Another point: apparently you do not check boundaries - e.g. when I try to get results for trait #200,000 (I have 107,000 only) I get the core dump.<div><br></div><div>YA<br><br><div class="gmail_quote">On Sat, Jul 20, 2013 at 5:15 PM, Yurii Aulchenko <span dir="ltr"><<a href="mailto:yurii.aulchenko@gmail.com" target="_blank">yurii.aulchenko@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Sodbo,<div>
</div><div><br></div><div>It seems that reshuffle does not work correctly, at least I can not get to the results with it (see below). I use a dataset with ~107k traits and ~280k SNPs.</div><div><br></div><div>Any idea? - do I do something wrong?</div>

<div><br></div><div>YA</div><div><br></div><div>With perl-extractor I get chi2 of 62 </div><div><br></div><div><div>ya567666@cluster:~[167]$ perl extractCell.pl /hpcwork/df938257/natgen/B2 329 209602 | gawk '{print $_,($2/$4)^2}'</div>

<div> -0.165153577923775 0.580845952033997 0.0298683661967516 0.0734809562563896 -0.00155110028572381 62.4845</div><div><br></div><div>But this is not the case with reshuffle (and also I do not get any output with reshuffle /hpcwork/df938257/natgen/B2 --chi=30, while I know there are such chi2's in the results)</div>

<div><br></div><div>ya567666@cluster:~[167]$ reshuffle /hpcwork/df938257/natgen/B2 --snps=209602 --traits=329 --chi</div><div>Finish iout_file read   0.11 sec</div><div>Start_write_chi_data=0.14 sec</div><div>End_write_chi_trait     spm_1_AND_spmp_23 0.14 sec</div>

<div>Finish_write_chi_data   0.14 sec</div><div>Finish reshuffling 0.14 sec</div><div>ya567666@cluster:~[168]$ cat chi_data.txt </div><div>SNP     Trait   beta_1  beta_SNP        se_1    se_SNP  cov_SNP_1       Chi2</div>

<div>rs4902242       spm_1_AND_spmp_23       -0.00234050769358873    -0.0338250175118446     0.128280490636826   0.0329618416726589       0.0770578160881996      1.05306001371466</div><div>ya567666@cluster:~[169]$ </div>
</div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>-----------------------------------------------------<br>Yurii S. Aulchenko<br><div><br></div><div>[ <a href="http://nl.linkedin.com/in/yuriiaulchenko" target="_blank">LinkedIn</a> ] [ <a href="http://twitter.com/YuriiAulchenko" target="_blank">Twitter</a> ] [ <a href="http://yurii-aulchenko.blogspot.nl/" target="_blank">Blog</a> ]</div>

</div>