Too slow, too difficult for the user, or both? :)<br><br>On Friday, November 22, 2013, Maksim Struchalin  wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    <div>Yes. Looks like it was a bad idea to
      use plink R-plugin for converting plink files to *ABEL format.<br>
      Maksim<br>
      <br>
      On 18/11/2013 18:48, Yury Aulchenko wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite">
      
      I would say that in principle DatABEL::text2databel is the
      "natural" way to go from text-files to DatABEL-files
      <div><br>
      </div>
      <div>The problem is that 'regular' text input may be allele by
        allele, not genotype by genotype... (e.g. data are in format "A
        G", or "A/G", not "0" or "1" or "2"). </div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Y<br>
        <div><br>
          <div>
            <div>On Nov 15, 2013, at 17:48 PM, L.C. Karssen <<a>lennart@karssen.org</a>>
              wrote:</div>
            <br>
            <blockquote type="cite">
              <div style="font-size:12px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">
Hi
                Maksim,<br>
                <br>
                On 15-11-13 05:53, Maksim Struchalin wrote:<br>
                <blockquote type="cite">An easy way to write a function
                  for conversion a plink format file to a<br>
                  GenABEL format file:<br>
                  <br>
                  Use plink support of 'plug-in' functions<br>
                </blockquote>
                <br>
                Nice find. I didn't know that existed.<br>
                <br>
                <blockquote type="cite">(<a href="http://pngu.mgh.harvard.edu/%7Epurcell/plink/rfunc.shtml" target="_blank">http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/rfunc.shtml</a>).
                  This allows us<br>
                  to write a simple R script (myscript.R) which is
                  called by plink (plink<br>
                  --file mydata --R myscript.R). plink reads the file
                  mydata (which is in<br>
                  plink format) and iteratively, SNP by SNP, trasfer all
                  the data to a<br>
                  script myscript.R. This script contains a function<br>
                  Rplink(PHENO,GENO,CLUSTER,COVAR) which will take every
                  SNP (GENO<br>
                  variable) and store it in a *flv format through
                  calling DatABEL functions.<br>
                  <br>
                  The whole process of conversion will look like this:<br>
                  <br>
                  1) User asks GenA convert plink file to GenA file<br>
                  2) GenA looks weather the plink is installed. If it is
                  not installed,<br>
                  then GenA goes to a plink site and download/install it
                  itself (use an R<br>
                  function "download.file" from "utils" package)<br>
                  3) GenA run a simple line: system('plink --file mydata
                  --R myscript.R')<br>
                  4) Rplink function (from myscript.R) gets every SNP
                  and stote it in *flv<br>
                  format. This function creates an flv file and then
                  open and close it for<br>
                  saving every single SNP.<br>
                  5) Work is Done<br>
                </blockquote>
                <br>
                I'm not sure how portable it is to download and run
                plink. Also, the<br>
                plink page says: Currently, there is only support for
                R-plugins for<br>
                Linux-based and Mac OS PLINK distributions.<br>
                <br>
                <blockquote type="cite"><br>
                  The only issue is how fast the converssion will run:
                  how much time does<br>
                  it take to open a filvector file, store one SNP and
                  close it? I can not<br>
                  find a DatABEL R function for adding SNP to a flv
                  file. Is there a C<br>
                  DatABEL function which can do it?<br>
                </blockquote>
                <br>
                Wouldn't it be easier/possible to use plink to export to
                text (.csv) and<br>
                then use filevector's txt2fvf binary (of course this
                could be done from<br>
                R using system())?<br>
                <br>
                I'm also wondering if going per SNP is really necessary.
                If I understand<br>
                it correctly the R script (myscript.R) has to have a
                function called:<br>
                Rplink <- function(PHENO,GENO,CLUSTER,COVAR)<br>
                where GENO is the matrix of genotypes. So we could write
                that into a<br>
                DatABEL file at once. Of course you may want to do this
                per chromosome<br>
                to reduce memory consumption (not sure how plink/R would
                handle large<br>
                data sets).<br>
                <br></div></blockquote></div></div></div></blockquote></div>

</blockquote><br><br>-- <br>-----------------------------------------------------<br>Yurii S. Aulchenko<br><div><br></div><div>[ <a href="http://nl.linkedin.com/in/yuriiaulchenko" target="_blank">LinkedIn</a> ] [ <a href="http://twitter.com/YuriiAulchenko" target="_blank">Twitter</a> ] [ <a href="http://yurii-aulchenko.blogspot.nl/" target="_blank">Blog</a> ]</div>
<br>