<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">
Hi Everyone, <div><br></div><div>Thanks for all your replies earlier. I just wanted to report that the problem with read.nexus was a bug in ape that Emmanuel fixed in the latest release. It was a bug that only occurred in a single-tree file with no translation block. </div><div><br></div><div>I figured out my problems with phylobase on R 2.6.2. I had previously upgraded to 2.7 but then downgraded again. However, the 2.7 directory was still present on my harddrive, it's just that the current version was pointing to the 2.6 folder (I guess R keeps track of the current version by using an alias called current pointing to the appropriate folder). I guess the package installer just looks at the highest version number you have and not what is pointed to by "current". Once I moved the 2.7 folder to another location, all was fine with installing phylobase from source on 2.6.2.</div><div><br></div><div>Marguerite</div><div><br><div><div>On Jul 2, 2008, at 6:09 AM, Marguerite Butler wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"> Hi Francois, Brian, and Ben,<div><br></div><div>Thank you for looking into this. But to the ape developers: has the code for read.nexus changed recently? Or is this a problem with the R version? </div><div><br></div><div>I installed ape from binaries each time, which is ape 2.1-3. I got the bug with it installed in R 2.7.1 but not R 2.6.2. </div><div><br></div><div>I downloaded ape 2.1-3 and ape 2.2 sources, and did a diff on the read.nexus.R files, and got no differences. I'm worried about what else will come up if I use R 2.7 for the comparative methods course. </div><div><br></div><div>Marguerite</div><div><br></div><div><br><div><div>On Jul 2, 2008, at 5:48 AM, François Michonneau wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Hi Marguerite</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">I think I found the bug. I looked at that very quickly so I might be wrong.</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">It comes from the function read.nexus. Towards the end there is:</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span class="Apple-converted-space">    </span>if (Ntree == 1) {</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span class="Apple-converted-space">        </span>trees &lt;- trees[[1]]</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span class="Apple-converted-space">        </span>#trees$tip.label &lt;- TRANS[, 2]</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span class="Apple-converted-space">    </span>}</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span class="Apple-converted-space">    </span>else {</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span class="Apple-converted-space">        </span>if (!is.null(tree.names))</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span class="Apple-converted-space">            </span>names(trees) &lt;- tree.names</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span class="Apple-converted-space">        </span>if (translation)</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span class="Apple-converted-space">            </span>attr(trees, "TipLabel") &lt;- TRANS[, 2]</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span class="Apple-converted-space">        </span>class(trees) &lt;- "multiPhylo"</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span class="Apple-converted-space">    </span>}</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span class="Apple-converted-space">    </span>if (length(grep("[\\/]", file)) == 1)</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span class="Apple-converted-space">        </span>file &lt;- paste(getwd(), file, sep = "/")</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span class="Apple-converted-space">    </span>attr(trees, "origin") &lt;- file</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span class="Apple-converted-space">    </span>trees</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">However, the variable TRANS is defined only if the word "translate" is present (look at the beginning of read.nexus) in the nexus file. Thus the error message. I haven't spent enough time to try to figure out what this line was doing specifically, but if this line is commented then there is no error message and it still works.</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Cheers,</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">François</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Marguerite Butler wrote:</div> <blockquote type="cite"><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Hi Ben,</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Thanks for the quick reply!</div> <blockquote type="cite"><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span class="Apple-converted-space">     </span>No problems here with 2.7.0.</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span class="Apple-converted-space">  </span>Can you send a read.nexus example for me to try?</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><br></div> </blockquote><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Here is the nexus file that read.nexus couldn't read under R 2.7.1 yesterday (this was a problem both for macs and pc's on several people's computers -- I had a small group of students try it). When I downgraded it read in fine.</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">------------------------------------------------------------------------</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">It would be great if you could give it a try.</div> <blockquote type="cite"><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><br></div> <blockquote type="cite"><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">The binaries were available on the r-forge site for a while, but not anymore.<span class="Apple-converted-space"> </span></div> </blockquote><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span class="Apple-converted-space">  </span>It looks (?) like they're there -- I even downloaded the file</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">and it seems to have the right bits in it, but I can't tell</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">without trying to install it ...</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><br></div> </blockquote><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Oops! Sorry you are right, the binaries are there. I guess I got myself confused because it is not passing the check. However, it is not possible to install the binaries unless you have 2.7. The real problem is that I can't install from source in 2.6.2.<span class="Apple-converted-space"> </span></div> <blockquote type="cite"><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">But my problem is that I can't even install from source. When I</div> <blockquote type="cite"><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">did R CMD check on the package, I get one warning:</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">====</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">* checking if this is a source package ... WARNING</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Subdirectory 'pkg/src' contains object files.</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">====</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">I found "phylobase.so" in pkg/src. Is this supposed to be there? It might be the culprit because the error I get when I try to load phylobase is:</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span class="Apple-converted-space"> </span>> require(phylobase)</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Loading required package: phylobase</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Error in dyn.load(file, ...) :</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span class="Apple-converted-space">  </span>unable to load shared library '/Library/Frameworks/R.framework/Resources/library/phylobase/libs/i386/phylobase.so': <span class="Apple-converted-space">  </span>dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Resources/library/phylobase/libs/i386/phylobase.so, 6): Library not loaded: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.7/Resources/lib/libR.dylib</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span class="Apple-converted-space">  </span>Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Resources/library/phylobase/libs/i386/phylobase.so <span class="Apple-converted-space">  </span>Reason: image not found</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Which doesn't make a whole lot of sense since I'm installing from source on R 2.6.2.</div> </blockquote><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span class="Apple-converted-space">  </span>It seems it's still looking for a 2.7 library?</div> </blockquote><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Yes, that is what it looks like to me.<span class="Apple-converted-space">  </span>Why would it be doing that? I tried trashing the phylobase directory in the location on my computer where R is installed, which is here: /Library/Frameworks/R.framework/Resources/library/phylobase</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">before re-installing, in case there was something in there from a previous installation with 2.7 still lurking around, but it didn't seem to help. Is there anything else I should do for a "clean" install of phylobase?</div> <blockquote type="cite"><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><br></div> <blockquote type="cite"><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">So I went back and removed the "phylobase.so" from the pkg/src directory (the version I got from the svn repository -- revision 192), and tried rebuilding. It passed the check this time, so I installed. But when I try loading, I still get the same error above from my require(phylobase) command??</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Has anyone else had problems?</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">I don't think it's entirely a 2.6.2 issue because I don't think it's working for the 2.7.X versions either, otherwise wouldn't there be binaries available?</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">I am preparing for the NESCENT course, so this is pretty urgent. Any help would be greatly appreciated.</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Marguerite</div> </blockquote><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span class="Apple-converted-space">   </span>I will do anything I can to help but am a little restricted</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">since it's working fine for me and I don't have a Mac ...</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><br></div> </blockquote><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">If it turns out that we can only use ape with 2.6.2, and phylobase with 2.7, is there a way to switch between R versions on the same computer (of course in different R sessions)? I know that<span class="Apple-converted-space">  </span>the old versions are still there when you install a newer version. Has any of the other mac users had problems? Thanks,</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Marguerite</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">____________________________________________</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Marguerite A. Butler</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Department of Zoology</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">University of Hawaii</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">2538 McCarthy Mall, Edmondson 259</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Honolulu, HI<span class="Apple-converted-space">  </span>96822</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Phone: 808-956-4713</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">FAX: <span class="Apple-converted-space">  </span>808-956-9812</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Dept: 808-956-8617</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><a href="http://www2.hawaii.edu/~mbutler">http://www2.hawaii.edu/~mbutler</a></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><a href="http://www.hawaii.edu/zoology/">http://www.hawaii.edu/zoology/</a></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">------------------------------------------------------------------------</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">_______________________________________________</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Phylobase-devl mailing list</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><a href="mailto:Phylobase-devl@lists.r-forge.r-project.org">Phylobase-devl@lists.r-forge.r-project.org</a></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/phylobase-devl">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/phylobase-devl</a></div> </blockquote></blockquote></div><br><div> <span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Lucida Grande; font-size: 13px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Lucida Grande; font-size: 13px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ; font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: Lucida Grande; ">____________________________________________</span></span></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ; font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: Lucida Grande; ">Marguerite A. Butler</span></span></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ; font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: Lucida Grande; ">Department of Zoology</span></span></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ; font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: Lucida Grande; ">University of Hawaii</span></span></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ; font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><font class="Apple-style-span" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: Lucida Grande; font-size: 13px; ">2538 McCarthy Mall, Edmondson 259</span></span></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; ; font-family: Helvetica; ; font-size: 12px; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; ">Honolulu, HI  96822</span></span><br style="; font-family: Helvetica; ; font-size: 12px; "></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; font-family: Helvetica; ; font-family: Helvetica; ; font-size: 12px; "><br class="khtml-block-placeholder"></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ; font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: Lucida Grande; ">Phone: 808-956-4713</span></span></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ; font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: Lucida Grande; ">FAX:   808-956-9812</span></span></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ; font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: Lucida Grande; ">Dept: 808-956-8617</span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ; font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: Lucida Grande; "><a href="http://www2.hawaii.edu/~mbutler">http://www2.hawaii.edu/~mbutler</a></span></span></span></div><span class="Apple-style-span" style="font-family: Lucida Grande; font-size: 13px; "><a href="http://www.hawaii.edu/zoology/">http://www.hawaii.edu/zoology/</a></span><br class="Apple-interchange-newline"></span></span></span> </div><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">_______________________________________________</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Phylobase-devl mailing list</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><a href="mailto:Phylobase-devl@lists.r-forge.r-project.org">Phylobase-devl@lists.r-forge.r-project.org</a></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/phylobase-devl">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/phylobase-devl</a></div> </blockquote></div><br><div> <span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Lucida Grande; font-size: 13px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Lucida Grande; font-size: 13px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-align: auto; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ; font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: Lucida Grande; ">____________________________________________</span></span></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ; font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: Lucida Grande; ">Marguerite A. Butler</span></span></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ; font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: Lucida Grande; ">Department of Zoology</span></span></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ; font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: Lucida Grande; ">University of Hawaii</span></span></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ; font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><font class="Apple-style-span" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 13px;; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: Lucida Grande; font-size: 13px; ">2538 McCarthy Mall, Edmondson 259</span></span></font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; ; font-family: Helvetica; ; font-size: 12px; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; ">Honolulu, HI  96822</span></span><br style="; font-family: Helvetica; ; font-size: 12px; "></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 12px/normal Helvetica; min-height: 14px; font-family: Helvetica; ; font-family: Helvetica; ; font-size: 12px; "><br class="khtml-block-placeholder"></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ; font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: Lucida Grande; ">Phone: 808-956-4713</span></span></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ; font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: Lucida Grande; ">FAX:   808-956-9812</span></span></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ; font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: Lucida Grande; ">Dept: 808-956-8617</span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ; font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; ; font-family: Lucida Grande; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: Lucida Grande; "><a href="http://www2.hawaii.edu/~mbutler">http://www2.hawaii.edu/~mbutler</a></span></span></span></div><span class="Apple-style-span" style="font-family: Lucida Grande; font-size: 13px; "><a href="http://www.hawaii.edu/zoology/">http://www.hawaii.edu/zoology/</a></span><br class="Apple-interchange-newline"></span></span></span> </div><br></div></body></html>