[Pomp-commits] r209 - pkg/inst/data-R
noreply at r-forge.r-project.org
noreply at r-forge.r-project.org
Mon Mar 15 13:55:30 CET 2010
Author: kingaa
Date: 2010-03-15 13:55:30 +0100 (Mon, 15 Mar 2010)
New Revision: 209
Removed:
pkg/inst/data-R/dacca-census.q
pkg/inst/data-R/dacca-cholera.q
pkg/inst/data-R/dacca-mle.q
pkg/inst/data-R/dacca.R
Log:
- dacca data-object not yet ready for prime time
Deleted: pkg/inst/data-R/dacca-census.q
===================================================================
--- pkg/inst/data-R/dacca-census.q 2010-03-15 12:54:01 UTC (rev 208)
+++ pkg/inst/data-R/dacca-census.q 2010-03-15 12:55:30 UTC (rev 209)
@@ -1,4 +0,0 @@
-structure(list(year = c(1891L, 1901L, 1911L, 1921L, 1931L, 1941L
-), census = c(2420656L, 2649522L, 2960402L, 3125967L, 3432577L,
-4222142L)), .Names = c("year", "census"), row.names = c(NA, 6L
-), class = "data.frame")
Deleted: pkg/inst/data-R/dacca-cholera.q
===================================================================
--- pkg/inst/data-R/dacca-cholera.q 2010-03-15 12:54:01 UTC (rev 208)
+++ pkg/inst/data-R/dacca-cholera.q 2010-03-15 12:55:30 UTC (rev 209)
@@ -1,300 +0,0 @@
-structure(list(year = c(1891L, 1891L, 1891L, 1891L, 1891L, 1891L,
-1891L, 1891L, 1891L, 1891L, 1891L, 1891L, 1892L, 1892L, 1892L,
-1892L, 1892L, 1892L, 1892L, 1892L, 1892L, 1892L, 1892L, 1892L,
-1893L, 1893L, 1893L, 1893L, 1893L, 1893L, 1893L, 1893L, 1893L,
-1893L, 1893L, 1893L, 1894L, 1894L, 1894L, 1894L, 1894L, 1894L,
-1894L, 1894L, 1894L, 1894L, 1894L, 1894L, 1895L, 1895L, 1895L,
-1895L, 1895L, 1895L, 1895L, 1895L, 1895L, 1895L, 1895L, 1895L,
-1896L, 1896L, 1896L, 1896L, 1896L, 1896L, 1896L, 1896L, 1896L,
-1896L, 1896L, 1896L, 1897L, 1897L, 1897L, 1897L, 1897L, 1897L,
-1897L, 1897L, 1897L, 1897L, 1897L, 1897L, 1898L, 1898L, 1898L,
-1898L, 1898L, 1898L, 1898L, 1898L, 1898L, 1898L, 1898L, 1898L,
-1899L, 1899L, 1899L, 1899L, 1899L, 1899L, 1899L, 1899L, 1899L,
-1899L, 1899L, 1899L, 1900L, 1900L, 1900L, 1900L, 1900L, 1900L,
-1900L, 1900L, 1900L, 1900L, 1900L, 1900L, 1901L, 1901L, 1901L,
-1901L, 1901L, 1901L, 1901L, 1901L, 1901L, 1901L, 1901L, 1901L,
-1902L, 1902L, 1902L, 1902L, 1902L, 1902L, 1902L, 1902L, 1902L,
-1902L, 1902L, 1902L, 1903L, 1903L, 1903L, 1903L, 1903L, 1903L,
-1903L, 1903L, 1903L, 1903L, 1903L, 1903L, 1904L, 1904L, 1904L,
-1904L, 1904L, 1904L, 1904L, 1904L, 1904L, 1904L, 1904L, 1904L,
-1905L, 1905L, 1905L, 1905L, 1905L, 1905L, 1905L, 1905L, 1905L,
-1905L, 1905L, 1905L, 1906L, 1906L, 1906L, 1906L, 1906L, 1906L,
-1906L, 1906L, 1906L, 1906L, 1906L, 1906L, 1907L, 1907L, 1907L,
-1907L, 1907L, 1907L, 1907L, 1907L, 1907L, 1907L, 1907L, 1907L,
-1908L, 1908L, 1908L, 1908L, 1908L, 1908L, 1908L, 1908L, 1908L,
-1908L, 1908L, 1908L, 1909L, 1909L, 1909L, 1909L, 1909L, 1909L,
-1909L, 1909L, 1909L, 1909L, 1909L, 1909L, 1910L, 1910L, 1910L,
-1910L, 1910L, 1910L, 1910L, 1910L, 1910L, 1910L, 1910L, 1910L,
-1911L, 1911L, 1911L, 1911L, 1911L, 1911L, 1911L, 1911L, 1911L,
-1911L, 1911L, 1911L, 1912L, 1912L, 1912L, 1912L, 1912L, 1912L,
-1912L, 1912L, 1912L, 1912L, 1912L, 1912L, 1913L, 1913L, 1913L,
-1913L, 1913L, 1913L, 1913L, 1913L, 1913L, 1913L, 1913L, 1913L,
-1914L, 1914L, 1914L, 1914L, 1914L, 1914L, 1914L, 1914L, 1914L,
-1914L, 1914L, 1914L, 1915L, 1915L, 1915L, 1915L, 1915L, 1915L,
-1915L, 1915L, 1915L, 1915L, 1915L, 1915L, 1916L, 1916L, 1916L,
-1916L, 1916L, 1916L, 1916L, 1916L, 1916L, 1916L, 1916L, 1916L,
-1917L, 1917L, 1917L, 1917L, 1917L, 1917L, 1917L, 1917L, 1917L,
-1917L, 1917L, 1917L, 1918L, 1918L, 1918L, 1918L, 1918L, 1918L,
-1918L, 1918L, 1918L, 1918L, 1918L, 1918L, 1919L, 1919L, 1919L,
-1919L, 1919L, 1919L, 1919L, 1919L, 1919L, 1919L, 1919L, 1919L,
-1920L, 1920L, 1920L, 1920L, 1920L, 1920L, 1920L, 1920L, 1920L,
-1920L, 1920L, 1920L, 1921L, 1921L, 1921L, 1921L, 1921L, 1921L,
-1921L, 1921L, 1921L, 1921L, 1921L, 1921L, 1922L, 1922L, 1922L,
-1922L, 1922L, 1922L, 1922L, 1922L, 1922L, 1922L, 1922L, 1922L,
-1923L, 1923L, 1923L, 1923L, 1923L, 1923L, 1923L, 1923L, 1923L,
-1923L, 1923L, 1923L, 1924L, 1924L, 1924L, 1924L, 1924L, 1924L,
-1924L, 1924L, 1924L, 1924L, 1924L, 1924L, 1925L, 1925L, 1925L,
-1925L, 1925L, 1925L, 1925L, 1925L, 1925L, 1925L, 1925L, 1925L,
-1926L, 1926L, 1926L, 1926L, 1926L, 1926L, 1926L, 1926L, 1926L,
-1926L, 1926L, 1926L, 1927L, 1927L, 1927L, 1927L, 1927L, 1927L,
-1927L, 1927L, 1927L, 1927L, 1927L, 1927L, 1928L, 1928L, 1928L,
-1928L, 1928L, 1928L, 1928L, 1928L, 1928L, 1928L, 1928L, 1928L,
-1929L, 1929L, 1929L, 1929L, 1929L, 1929L, 1929L, 1929L, 1929L,
-1929L, 1929L, 1929L, 1930L, 1930L, 1930L, 1930L, 1930L, 1930L,
-1930L, 1930L, 1930L, 1930L, 1930L, 1930L, 1931L, 1931L, 1931L,
-1931L, 1931L, 1931L, 1931L, 1931L, 1931L, 1931L, 1931L, 1931L,
-1932L, 1932L, 1932L, 1932L, 1932L, 1932L, 1932L, 1932L, 1932L,
-1932L, 1932L, 1932L, 1933L, 1933L, 1933L, 1933L, 1933L, 1933L,
-1933L, 1933L, 1933L, 1933L, 1933L, 1933L, 1934L, 1934L, 1934L,
-1934L, 1934L, 1934L, 1934L, 1934L, 1934L, 1934L, 1934L, 1934L,
-1935L, 1935L, 1935L, 1935L, 1935L, 1935L, 1935L, 1935L, 1935L,
-1935L, 1935L, 1935L, 1936L, 1936L, 1936L, 1936L, 1936L, 1936L,
-1936L, 1936L, 1936L, 1936L, 1936L, 1936L, 1937L, 1937L, 1937L,
-1937L, 1937L, 1937L, 1937L, 1937L, 1937L, 1937L, 1937L, 1937L,
-1938L, 1938L, 1938L, 1938L, 1938L, 1938L, 1938L, 1938L, 1938L,
-1938L, 1938L, 1938L, 1939L, 1939L, 1939L, 1939L, 1939L, 1939L,
-1939L, 1939L, 1939L, 1939L, 1939L, 1939L, 1940L, 1940L, 1940L,
-1940L, 1940L, 1940L, 1940L, 1940L, 1940L, 1940L, 1940L, 1940L
-), month = structure(c(1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L,
-11L, 12L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L,
-1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 1L, 2L, 3L,
-4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L,
-7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L,
-10L, 11L, 12L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L,
-12L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 1L, 2L,
-3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L,
-6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L,
-9L, 10L, 11L, 12L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L,
-12L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 1L, 2L,
-3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L,
-6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L,
-9L, 10L, 11L, 12L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L,
-12L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 1L, 2L,
-3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L,
-6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L,
-9L, 10L, 11L, 12L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L,
-12L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 1L, 2L,
-3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L,
-6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L,
-9L, 10L, 11L, 12L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L,
-12L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 1L, 2L,
-3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L,
-6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L,
-9L, 10L, 11L, 12L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L,
-12L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 1L, 2L,
-3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L,
-6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L,
-9L, 10L, 11L, 12L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L,
-12L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 1L, 2L,
-3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L,
-6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L,
-9L, 10L, 11L, 12L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L,
-12L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 1L, 2L,
-3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L,
-6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L,
-9L, 10L, 11L, 12L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L,
-12L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 1L, 2L,
-3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L,
-6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L), .Label = c("Jan", "Feb", "Mar",
-"Apr", "May", "Jun", "Jul", "Aug", "Sep", "Oct", "Nov", "Dec"
-), class = c("ordered", "factor")), cholera.deaths = c(2641L,
-939L, 905L, 1219L, 368L, 78L, 29L, 12L, 30L, 44L, 270L, 1149L,
-633L, 501L, 855L, 1271L, 666L, 101L, 62L, 23L, 20L, 28L, 461L,
-892L, 751L, 170L, 253L, 906L, 700L, 98L, 57L, 72L, 471L, 4217L,
-5168L, 4747L, 2380L, 852L, 1166L, 2122L, 576L, 60L, 53L, 62L,
-241L, 403L, 551L, 739L, 862L, 348L, 490L, 5596L, 1180L, 142L,
-41L, 28L, 39L, 748L, 3934L, 3562L, 587L, 311L, 1639L, 1903L,
-601L, 110L, 32L, 19L, 82L, 420L, 1014L, 1073L, 416L, 168L, 909L,
-1355L, 447L, 59L, 13L, 21L, 43L, 109L, 338L, 470L, 489L, 394L,
-483L, 842L, 356L, 29L, 17L, 16L, 57L, 110L, 488L, 1727L, 1253L,
-359L, 245L, 549L, 215L, 9L, 7L, 31L, 236L, 279L, 819L, 1728L,
-1942L, 1251L, 3521L, 3412L, 290L, 46L, 35L, 14L, 79L, 852L, 2951L,
-2656L, 607L, 172L, 325L, 2191L, 584L, 58L, 38L, 8L, 22L, 50L,
-380L, 2059L, 938L, 389L, 767L, 1882L, 286L, 94L, 61L, 10L, 106L,
-281L, 357L, 1388L, 810L, 306L, 381L, 1308L, 702L, 87L, 9L, 14L,
-36L, 46L, 553L, 1302L, 618L, 147L, 414L, 768L, 373L, 39L, 10L,
-36L, 151L, 1130L, 3437L, 4041L, 1415L, 207L, 92L, 128L, 147L,
-32L, 7L, 59L, 426L, 2644L, 2891L, 4249L, 2291L, 797L, 680L, 1036L,
-404L, 41L, 19L, 12L, 10L, 121L, 931L, 2158L, 1886L, 803L, 397L,
-613L, 132L, 48L, 17L, 22L, 26L, 34L, 344L, 657L, 117L, 75L, 443L,
-972L, 646L, 107L, 18L, 6L, 9L, 5L, 12L, 142L, 133L, 189L, 1715L,
-3115L, 1412L, 182L, 50L, 37L, 77L, 475L, 1730L, 1489L, 620L,
-190L, 571L, 1558L, 440L, 27L, 7L, 14L, 93L, 1462L, 2467L, 1703L,
-1262L, 458L, 453L, 717L, 232L, 26L, 16L, 18L, 9L, 78L, 353L,
-897L, 777L, 404L, 799L, 2067L, 613L, 98L, 19L, 26L, 47L, 171L,
-767L, 1896L, 887L, 325L, 816L, 1653L, 355L, 85L, 54L, 88L, 609L,
-882L, 1363L, 2178L, 580L, 396L, 1493L, 2154L, 683L, 78L, 19L,
-10L, 27L, 88L, 1178L, 1862L, 611L, 478L, 2697L, 3395L, 520L,
-67L, 41L, 36L, 209L, 559L, 971L, 2144L, 1099L, 494L, 586L, 508L,
-269L, 27L, 19L, 21L, 12L, 22L, 333L, 676L, 487L, 262L, 535L,
-979L, 170L, 25L, 9L, 19L, 13L, 45L, 229L, 673L, 432L, 107L, 373L,
-1126L, 339L, 19L, 11L, 3L, 15L, 101L, 539L, 709L, 200L, 208L,
-926L, 1783L, 831L, 103L, 37L, 17L, 33L, 179L, 426L, 795L, 481L,
-491L, 773L, 936L, 325L, 101L, 22L, 25L, 24L, 88L, 633L, 513L,
-298L, 93L, 687L, 1750L, 356L, 33L, 2L, 18L, 70L, 648L, 2471L,
-1270L, 616L, 193L, 706L, 1372L, 668L, 107L, 58L, 21L, 23L, 93L,
-318L, 867L, 332L, 118L, 437L, 2233L, 491L, 27L, 7L, 21L, 96L,
-360L, 783L, 1492L, 550L, 176L, 633L, 922L, 267L, 91L, 42L, 4L,
-10L, 7L, 43L, 377L, 563L, 284L, 298L, 625L, 131L, 35L, 12L, 8L,
-9L, 83L, 502L, 551L, 256L, 198L, 664L, 1701L, 425L, 76L, 17L,
-9L, 16L, 5L, 141L, 806L, 1603L, 587L, 530L, 771L, 511L, 97L,
-35L, 39L, 156L, 1097L, 1233L, 1418L, 1125L, 420L, 1592L, 4169L,
-1535L, 371L, 139L, 55L, 85L, 538L, 1676L, 1435L, 804L, 370L,
-477L, 394L, 306L, 132L, 84L, 87L, 53L, 391L, 1541L, 1859L, 894L,
-326L, 853L, 1891L, 1009L, 131L, 77L, 63L, 66L, 33L, 178L, 1003L,
-1051L, 488L, 911L, 1806L, 837L, 280L, 132L, 76L, 381L, 1328L,
-2639L, 2164L, 1082L, 326L, 254L, 258L, 119L, 106L, 93L, 29L,
-17L, 17L, 17L, 46L, 79L, 135L, 1290L, 2240L, 561L, 116L, 24L,
-15L, 33L, 18L, 16L, 38L, 26L, 45L, 151L, 168L, 57L, 32L, 29L,
-27L, 20L, 106L, 1522L, 2013L, 434L, 205L, 528L, 634L, 195L, 45L,
-33L, 19L, 20L, 46L, 107L, 725L, 572L, 183L, 2199L, 4018L, 428L,
-67L, 31L, 8L, 44L, 484L, 1324L, 2054L, 467L, 216L, 673L, 887L,
-353L, 73L, 46L, 15L, 20L, 27L, 25L, 38L, 158L, 312L, 1226L, 1021L,
-222L, 90L, 31L, 93L, 368L, 657L, 2208L, 2178L, 702L, 157L, 317L,
-146L, 63L, 27L, 22L, 23L, 28L, 225L, 483L, 319L, 120L, 59L, 274L,
-282L, 155L, 31L, 16L, 15L, 12L, 14L, 14L, 42L), time = c(1891.08333333333,
-1891.16666666667, 1891.25, 1891.33333333333, 1891.41666666667,
-1891.5, 1891.58333333333, 1891.66666666667, 1891.75, 1891.83333333333,
-1891.91666666667, 1892, 1892.08333333333, 1892.16666666667, 1892.25,
-1892.33333333333, 1892.41666666667, 1892.5, 1892.58333333333,
-1892.66666666667, 1892.75, 1892.83333333333, 1892.91666666667,
-1893, 1893.08333333333, 1893.16666666667, 1893.25, 1893.33333333333,
-1893.41666666667, 1893.5, 1893.58333333333, 1893.66666666667,
-1893.75, 1893.83333333333, 1893.91666666667, 1894, 1894.08333333333,
-1894.16666666667, 1894.25, 1894.33333333333, 1894.41666666667,
-1894.5, 1894.58333333333, 1894.66666666667, 1894.75, 1894.83333333333,
-1894.91666666667, 1895, 1895.08333333333, 1895.16666666667, 1895.25,
-1895.33333333333, 1895.41666666667, 1895.5, 1895.58333333333,
-1895.66666666667, 1895.75, 1895.83333333333, 1895.91666666667,
-1896, 1896.08333333333, 1896.16666666667, 1896.25, 1896.33333333333,
-1896.41666666667, 1896.5, 1896.58333333333, 1896.66666666667,
-1896.75, 1896.83333333333, 1896.91666666667, 1897, 1897.08333333333,
-1897.16666666667, 1897.25, 1897.33333333333, 1897.41666666667,
-1897.5, 1897.58333333333, 1897.66666666667, 1897.75, 1897.83333333333,
-1897.91666666667, 1898, 1898.08333333333, 1898.16666666667, 1898.25,
-1898.33333333333, 1898.41666666667, 1898.5, 1898.58333333333,
-1898.66666666667, 1898.75, 1898.83333333333, 1898.91666666667,
-1899, 1899.08333333333, 1899.16666666667, 1899.25, 1899.33333333333,
-1899.41666666667, 1899.5, 1899.58333333333, 1899.66666666667,
-1899.75, 1899.83333333333, 1899.91666666667, 1900, 1900.08333333333,
-1900.16666666667, 1900.25, 1900.33333333333, 1900.41666666667,
-1900.5, 1900.58333333333, 1900.66666666667, 1900.75, 1900.83333333333,
-1900.91666666667, 1901, 1901.08333333333, 1901.16666666667, 1901.25,
-1901.33333333333, 1901.41666666667, 1901.5, 1901.58333333333,
-1901.66666666667, 1901.75, 1901.83333333333, 1901.91666666667,
-1902, 1902.08333333333, 1902.16666666667, 1902.25, 1902.33333333333,
-1902.41666666667, 1902.5, 1902.58333333333, 1902.66666666667,
-1902.75, 1902.83333333333, 1902.91666666667, 1903, 1903.08333333333,
-1903.16666666667, 1903.25, 1903.33333333333, 1903.41666666667,
-1903.5, 1903.58333333333, 1903.66666666667, 1903.75, 1903.83333333333,
-1903.91666666667, 1904, 1904.08333333333, 1904.16666666667, 1904.25,
-1904.33333333333, 1904.41666666667, 1904.5, 1904.58333333333,
-1904.66666666667, 1904.75, 1904.83333333333, 1904.91666666667,
-1905, 1905.08333333333, 1905.16666666667, 1905.25, 1905.33333333333,
-1905.41666666667, 1905.5, 1905.58333333333, 1905.66666666667,
-1905.75, 1905.83333333333, 1905.91666666667, 1906, 1906.08333333333,
-1906.16666666667, 1906.25, 1906.33333333333, 1906.41666666667,
-1906.5, 1906.58333333333, 1906.66666666667, 1906.75, 1906.83333333333,
-1906.91666666667, 1907, 1907.08333333333, 1907.16666666667, 1907.25,
-1907.33333333333, 1907.41666666667, 1907.5, 1907.58333333333,
-1907.66666666667, 1907.75, 1907.83333333333, 1907.91666666667,
-1908, 1908.08333333333, 1908.16666666667, 1908.25, 1908.33333333333,
-1908.41666666667, 1908.5, 1908.58333333333, 1908.66666666667,
-1908.75, 1908.83333333333, 1908.91666666667, 1909, 1909.08333333333,
-1909.16666666667, 1909.25, 1909.33333333333, 1909.41666666667,
-1909.5, 1909.58333333333, 1909.66666666667, 1909.75, 1909.83333333333,
-1909.91666666667, 1910, 1910.08333333333, 1910.16666666667, 1910.25,
-1910.33333333333, 1910.41666666667, 1910.5, 1910.58333333333,
-1910.66666666667, 1910.75, 1910.83333333333, 1910.91666666667,
-1911, 1911.08333333333, 1911.16666666667, 1911.25, 1911.33333333333,
-1911.41666666667, 1911.5, 1911.58333333333, 1911.66666666667,
-1911.75, 1911.83333333333, 1911.91666666667, 1912, 1912.08333333333,
-1912.16666666667, 1912.25, 1912.33333333333, 1912.41666666667,
-1912.5, 1912.58333333333, 1912.66666666667, 1912.75, 1912.83333333333,
-1912.91666666667, 1913, 1913.08333333333, 1913.16666666667, 1913.25,
-1913.33333333333, 1913.41666666667, 1913.5, 1913.58333333333,
-1913.66666666667, 1913.75, 1913.83333333333, 1913.91666666667,
-1914, 1914.08333333333, 1914.16666666667, 1914.25, 1914.33333333333,
-1914.41666666667, 1914.5, 1914.58333333333, 1914.66666666667,
-1914.75, 1914.83333333333, 1914.91666666667, 1915, 1915.08333333333,
-1915.16666666667, 1915.25, 1915.33333333333, 1915.41666666667,
-1915.5, 1915.58333333333, 1915.66666666667, 1915.75, 1915.83333333333,
-1915.91666666667, 1916, 1916.08333333333, 1916.16666666667, 1916.25,
-1916.33333333333, 1916.41666666667, 1916.5, 1916.58333333333,
-1916.66666666667, 1916.75, 1916.83333333333, 1916.91666666667,
-1917, 1917.08333333333, 1917.16666666667, 1917.25, 1917.33333333333,
-1917.41666666667, 1917.5, 1917.58333333333, 1917.66666666667,
-1917.75, 1917.83333333333, 1917.91666666667, 1918, 1918.08333333333,
-1918.16666666667, 1918.25, 1918.33333333333, 1918.41666666667,
-1918.5, 1918.58333333333, 1918.66666666667, 1918.75, 1918.83333333333,
-1918.91666666667, 1919, 1919.08333333333, 1919.16666666667, 1919.25,
-1919.33333333333, 1919.41666666667, 1919.5, 1919.58333333333,
-1919.66666666667, 1919.75, 1919.83333333333, 1919.91666666667,
-1920, 1920.08333333333, 1920.16666666667, 1920.25, 1920.33333333333,
-1920.41666666667, 1920.5, 1920.58333333333, 1920.66666666667,
-1920.75, 1920.83333333333, 1920.91666666667, 1921, 1921.08333333333,
-1921.16666666667, 1921.25, 1921.33333333333, 1921.41666666667,
-1921.5, 1921.58333333333, 1921.66666666667, 1921.75, 1921.83333333333,
-1921.91666666667, 1922, 1922.08333333333, 1922.16666666667, 1922.25,
-1922.33333333333, 1922.41666666667, 1922.5, 1922.58333333333,
-1922.66666666667, 1922.75, 1922.83333333333, 1922.91666666667,
-1923, 1923.08333333333, 1923.16666666667, 1923.25, 1923.33333333333,
-1923.41666666667, 1923.5, 1923.58333333333, 1923.66666666667,
-1923.75, 1923.83333333333, 1923.91666666667, 1924, 1924.08333333333,
-1924.16666666667, 1924.25, 1924.33333333333, 1924.41666666667,
-1924.5, 1924.58333333333, 1924.66666666667, 1924.75, 1924.83333333333,
-1924.91666666667, 1925, 1925.08333333333, 1925.16666666667, 1925.25,
-1925.33333333333, 1925.41666666667, 1925.5, 1925.58333333333,
-1925.66666666667, 1925.75, 1925.83333333333, 1925.91666666667,
-1926, 1926.08333333333, 1926.16666666667, 1926.25, 1926.33333333333,
-1926.41666666667, 1926.5, 1926.58333333333, 1926.66666666667,
-1926.75, 1926.83333333333, 1926.91666666667, 1927, 1927.08333333333,
-1927.16666666667, 1927.25, 1927.33333333333, 1927.41666666667,
-1927.5, 1927.58333333333, 1927.66666666667, 1927.75, 1927.83333333333,
-1927.91666666667, 1928, 1928.08333333333, 1928.16666666667, 1928.25,
-1928.33333333333, 1928.41666666667, 1928.5, 1928.58333333333,
-1928.66666666667, 1928.75, 1928.83333333333, 1928.91666666667,
-1929, 1929.08333333333, 1929.16666666667, 1929.25, 1929.33333333333,
-1929.41666666667, 1929.5, 1929.58333333333, 1929.66666666667,
-1929.75, 1929.83333333333, 1929.91666666667, 1930, 1930.08333333333,
-1930.16666666667, 1930.25, 1930.33333333333, 1930.41666666667,
-1930.5, 1930.58333333333, 1930.66666666667, 1930.75, 1930.83333333333,
-1930.91666666667, 1931, 1931.08333333333, 1931.16666666667, 1931.25,
-1931.33333333333, 1931.41666666667, 1931.5, 1931.58333333333,
-1931.66666666667, 1931.75, 1931.83333333333, 1931.91666666667,
-1932, 1932.08333333333, 1932.16666666667, 1932.25, 1932.33333333333,
-1932.41666666667, 1932.5, 1932.58333333333, 1932.66666666667,
-1932.75, 1932.83333333333, 1932.91666666667, 1933, 1933.08333333333,
-1933.16666666667, 1933.25, 1933.33333333333, 1933.41666666667,
-1933.5, 1933.58333333333, 1933.66666666667, 1933.75, 1933.83333333333,
-1933.91666666667, 1934, 1934.08333333333, 1934.16666666667, 1934.25,
-1934.33333333333, 1934.41666666667, 1934.5, 1934.58333333333,
-1934.66666666667, 1934.75, 1934.83333333333, 1934.91666666667,
-1935, 1935.08333333333, 1935.16666666667, 1935.25, 1935.33333333333,
-1935.41666666667, 1935.5, 1935.58333333333, 1935.66666666667,
-1935.75, 1935.83333333333, 1935.91666666667, 1936, 1936.08333333333,
-1936.16666666667, 1936.25, 1936.33333333333, 1936.41666666667,
-1936.5, 1936.58333333333, 1936.66666666667, 1936.75, 1936.83333333333,
-1936.91666666667, 1937, 1937.08333333333, 1937.16666666667, 1937.25,
-1937.33333333333, 1937.41666666667, 1937.5, 1937.58333333333,
-1937.66666666667, 1937.75, 1937.83333333333, 1937.91666666667,
-1938, 1938.08333333333, 1938.16666666667, 1938.25, 1938.33333333333,
-1938.41666666667, 1938.5, 1938.58333333333, 1938.66666666667,
-1938.75, 1938.83333333333, 1938.91666666667, 1939, 1939.08333333333,
-1939.16666666667, 1939.25, 1939.33333333333, 1939.41666666667,
-1939.5, 1939.58333333333, 1939.66666666667, 1939.75, 1939.83333333333,
-1939.91666666667, 1940, 1940.08333333333, 1940.16666666667, 1940.25,
-1940.33333333333, 1940.41666666667, 1940.5, 1940.58333333333,
-1940.66666666667, 1940.75, 1940.83333333333, 1940.91666666667,
-1941)), .Names = c("year", "month", "cholera.deaths", "time"), row.names = c(NA,
-600L), class = "data.frame")
Deleted: pkg/inst/data-R/dacca-mle.q
===================================================================
--- pkg/inst/data-R/dacca-mle.q 2010-03-15 12:54:01 UTC (rev 208)
+++ pkg/inst/data-R/dacca-mle.q 2010-03-15 12:55:30 UTC (rev 209)
@@ -1,9 +0,0 @@
-structure(c(20.8, 19.1, 0, 0.02, 0.06, 1, 1, -0.00498, 0.747,
-6.38, -3.436, 4.23, 3.33, 4.549, 0.184, 0.07857, 0.0584, 0.0091719,
-0.00020821, 0.01236, 3.1267, 0.2296, 6.3457, 3.8615, 0, 0.0086226,
-0.009941, 1.18243e-06, 6, 3), .Names = c("gamma", "eps", "rho",
-"delta", "deltaI", "clin", "alpha", "beta.trend", "log.beta1",
-"log.beta2", "log.beta3", "log.beta4", "log.beta5", "log.beta6",
-"omega1", "omega2", "omega3", "omega4", "omega5", "omega6", "sd.beta",
-"tau", "S.0", "I.0", "Rs.0", "R1.0", "R2.0", "R3.0", "nbasis",
-"nrstage"))
Deleted: pkg/inst/data-R/dacca.R
===================================================================
--- pkg/inst/data-R/dacca.R 2010-03-15 12:54:01 UTC (rev 208)
+++ pkg/inst/data-R/dacca.R 2010-03-15 12:55:30 UTC (rev 209)
@@ -1,84 +0,0 @@
-require(pomp)
-
-cholera <- dget("dacca-cholera.q")
-census <- dget("dacca-census.q")
-mle <- dget("dacca-mle.q")
-
-covar.dt <- 0.01
-nbasis <- as.integer(mle["nbasis"])
-nrstage <- as.integer(mle["nrstage"])
-
-t0 <- with(cholera,2*time[1]-time[2])
-tcovar <- seq(from=t0,to=max(cholera$time)+2/12,by=covar.dt)
-covartable <- data.frame(
- time=tcovar,
- seas=periodic.bspline.basis(tcovar-1/12,nbasis=nbasis,degree=3,period=1),
- pop=predict(smooth.spline(x=census$year,y=census$census),x=tcovar)$y,
- dpopdt=predict(smooth.spline(x=census$year,y=census$census),x=tcovar,deriv=1)$y,
- trend=tcovar-mean(tcovar)
- )
-
-pomp(
- data=cholera[c("cholera.deaths","time")],
- times='time',
- t0=t0,
- delta.t=1/240,
- nrstage = nrstage,
- rprocess = euler.simulate,
- rmeasure = "_cholmodel_norm_rmeasure",
- dmeasure = "_cholmodel_norm_dmeasure",
- step.fun = "_cholmodel_one",
- covar=covartable,
- tcovar='time',
- statenames = c("S","I","Rs","R1","M","W","count"),
- paramnames = c("tau","gamma","eps","delta","deltaI",
- "omega1","sd.beta","beta.trend","log.beta1",
- "alpha","rho","clin","nbasis","nrstage"),
- covarnames = c("pop","dpopdt","seas.1","trend"),
- zeronames = c("M","count"),
- PACKAGE = "pomp",
- initializer = function (params, t0, covars, all.state.names, comp.names, nrstage, ...) {
- all.state.names <- c("S","I","Rs","R1","R2","R3","M","W","count")
- comp.names <- c("S","I","Rs",paste("R",1:nrstage,sep=''))
- comp.ic.names <- paste(comp.names,"0",sep='.')
- states <- numeric(length(all.state.names))
- names(states) <- all.state.names
- ## translate fractions into initial conditions
- frac <- exp(params[comp.ic.names])
- states[comp.names] <- round(covars['pop']*frac/sum(frac))
- states
- }
- ) -> dacca
-
-## parameter transformations for fitting
-cholera.transform <- function (params, dir = c("forward","inverse")) {
- dir <- match.arg(dir)
- r <- length(dim(params))
- r <- length(dim(params))
- log.trans=c( # parameters to log transform
- "gamma","eps","rho","delta","deltaI","alpha",
- "tau","sd.beta",
- paste("omega",seq(length=nbasis),sep=''),
- "S.0","I.0","Rs.0","R1.0","R2.0","R3.0"
- )
- logit.trans="clin"
- logit <- function(p){log(p/(1-p))} # (0,1) -> (-inf,inf)
- expit <- function(r){1/(1+exp(-r))} # (-inf,inf) -> (0,1)
- par.trans.vec <- function (x) {
- x[logit.trans] <- logit(x[logit.trans])
- x[log.trans] <- log(x[log.trans])
- x
- }
- par.untrans.vec <- function (x) {
- x[logit.trans] <- expit(x[logit.trans])
- x[log.trans] <- exp(x[log.trans])
- x
- }
- switch(
- dir,
- forward=if (r > 1) apply(params,2:r,par.trans.vec) else par.trans.vec(params),
- inverse=if (r > 1) apply(params,2:r,par.untrans.vec) else par.untrans.vec(params)
- )
-}
-
-coef(dacca) <- cholera.transform(mle,dir="forward")
More information about the pomp-commits
mailing list