
<html dir="ltr">

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style id="owaParaStyle" type="text/css">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>

</head>

<body ocsi="0" fpstyle="1">

<br>

<blockquote>The if statements below are a pain to my eyes :-). Due to the formatting<br>

(missing indentation and/or missing curly braces) it gives the<br>

impression that both the cout and the i = statement are carried out if<br>

the condition is true (or maybe even that nothing happens in the<br>

if-statement if you take the lack of indentation seriously).<br>

<br>

At the very least I would indent the cout statement, but given that it<br>

is a long line anyway (which are best avoided), I would add {}s and<br>

break the cout statement over multiple lines.<br>

</blockquote>

<br>

I will do a code cleanup and address this issues.<br>

<br>

<br>

<br>

<blockquote>> + if(params.mpi_id == 0)<br>

> cout << "Warning, ID names between -g file and interactions file do not coincide! The files must have the same meaningful order!" << endl;<br>

> i = params.n;//exit<br>

> }<br>

> @@ -433,7 +461,7 @@<br>

> }<br>

> }<br>

> }<br>

> - if(interaction_missings)<br>

<br>

This if statement is indented as it should be, although I would prefer<br>

breaking the long line.<br>

</blockquote>

Editor and screen size dependent, but I can comply.<br>

<br>

<br>

<blockquote>Have you ever considered using C++ vectors instead of arrays? They save<br>

you the trouble of new/delete, for example. I have no idea if there is a<br>

performance hit, however. But I can imagine that combined with iterators<br>

they may be well-optimised.<br>

Or do you simply use them because LAPACK needs arrays anyway?<br>

</blockquote>

<br>

ISO C++ forbids variable-size array. I cannot comply with every style and avoid all possible warnings at the same time.<br>

<blockquote>> Modified: pkg/OmicABELnoMM/src/main.cpp<br>

> ===================================================================<br>

> --- pkg/OmicABELnoMM/src/main.cpp 2014-10-17 14:57:34 UTC (rev 1836)<br>

> +++ pkg/OmicABELnoMM/src/main.cpp 2014-10-21 13:30:17 UTC (rev 1837)<br>

> @@ -18,39 +18,41 @@<br>

> -d <0.0~1.0> -r <-10.0~1.0> -b -s <0.0~1.0> -e <-10.0~1.0> -i -f";<br>

><br>

> string helpcmd_expl =<br>

<br>

<br>

Note that you can use the information generated by autotools for version<br>

info. If you include the config.h file that is generated you can do it<br>

like we did in ProbABEL, for example in src/usage.cpp:<br>

<br>

void print_version(void) {<br>

cout << PACKAGE<br>

<< " v. " << PACKAGE_VERSION<br>

<< "\n(C) Yurii Aulchenko, Lennart C. Karssen, Maarten Kooyman, "<br>

<< "Maksim Struchalin, The GenABEL team, EMC Rotterdam\n\n";<br>

cout << "Using EIGEN version " << EIGEN_WORLD_VERSION<br>

<< "." << EIGEN_MAJOR_VERSION << "." << EIGEN_MINOR_VERSION<br>

<< " for matrix operations\n";<br>

}<br>

<br>

The PACKAGE and PACKAGE_VERSION variables comes from config.h, and are<br>

generated by autotools. OmicABELnoMM's src/config.h contains them as well.<br>

<br>

<br>

</blockquote>

I will try it<br>

<br>

</body>

</html>