r=log(0.1),K=0,tau=log(0.1),
sigma=log(0.1),X.0=0)
###################################################
-### code chunk number 33: intro_to_pomp.Rnw:555-556
+### code chunk number 33: intro_to_pomp.Rnw:556-557
###################################################
coef(gompertz,transform=TRUE)
###################################################
-### code chunk number 34: intro_to_pomp.Rnw:559-560
+### code chunk number 34: intro_to_pomp.Rnw:560-561
###################################################
coef(gompertz)
@@ -351,13 +351,13 @@
###################################################
-### code chunk number 36: intro_to_pomp.Rnw:580-581 (eval = FALSE)
+### code chunk number 36: intro_to_pomp.Rnw:581-582 (eval = FALSE)
###################################################
## demo(gompertz)
###################################################
-### code chunk number 37: intro_to_pomp.Rnw:608-611
+### code chunk number 37: intro_to_pomp.Rnw:609-612
###################################################
pompExample(gompertz)
theta <- coef(gompertz)
@@ -465,7 +465,7 @@
###################################################
-### code chunk number 41: intro_to_pomp.Rnw:685-686 (eval = FALSE)
+### code chunk number 41: intro_to_pomp.Rnw:686-687 (eval = FALSE)
###################################################
## theta.true <- coef(gompertz)
## theta.mif <- apply(sapply(mf,coef),1,mean)
@@ -924,7 +924,7 @@
###################################################
-### code chunk number 69: intro_to_pomp.Rnw:1120-1121
+### code chunk number 69: intro_to_pomp.Rnw:1121-1122
###################################################
fits
@@ -1109,7 +1109,7 @@
###################################################
-### code chunk number 77: intro_to_pomp.Rnw:1266-1267
+### code chunk number 77: intro_to_pomp.Rnw:1267-1268
###################################################
apply(fvals,2,function(x)sd(x)/mean(x))
@@ -1151,7 +1151,7 @@
###################################################
-### code chunk number 80: intro_to_pomp.Rnw:1305-1306
+### code chunk number 80: intro_to_pomp.Rnw:1306-1307
###################################################
set.seed(32329L)
@@ -1221,7 +1221,7 @@
###################################################
-### code chunk number 83: intro_to_pomp.Rnw:1343-1344
+### code chunk number 83: intro_to_pomp.Rnw:1344-1345
###################################################
apply(pars,2,sd)
Modified: www/vignettes/intro_to_pomp.Rnw
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--- www/vignettes/intro_to_pomp.Rnw 2014-03-10 13:38:56 UTC (rev 889)
+++ www/vignettes/intro_to_pomp.Rnw 2014-03-11 13:23:39 UTC (rev 890)
@@ -190,8 +190,9 @@
The documentation (\code{?pomp}) spells out the usage of the \code{pomp} constructor, including detailed specifications for all its arguments and a worked example.
Let's see how to implement the Gompertz model in \pkg{pomp}.
-Here, we'll take the shortest path to this goal.
+Here, we'll take the shortest path to this goal, defining the necessary functions directly in \pkg{R}.
In the ``Advanced topics in \pkg{pomp}'' vignette, we show how one can make the codes much more efficient using compiled native (C or FORTRAN) code.
+\textbf{NB: For all but the very simplest models, it is almost always necessary to use compiled native codes to make the computationally intensive algorithms in \pkg{pomp} fast enough to be useful in practice.}
First, we write a function that implements the process model simulator.
This is a function that will simulate a single step ($t\to{t+{\Delta}t}$) of the unobserved process \eqref{eq:gompertz1}.
Modified: www/vignettes/intro_to_pomp.pdf
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