<div dir="ltr"><div><div><div>Hi,<br><br></div>no, all genes/features are included in each run. What changes is the seed, i.e. starting point, which is different and randomly generated at each run.<br><br></div>Standard consensus clustering analysis would use a different set of _samples_ for each run. This is fine for evaluating the accuracy/stability of classification, but makes it difficult to link features to sample groups, since each run (vote) returns a somehow different set of component-specific feature: what set of features or basis components should be used? average? consensus?<br>
</div><div>Would be nice to incorporate a function/option to  easily perform such analysis though.<br></div><div><br></div>There is still some methodology to be developed around this point. A technical issue also arise in term of memory/speed, if one wants to compute complete feature consensus matrices.<br>
<div>I am happy to hear/discuss on this.<br></div><div>My time is currently very limited, although bringing the package back to CRAN is quite high on my todo list.<br><br></div><div>Renaud<br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra">
<br><br><div class="gmail_quote">2013/3/14 Gordon Robertson <span dir="ltr"><<a href="mailto:grobertson@bcgsc.ca" target="_blank">grobertson@bcgsc.ca</a>></span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div style="word-wrap:break-word"><div>From what I understand, in each iteration (of, say, 200) in a run, a random subset of genes is used. Is it possible to set the fractional value retained, e.g. 0.90, 0.95? </div><div>
Thanks,</div><div>G</div><div>
<span style="text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-variant:normal;text-align:-webkit-auto;font-style:normal;font-weight:normal;line-height:normal;border-collapse:separate;text-transform:none;font-size:medium;white-space:normal;font-family:Helvetica;word-spacing:0px"><span style="text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-variant:normal;text-align:-webkit-auto;font-style:normal;font-weight:normal;line-height:normal;border-collapse:separate;text-transform:none;font-size:medium;white-space:normal;font-family:Helvetica;word-spacing:0px"><div style="word-wrap:break-word">
<span style="text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-variant:normal;text-align:-webkit-auto;font-style:normal;font-weight:normal;line-height:normal;border-collapse:separate;text-transform:none;font-size:medium;white-space:normal;font-family:Helvetica;word-spacing:0px"><div style="word-wrap:break-word">
--</div><div style="word-wrap:break-word">Gordon Robertson<br>Michael Smith Genome Sciences Centre</div><div style="word-wrap:break-word">BC Cancer Agency<br>Vancouver BC Canada<br><a href="http://www.bcgsc.ca" target="_blank">www.bcgsc.ca</a><br>
<br></div></span></div></span></span>
</div>
<br></div><br>_______________________________________________<br>
nmf-user mailing list<br>
<a href="mailto:nmf-user@lists.r-forge.r-project.org">nmf-user@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/nmf-user" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/nmf-user</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>
<pre cols="72">Renaud Gaujoux
Computational Biology - University of Cape Town
South Africa</pre>
</div>