<div class="inky-message">What I remember for sure is that pre-adjusting for the interaction covariate and using "interaction-only" leads to deflated stats. So, this is not right way. <br><br>If I remember correctly the best way is to include the interaction covariate in polygenic and then also keeping it in the design matrix when running mmscore. <br><br>Yurii</div><!--end inky-message--><div class="inky-separator"> </div><div class="inky-signature"><p style="margin: 0px; padding: 0px;">  Yurii Aulchenko</p></div><!--end inky-signature--><div class="inky-separator"> </div><div class="inky-quoted"><div id="message-coda" name="message-coda" class="inlined-message"><span class="message-attribution">"L.C. Karssen" <lennart@karssen.org> wrote:</span><div class="quoted" style="border-left: 1px solid black; margin: 0pt 0pt 0pt 0.25em; padding-left: 1em; padding-top: 1ex;"><div class="displayed-message-part"><p class="preformatted-line">Hi Maksim,</p><p class="preformatted-line"> </p><p class="preformatted-line"> </p><p class="preformatted-line"> </p><blockquote><p class="preformatted-line">On 18-10-14 03:13, Maksim Struchalin wrote:</p><p class="preformatted-line">> Hi Lennart,</p><p class="preformatted-line">> </p><p class="preformatted-line">> If ProbABEL is using the same 'two steps score test' as it was in the</p><p class="preformatted-line">> first version (section 'Two-step score test for association' in ProbABEL</p><p class="preformatted-line">> paper http://www.biomedcentral.com/1471-2105/11/134)</p><p class="preformatted-line"> </p><p class="preformatted-line">Yes it does. Nothing was changed there.</p><p class="preformatted-line"> </p><p class="preformatted-line">>  then, I guess, the</p><p class="preformatted-line">> GxE term can be included in the model and run in mmscore. It only should</p><p class="preformatted-line">> be assured that the interaction term goes to the second step (run the</p><p class="preformatted-line">> model trait_residuals ~ snp + snp*E in mmscore). Otherwise, it may</p><p class="preformatted-line">> results in false positives.</p><p class="preformatted-line">> </p><p class="preformatted-line">> Actually, in the first paragraph of section 'Two-step score test for</p><p class="preformatted-line">> association' of ProbABEL paper, it is written that "design matrix may</p><p class="preformatted-line">> include not only the main SNP effect, but e.g. SNP by environment</p><p class="preformatted-line">> interaction terms". So, I would include it and look what will happen.</p><p class="preformatted-line">> </p><p class="preformatted-line"> </p><p class="preformatted-line">Thanks! I'll have a look.</p><p class="preformatted-line"> </p><p class="preformatted-line">> P.S. IMHO it is interesting to run this scenario briefly in a small</p><p class="preformatted-line">> simulation study.</p><p class="preformatted-line"> </p><p class="preformatted-line"> </p><p class="preformatted-line">Good suggestion. I hope to have some time for that.</p><p class="preformatted-line"> </p><p class="preformatted-line"> </p><p class="preformatted-line">Best,</p><p class="preformatted-line"> </p><p class="preformatted-line">Lennart.</p><p class="preformatted-line"> </p><p class="preformatted-line">> </p><p class="preformatted-line">> Best,</p><p class="preformatted-line">> Maksim</p><p class="preformatted-line">> </p><p class="preformatted-line">> </p><p class="preformatted-line">> </p><p class="preformatted-line">> On 17/10/2014 21:54, L.C. Karssen wrote:</p><p class="preformatted-line">>> Dear list,</p><p class="preformatted-line">>></p><p class="preformatted-line">>> There is a question on the forum [1] that I'm not sure how to answer.</p><p class="preformatted-line">>> The user wants to run mmscore and test for interactions. There is</p><p class="preformatted-line">>> nothing in ProbABEL that prevents her from doing that. However, in the</p><p class="preformatted-line">>> manual we state:</p><p class="preformatted-line">>></p><p class="preformatted-line">>> "Though technically --mmscore allows for inclusion of multiple</p><p class="preformatted-line">>> covariates, these should be kept to minimum as this is a score test. We</p><p class="preformatted-line">>> suggest that any covariates explaining an essential proportion of</p><p class="preformatted-line">>> variance should be fit as part of GenABEL’s polygenic procedure."</p><p class="preformatted-line">>></p><p class="preformatted-line">>> Does this also apply for interactions between SNP and a covariate? If so</p><p class="preformatted-line">>> we should produce an error message when both options are specified.</p><p class="preformatted-line">>></p><p class="preformatted-line">>></p><p class="preformatted-line">>> What is the proper way to deal with interactions and mmscore?</p><p class="preformatted-line">>></p><p class="preformatted-line">>></p><p class="preformatted-line">>> Best,</p><p class="preformatted-line">>></p><p class="preformatted-line">>> Lennart.</p><p class="preformatted-line">>></p><p class="preformatted-line">>></p><p class="preformatted-line">>> [1] http://forum.genabel.org/viewtopic.php?f=10&t=896</p><p class="preformatted-line">>></p><p class="preformatted-line">>></p><p class="preformatted-line">>> _______________________________________________</p><p class="preformatted-line">>> genabel-devel mailing list</p><p class="preformatted-line">>> genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</p><p class="preformatted-line">>> https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</p><p class="preformatted-line">> </p><p class="preformatted-line">> </p><p class="preformatted-line">> </p><p class="preformatted-line">> _______________________________________________</p><p class="preformatted-line">> genabel-devel mailing list</p><p class="preformatted-line">> genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</p><p class="preformatted-line">> https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</p><p class="preformatted-line">> </p><p class="preformatted-line"> </p><p class="preformatted-line">-- </p><p class="preformatted-line">*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*</p><p class="preformatted-line">L.C. Karssen</p><p class="preformatted-line">Utrecht</p><p class="preformatted-line">The Netherlands</p><p class="preformatted-line"> </p><p class="preformatted-line">lennart@karssen.org</p><p class="preformatted-line">http://blog.karssen.org</p><p class="preformatted-line">GPG key ID: A88F554A</p><p class="preformatted-line">-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-</p><p class="preformatted-line"> </p></blockquote></div></div></div></div><!--end inky-quoted-->