<div><div class="gmail_quote"><br><br>Michael-<div><br></div><div>Thanks. This is because its plotting for acme(0) and acme(1) and you weren&#39;t using par() to put them together. You also need to update your syntax, like below, and stripping out the title prevented you from seeing this I think. </div>

<div><br></div><div>We do need to add an option to only plot one or the other for the sensitivity in the case of binary DV. We will do that.</div><div><br></div><div><div>pdf(&quot;GroSensRsq.pdf&quot;)</div><div> par(mfrow=c(1,2))</div>

<div class="im"><div>  plot(sens1, sens.par = &quot;R2&quot;, </div></div><div>        r.type = &quot;total&quot;, </div><div>        sign.prod = &quot;negative&quot;)</div><div>  dev.off()</div><div class="im"><div><br>
</div>
<div><br></div>Dustin Tingley<br>Government Department<br>Harvard University<br><a href="http://scholar.harvard.edu/dtingley" target="_blank">http://scholar.harvard.edu/dtingley</a><br><br><br><br></div><div><div></div><div class="h5">

<div class="gmail_quote">On Fri, Sep 23, 2011 at 9:04 PM, Michael J. Donnelly <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:mdonnell@princeton.edu" target="_blank">mdonnell@princeton.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0.8ex; border-left-width: 1px; border-left-color: rgb(204, 204, 204); border-left-style: solid; padding-left: 1ex; ">

<div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">Hi Dustin,<br>I hope all is well. I ran into a bug using plot.medsens this week and Kosuke suggested that you might know what&#39;s causing it. I figured out another approach that&#39;s just as easy, but if you plan to update it any time soon, you might want to look at it. <br>

<br>I&#39;m using pdf() and the R2 option and getting a two page pdf with two identical graphs. If I use dev.copy(), I don&#39;t have the problem. Code below - run on both Linux and Mac using R-2.13.0 and 2.13.1, respectively.<br>

<br><br>Michael<br><br><br>rm(list = ls())<br># generating fake data<br>obs &lt;- 1000<br>tr &lt;- rnorm(obs)<br>med &lt;- 2*tr + rnorm(obs)<br>ystar &lt;- .5*tr - med + rnorm(obs)<br><br>dat &lt;- as.data.frame(cbind(tr, med, ystar))<br>

dat$y &lt;- 1- (dat$y &lt; 0) <br><br># fitting models<br>firststage &lt;- lm(med ~ tr, data = dat)<br>secondstage &lt;- glm(y ~ tr + med, data = dat, family = binomial(link = &quot;probit&quot;))<br><br>library(mediation)<br>

<br># applying mediation<br>  mod1 &lt;- mediate(model.y = secondstage,<br>                model.m = firststage,<br>                boot = FALSE,<br>                treat = &quot;tr&quot;,<br>                mediator = &quot;med&quot;,<br>

                sims = 100)<br>  sens1 &lt;- medsens(mod1, <a href="http://rho.by/" target="_blank">rho.by</a> = .05, sims = 100)<br><br>  pdf(&quot;GroSensRsq.pdf&quot;)<br>  plot(sens1, sens.par = &quot;R2&quot;, <br>        r.type = 1, <br>

        sign.prod = -1,<br>        levels = c(0),<br>        main = &quot;&quot;)<br>  dev.off()<br></div></blockquote></div></div></div></div></div></div><div><br></div><div><br></div><div class="gmail_quote"><div><div>
<div class="h5">
<div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000"><blockquote type="cite"><div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<div bgcolor="#ffffff" text="#000000"><div><div><blockquote type="cite"><div><br>
                      <br></div></blockquote></div></div></div></blockquote></div></div></blockquote></div></blockquote></div></div></div></div></div><br>