<div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Hello,<br><br></div>I've just tried to use genoplotR for the first time. I used read_dna_seg_from_genbank to import CDS info of cluster genes and read_comparison_from_blast to read  blastn comparison files. I checked them all with is.dna_seg and is.comparison and they all came out TRUE. Finally I used plot_gene_map(dna_segs=*all my seg files* ), comparisons=*all my comparison files*),override_color_schemes=TRUE, global_color_scheme=c("e_value", "auto", "grey", "0")). <br><br></div>With this process I end up with a nice image which seems to show the blastn conserved regions but instead of CDS boxes I get thin blue dispersed lines along my stick cluster and I can't seem to find how to give each cluster a name. I've attached the usual output. <br><br></div>I would like to ask first, how can I label the clusters, secondly how can I make the CDS show for each cluster as a box or arrow, thirdly how does one go about generating a newick2phylog file with the raw data?<br></div><div>I'm pasting an example of a dna_seg object in case that helps:<br>> geneA.seq<br>   name start   end strand length pid gene synonym product  proteinid feature<br>1  geneA   828  1001      1     57  NA geneA      NA    geneA CD352.1     CDS<br>2  geneB  1109  4090      1    993  NA geneB      NA    geneB CD353.1     CDS<br>3  geneT  4101  5903      1    600  NA geneT      NA    geneT CD354.1     CDS<br>4  geneC  5896  7140      1    414  NA geneC      NA    geneC CD355.1     CDS<br>5  geneI  7137  7874      1    245  NA geneI      NA    geneI CD356.1     CDS<br>6  geneP  7876  9924      1    682  NA geneP      NA    geneP CD357.1     CDS<br>7  geneR  9993 10679      1    228  NA geneR      NA    geneR CD358.1     CDS<br>8  geneK 10672 12015      1    447  NA geneK      NA    geneK CD359.1     CDS<br>9  geneF 12114 12791      1    225  NA geneF      NA    geneF CD360.1     CDS<br>10 geneE 12793 13521      1    242  NA geneE      NA    geneE CD361.1     CDS<br>11 geneG 13508 14152      1    214  NA geneG      NA    geneG CD362.1     CDS<br>   gene_type  col lty lwd pch cex<br>1       bars blue   1   1   8   1<br>2       bars blue   1   1   8   1<br>3       bars blue   1   1   8   1<br>4       bars blue   1   1   8   1<br>5       bars blue   1   1   8   1<br>6       bars blue   1   1   8   1<br>7       bars blue   1   1   8   1<br>8       bars blue   1   1   8   1<br>9       bars blue   1   1   8   1<br>10      bars blue   1   1   8   1<br>11      bars blue   1   1   8   1<br><br></div><div><br></div>Thank you in advance, any help and tips would be appreciated.<br></div>Diane<br><div><div><br></div></div></div>