<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    <div class="moz-cite-prefix"><br>
      I think the solution of Maksim is quite workable. The minimal time
      to push this change is at least a half year: this buys time for
      users to update their pipeline.<br>
      <br>
      <pre class="moz-signature" cols="72">Maarten Kooyman
 On 12/11/2013 01:53 PM, Yurii Aulchenko wrote:
</pre>
    </div>
    <blockquote cite="mid:1152651267260974754@unknownmsgid" type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=ISO-8859-1">
      <div>Question which probably supports Maxim's suggestion: How will
        this affect existing user pipelines?<br>
        <br>
        <div>
          ----------------------</div>
        Yurii Aulchenko 
        <div>(sent from mobile device)</div>
      </div>
      <div><br>
        On Dec 11, 2013, at 13:22, Maksim Struchalin <<a
          moz-do-not-send="true" href="mailto:m.v.struchalin@mail.ru">m.v.struchalin@mail.ru</a>>
        wrote:<br>
        <br>
      </div>
      <blockquote type="cite">
        <div>
          <div class="moz-cite-prefix">Hi Lennart,<br>
            <br>
            For me, it sounds reasonable to remove the file extensions.
            <br>
            About <a moz-do-not-send="true" href="http://probabel.pl">probabel.pl</a>:
            we can provide both '<a moz-do-not-send="true"
              href="http://probabel.pl">probabel.pl</a>' and 'probabel'
            for the next few revisions (if it is possible). In this
            case, if users run '<a moz-do-not-send="true"
              href="http://probabel.pl">probabel.pl</a>', we show a
            warning messages saying that they need to use 'probabel'
            instead of '<a moz-do-not-send="true"
              href="http://proabbel.pl">proabbel.pl</a>' and that '<a
              moz-do-not-send="true" href="http://probabel.pl">probabel.pl</a>'
            will be removed soon. Later, when most of users switched to
            'probabel', we remove '<a moz-do-not-send="true"
              href="http://probabel.pl">probabel.pl</a>'. <br>
            <br>
            best,<br>
            Maksim<br>
            <br>
            <br>
            <br>
            <br>
            On 11/12/2013 18:08, L.C. Karssen wrote:<br>
          </div>
          <blockquote cite="mid:52A847B1.2090201@karssen.org"
            type="cite">
            <pre>Dear list,

While working on packaging ProbABEL for inclusion in Debian, I came
across the following warning in the Debian package check (using the
lintian program):

W: probabel: script-with-language-extension usr/bin/extIDS.pl
W: probabel: script-with-language-extension usr/bin/<a moz-do-not-send="true" href="http://probabel.pl">probabel.pl</a>

The short explanation is this:
    When scripts are installed into a directory in the system PATH, the
    script name should not include an extension such as .sh or .pl that
    denotes the scripting language currently used to implement it. The
    implementation language may change; if it does, leaving the name the
    same would be confusing and changing it would be disruptive.


The reasoning behind this warning is the following:
There are several reasons for not having an extension in the name of a
binary/script, nicely listed in this post:
    <a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-freetext" href="http://lists.debian.org/debian-med/2012/04/msg00103.html">http://lists.debian.org/debian-med/2012/04/msg00103.html</a>
The most important one to me is:
    I do not see what actual information such extensions are
    providing to the end user.  A user expects a program to do a job.
    Fullstop.  The user does not need to care about the language a
    program is written in if it just does what it is expected to do.


So, for ProbABEL I propose the following:
- extIDS.pl is not used a lot, so we can safely remove the .pl extension
there (and update the manual, mention it in the ChangeLog and release notes)
- For <a moz-do-not-send="true" href="http://probabel.pl">probabel.pl</a> this is different. Many people use it exclusively
instead of calling pa{linear,logist,coxph} directly and changing this
would mean breaking user experience completely. I think we do need to
remove the extension at some point in the future, but that would be in a
'large' update, say v0.5, not in a minor one like the upcoming v0.4.2.


What do you think of this?

Lennart.


--
*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
L.C. Karssen
Utrecht
The Netherlands

<a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:lennart@karssen.org">lennart@karssen.org</a>
<a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-freetext" href="http://blog.karssen.org">http://blog.karssen.org</a>
GPG key ID: A88F554A
-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-

</pre>
            <br>
            <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
            <br>
            <pre>_______________________________________________
genabel-devel mailing list
<a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a>
<a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-freetext" href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</a></pre>
          </blockquote>
          <br>
        </div>
      </blockquote>
      <blockquote type="cite">
        <div><span>_______________________________________________</span><br>
          <span>genabel-devel mailing list</span><br>
          <span><a moz-do-not-send="true"
              href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a></span><br>
          <span><a moz-do-not-send="true"
href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</a></span></div>
      </blockquote>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
genabel-devel mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</a></pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>