<br>Last week I spent some time working on &quot;read.nexml&quot; and &quot;write.nexml&quot; functions to support IO in nexml format (see: <a href="http://www.nexml.org">www.nexml.org</a>), a modern replacement for NEXUS.<br>
<br>These functions are now working (minimally), but they have a disturbing feature: while nexml trees have both an identifier and (optional) label for each node in a tree, phylo4 objects have only one &quot;slot&quot;.&nbsp; Thus, a tree read from nexml cannot be fully represented by a phylo4 object (and so cannot be accurately &quot;round-tripped&quot;.<br>
<br>Is there any ability for additional &quot;annotation&quot; on phylo4 nodes?&nbsp; I realize I can co-opt a phylo4d data.frame for this purpose, but that seems to mix the character data with the &quot;metainformation&quot; of a node annotation.&nbsp; Could the phylo4 object model be simply extended to have an identifier and (optional) label slot?<br>
<br>Thanks for your thoughts,<br><br>-Aaron<br>