<div dir="ltr">Re: splitting. No idea. They (CRAN) asked it. Can imagine this is related to CRAN infrastructure (remember they have 1000s of packages).<div><br></div><div>Y</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">
On Wed, Nov 6, 2013 at 11:27 PM, L.C. Karssen <span dir="ltr"><<a href="mailto:lennart@karssen.org" target="_blank">lennart@karssen.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
In the mean time I did a second commit, which fixed the same isnan()<br>
error in ITERlib.<br>
Now GenABEL compiles without warnings on my system (unless you add -Wall<br>
-pedantic to the CFLAGS, but those shouldn't be show stoppers).<br>
<br>
<br>
Hmm... Splitting the data in a separate package. What was the reasoning<br>
behind that? OK, it would make for a lighter main package, but for the<br>
examples to work, we still need them. And the GenABEL tar.gz is only<br>
~5MB (the actual data directory is ~2.4MB), that should be ok for modern<br>
standards, right? The Writing R Extensions manual talks about very large<br>
datasets, but mentions 2GB in that respect.<br>
We already download the files needed for creating the tutorial<br>
separately...<br>
<br>
<br>
Lennart.<br>
<div><div class="h5"><br>
On 06-11-13 18:46, Yurii Aulchenko wrote:<br>
> Thank you very much! - time for genabel resubmission... Dread it a bit<br>
> as other request was to put all the data in separate package...<br>
><br>
> ----------------------<br>
> Yurii Aulchenko<br>
> (sent from mobile device)<br>
><br>
>> On Nov 6, 2013, at 14:22, "L.C. Karssen" <<a href="mailto:lennart@karssen.org">lennart@karssen.org</a>> wrote:<br>
>><br>
>> I added  -Wall -std=c++11 to the Makefile in pkg/filevector/. This<br>
>> resulted in an error  (about an ambiguous isnan() function definition)<br>
>> The fix in SVN r.1361 fixes that error.<br>
>><br>
>> Hopefully that's enough. If not, let me know.<br>
>><br>
>><br>
>> Lennart.<br>
>><br>
>>> On 11/06/2013 11:37 AM, Yurii Aulchenko wrote:<br>
>>> FYI<br>
>>><br>
>>> I expect this is the same code (filevector?) as that in previous FYI<br>
>>> causing complains<br>
>>><br>
>>> ---------- Forwarded message ----------<br>
>>> From: *Prof Brian Ripley* <<a href="mailto:ripley@stats.ox.ac.uk">ripley@stats.ox.ac.uk</a><br>
>>> <mailto:<a href="mailto:ripley@stats.ox.ac.uk">ripley@stats.ox.ac.uk</a>>><br>
>>> Date: Wed, Nov 6, 2013 at 10:20 AM<br>
>>> Subject: C++ which is not valid C++11 in CRAN package DatABEL<br>
>>> To: <a href="mailto:yurii@bionet.nsc.ru">yurii@bionet.nsc.ru</a> <mailto:<a href="mailto:yurii@bionet.nsc.ru">yurii@bionet.nsc.ru</a>><br>
>>><br>
>>><br>
>>> We now have compilers (gcc 4.8.2, clang with libcxx headers) with<br>
>>> fairly complete C++11 support (which can be selected by -std=c++11).<br>
>>> At least one of these is showing compilation errors on your package,<br>
>>> which were in many cases warnings under earlier versions of g++<br>
>>> (provided -Wall was used: see 'Writing R Extensions').  People are<br>
>>> pressing that this become the default where supported.<br>
>>><br>
>>> You can see the compilation logs at e.g.<br>
>>> <a href="http://www.r-project.org/nosvn/R.check/r-devel-linux-x86_64-fedora-clang/BiasedUrn-00check.html" target="_blank">http://www.r-project.org/nosvn/R.check/r-devel-linux-x86_64-fedora-clang/BiasedUrn-00check.html</a><br>

>>> and<br>
>>> <a href="http://www.stats.ox.ac.uk/pub/bdr/memtests/ASAN/BiasedUrn.log" target="_blank">http://www.stats.ox.ac.uk/pub/bdr/memtests/ASAN/BiasedUrn.log</a> .<br>
>>><br>
>>><br>
>>> Please submit an update to CRAN (following the CRAN policies) at<br>
>>> <a href="http://cran.r-project.org/web/packages/policies.html" target="_blank">http://cran.r-project.org/web/packages/policies.html</a>.  Do NOT reply to<br>
>>> this email to submit an update!<br>
>>><br>
>>> There may be other issues that need fixing: see the CRAN check logs at<br>
>>> <a href="http://cran.r-project.org/web/checks/check_results_NAME.html" target="_blank">http://cran.r-project.org/web/checks/check_results_NAME.html</a>,<br>
>>> replacing NAME by the name of your package.<br>
>>><br>
>>><br>
>>><br>
>>> --<br>
>>> -----------------------------------------------------<br>
>>> Yurii S. Aulchenko<br>
>>><br>
>>> [ LinkedIn <<a href="http://nl.linkedin.com/in/yuriiaulchenko" target="_blank">http://nl.linkedin.com/in/yuriiaulchenko</a>> ] [ Twitter<br>
>>> <<a href="http://twitter.com/YuriiAulchenko" target="_blank">http://twitter.com/YuriiAulchenko</a>> ] [ Blog<br>
>>> <<a href="http://yurii-aulchenko.blogspot.nl/" target="_blank">http://yurii-aulchenko.blogspot.nl/</a>> ]<br>
>>><br>
>>><br>
>>> _______________________________________________<br>
>>> genabel-devel mailing list<br>
>>> <a href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
>>> <a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</a><br>
>><br>
>> --<br>
>> *-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*<br>
>> L.C. Karssen<br>
>> Utrecht<br>
>> The Netherlands<br>
>><br>
>> <a href="mailto:lennart@karssen.org">lennart@karssen.org</a><br>
>> <a href="http://blog.karssen.org" target="_blank">http://blog.karssen.org</a><br>
>> GPG key ID: A88F554A<br>
>> -*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-<br>
>><br>
>> _______________________________________________<br>
>> genabel-devel mailing list<br>
>> <a href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
>> <a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</a><br>
<br>
</div></div>--<br>
-----------------------------------------------------------------<br>
<div class="im">L.C. Karssen<br>
Utrecht<br>
The Netherlands<br>
<br>
<a href="mailto:lennart@karssen.org">lennart@karssen.org</a><br>
<a href="http://blog.karssen.org" target="_blank">http://blog.karssen.org</a><br>
<br>
</div>Stuur mij aub geen Word of Powerpoint bestanden!<br>
Zie <a href="http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.nl.html" target="_blank">http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.nl.html</a><br>
------------------------------------------------------------------<br>
<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>-----------------------------------------------------<br>Yurii S. Aulchenko<br><div><br></div><div>[ <a href="http://nl.linkedin.com/in/yuriiaulchenko" target="_blank">LinkedIn</a> ] [ <a href="http://twitter.com/YuriiAulchenko" target="_blank">Twitter</a> ] [ <a href="http://yurii-aulchenko.blogspot.nl/" target="_blank">Blog</a> ]</div>

</div>