Thank you very much, Lennart! - not sure I will manage to use this data for current presentation - it is getting rather big now, and I am getting tired... I probably can use these numbers to make a figure "how the community sets off", but not sure, did not have time to present these numbers graphically yet. <div>
<br></div><div>You can find the current draft of presentation at my public Dropbox, <a href="https://dl.dropboxusercontent.com/u/13260693/GenABEL-1.odp">https://dl.dropboxusercontent.com/u/13260693/GenABEL-1.odp</a></div>
<div><br></div><div>Comments/suggestions/improvements are welcome! </div><div><br></div><div>Note that I have 15-17 minutes for the presentation, so slide count is already too high. Can probably cut short on the "history". Also wonder if this presentation will be interesting for the R people - it is kind of very general one at the moment. <br>
<div><br></div><div>YA<br><br><div class="gmail_quote">On Sat, Jul 6, 2013 at 6:10 PM, L.C. Karssen <span dir="ltr"><<a href="mailto:lennart@karssen.org" target="_blank">lennart@karssen.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi Yurii,<br>
<br>
Please find attached the output of the MySQL statement. I added another<br>
column in which the week numbers are separated from the year by a dash,<br>
that makes it easier to read in e.g. R:<br>
<br>
posts <- read.table("tmp/posts_per_week_converted.out", header=TRUE,<br>
sep=" ", row.names=NULL)<br>
<br>
colnames(posts) <- c("date", "num_posts")<br>
<br>
# Convert year-week to year-month-day<br>
posts$weekdate <- as.Date(paste(posts$date, 1), format="%Y-%U %u")<br>
<br>
head(posts)<br>
     date num_posts   weekdate<br>
1 2011-01         1 2011-01-03<br>
2 2011-04        15 2011-01-24<br>
3 2011-05         7 2011-01-31<br>
4 2011-06        24 2011-02-07<br>
5 2011-07        10 2011-02-14<br>
6 2011-08         7 2011-02-21<br>
<br>
<br>
This should help making a bar plot of "weekdate" vs. "num_posts".<br>
<br>
<br>
By the way, the SQL script is in the ~/scripts/ directory on the SSH<br>
server of our hoster. You can execute it like this:<br>
 mysql -u USERNAME --password=PASSWORD -h HOSTNAME <<br>
get_weekly_posts.sql > posts_per_week.out<br>
<br>
The user name, password and host name can be found in the backup scripts<br>
in that same directory.<br>
<br>
<br>
Best,<br>
<br>
Lennart.<br>
<div class="im"><br>
<br>
On 05-07-13 14:04, Yurii Aulchenko wrote:<br>
><br>
><br>
> On Fri, Jul 5, 2013 at 12:30 PM, L.C. Karssen <<a href="mailto:lennart@karssen.org">lennart@karssen.org</a><br>
</div><div><div class="h5">> <mailto:<a href="mailto:lennart@karssen.org">lennart@karssen.org</a>>> wrote:<br>
><br>
>     Hi Yurii,<br>
><br>
>     On 07/05/2013 11:04 AM, Yurii Aulchenko wrote:<br>
>     > Dear All,<br>
>     ><br>
>     > I am now drafting my presentation for UseR!-2013 (<br>
>     > <a href="http://www.edii.uclm.es/~useR-2013/" target="_blank">http://www.edii.uclm.es/~useR-2013/</a>). My presentation about "The<br>
>     GenABEL<br>
>     > suite for genome-wide association analyses" is scheduled for Wed<br>
>     July 10<br>
>     > morning. I will send it to the list for the discussion as soon as<br>
>     I have a<br>
>     > draft (most likely by Saturday eve).<br>
>     ><br>
>     > I thought it may be a good idea to present the evolution of the<br>
>     GenABEL in<br>
>     > number, so the idea is to get the numbers by years/quartes of the year<br>
>     > (say, #posts in 2009=x1, 2010=x2...) and present them graphically.<br>
>     For some<br>
>     > of growth metrics I can get the dynamics by years easily, but for<br>
>     some I<br>
>     > have no idea and hope you could help me (may be also by providing the<br>
>     > numbers directly).<br>
>     ><br>
>     > Here a small list of metrics I thought of:<br>
>     ><br>
>     > #packages: very easy to count :)<br>
>     > #posts on GenABEL-devel: possible to count<br>
>     > #posts on forum: no idea how to do that for defined time periods<br>
><br>
>     I guess you need to run a query on the database to get those. Our hoster<br>
>     has a phpmyadmin interface yuo can use for that (or you could probably<br>
>     use the SSH account and run the MySQL client from the command line).<br>
>     Probably a query along this line:<br>
><br>
>      SELECT yearweek(date(from_unixtime(post_time))) AS week, COUNT(*) AS<br>
>     num_posts FROM phpbb_posts GROUP BY<br>
>     yearweek(date(from_unixtime(post_time)))<br>
><br>
><br>
> arrgh... probably I can figure this out if I had enough time, but gonna<br>
> to invest into presentation now. If you/someone could give a hand, would<br>
> be great :)<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
>     > #number of lines of code in our SVN repo: no idea<br>
><br>
>     Probably SLOCcount will help: <a href="http://www.dwheeler.com/sloccount/" target="_blank">http://www.dwheeler.com/sloccount/</a><br>
><br>
><br>
> This is a nice one! Two problems: it does not count/recognize R; did not<br>
> see how to use it to see the dynamics (what was there in repo 2 years<br>
> ago?..)<br>
><br>
> But I like that even without the R code counts (which is 148,000 lines),<br>
> for ~65,000 lines of mostly C/C++ I get the message indicating that<br>
> GenABEL is worth few millions of dollars:<br>
><br>
> Development Effort Estimate, Person-Years (Person-Months) = 15.44 (185.24)<br>
>  (Basic COCOMO model, Person-Months = 2.4 * (KSLOC**1.05))<br>
> Schedule Estimate, Years (Months)                         = 1.05 (12.61)<br>
>  (Basic COCOMO model, Months = 2.5 * (person-months**0.38))<br>
> Total Estimated Cost to Develop                           = $ 2,085,323<br>
>  (average salary = $56,286/year, overhead = 2.40).<br>
><br>
> So I think I should use these figures in my presentation :)<br>
><br>
>     > #citations (GenA, ProbA...): easy to count thanks to Google Scholar<br>
>     > #mentions on the Web: ???<br>
>     ><br>
>     > Any other nice and easily computed metrics?<br>
>     ><br>
>     > I will appreciate your help and suggestions, and sorry for late<br>
>     notice.<br>
>     ><br>
><br>
><br>
>     Good luck,<br>
><br>
>     Lennart.<br>
><br>
>     > best,<br>
>     > Yurii<br>
>     ><br>
>     ><br>
>     ><br>
>     > _______________________________________________<br>
>     > genabel-devel mailing list<br>
>     > <a href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
</div></div>>     <mailto:<a href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a>><br>
<div class="im">>     ><br>
>     <a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</a><br>
>     ><br>
><br>
><br>
>     --<br>
>     -----------------------------------------------------------------<br>
>     L.C. Karssen<br>
>     Utrecht<br>
>     The Netherlands<br>
><br>
</div>>     <a href="mailto:lennart@karssen.org">lennart@karssen.org</a> <mailto:<a href="mailto:lennart@karssen.org">lennart@karssen.org</a>><br>
<div class="im">>     <a href="http://blog.karssen.org" target="_blank">http://blog.karssen.org</a><br>
><br>
>     Stuur mij aub geen Word of Powerpoint bestanden!<br>
>     Zie <a href="http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.nl.html" target="_blank">http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.nl.html</a><br>
>     ------------------------------------------------------------------<br>
><br>
><br>
>     _______________________________________________<br>
>     genabel-devel mailing list<br>
>     <a href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
</div>>     <mailto:<a href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a>><br>
<div class="im">>     <a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</a><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> --<br>
> -----------------------------------------------------<br>
> Yurii S. Aulchenko<br>
><br>
</div>> [ LinkedIn <<a href="http://nl.linkedin.com/in/yuriiaulchenko" target="_blank">http://nl.linkedin.com/in/yuriiaulchenko</a>> ] [ Twitter<br>
> <<a href="http://twitter.com/YuriiAulchenko" target="_blank">http://twitter.com/YuriiAulchenko</a>> ] [ Blog<br>
> <<a href="http://yurii-aulchenko.blogspot.nl/" target="_blank">http://yurii-aulchenko.blogspot.nl/</a>> ]<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
--<br>
-----------------------------------------------------------------<br>
L.C. Karssen<br>
Utrecht<br>
The Netherlands<br>
<br>
<a href="mailto:lennart@karssen.org">lennart@karssen.org</a><br>
<a href="http://blog.karssen.org" target="_blank">http://blog.karssen.org</a><br>
<br>
Stuur mij aub geen Word of Powerpoint bestanden!<br>
Zie <a href="http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.nl.html" target="_blank">http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.nl.html</a><br>
------------------------------------------------------------------<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>-----------------------------------------------------<br>Yurii S. Aulchenko<br><div><br></div><div>[ <a href="http://nl.linkedin.com/in/yuriiaulchenko" target="_blank">LinkedIn</a> ] [ <a href="http://twitter.com/YuriiAulchenko" target="_blank">Twitter</a> ] [ <a href="http://yurii-aulchenko.blogspot.nl/" target="_blank">Blog</a> ]</div>

</div></div>