<div dir="ltr">Great to see this presented at iEvoBio!<div><br></div><div>  -hilmar</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Apr 16, 2014 at 3:56 PM, François Michonneau <span dir="ltr"><<a href="mailto:francois.michonneau@gmail.com" target="_blank">francois.michonneau@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div><div><br></div>Hello all,<br><br></div>  I wanted to let you that I submitted an abstract for the iEvoBio conference (<a href="http://ievobio.org/" target="_blank">http://ievobio.org/</a>) where I intend to give a "lightening talk" on phylobase. Let me know if you have any questions or feedback (I can edit the abstract until midnight EDT tonight).<br>


<br></div><div>  cheers,<br></div><div>  -- François<br></div><div><br><br></div><b>Title</b><br><br>phylobase: an R package for associating, manipulating and plotting phylogenetic trees and comparative data<br><br></div>


<b>Abstract</b><br><p><span style="font-family:courier new,courier,monospace">phylobase</span>
 is an R package that provides S4 classes and methods to access and 
manipulate phylogenetic objects, as well as associate data to 
phylogenetic objects for comparative analysis. <span style="font-family:courier new,courier,monospace">phylobase</span> comes with methods to:<br></p><ol><li>describe phylogenetic objects (e.g., number of tips and edges, is the tree ultrametric?);</li>


<li>annotate phylogenetic objects (nodes, edges and the entire object can be annotated);<br></li><li>update properties of phylogenetic objects (e.g., change edge lengths);</li><li>plot trees and associated data;</li><li>

query relationships among nodes (e.g., what are the ancestors/descendants of a given node?);</li>
<li>subset phylogenetic objects (by specifying internal nodes and/or tips that should be included or excluded).</li></ol><p>The
 package comes with S4 classes ensuring that the data structure is 
robust, and the overhead associated with checking the validity of the 
objects is limited by using C++ code. <span style="font-family:courier new,courier,monospace">phylobase</span>
 makes use of the NCL library for reading NEXUS and Newick files. Over 
250 unit tests are used to maintain the integrity and compatibility of 
the methods during development. <span style="font-family:courier new,courier,monospace">phylobase</span>
 intends to provide an intuitive, robust and efficient interface to 
complex objects, and is ideally suited to develop packages for 
phylogenetic and comparative analyses.</p><br></div>
<br>_______________________________________________<br>
Phylobase-devl mailing list<br>
<a href="mailto:Phylobase-devl@lists.r-forge.r-project.org">Phylobase-devl@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/phylobase-devl" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/phylobase-devl</a><br></blockquote></div><br><br clear="all">
<div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div>Hilmar Lapp -:- <a href="http://informatics.nescent.org/wiki" target="_blank">informatics.nescent.org/wiki</a> -:- <a href="http://lappland.io" target="_blank">lappland.io</a><br>
</div><br></div>
</div>