Thanks, Sodbo - does pass my test now! :)<div><br></div><div>This is actually very good - I was so depressed not seeing any association, then happy to discover a bug, and now even more happy to see quite a few significant hits!<br>
<div><br></div><div>YA<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jul 1, 2013 at 9:51 AM, Содбо Шарапов <span dir="ltr"><<a href="mailto:sharapovsodbo@gmail.com" target="_blank">sharapovsodbo@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear all!<br>I fixed bug in OmicABEL_reshuffle.<br>This bug was only for big data. The reason is, that for big output data value of tile_coordinate is higher, than max(int).<br>
For example: for data with 1080 ids and 122756 SNPs max(tile_coordinate)=1080(ids) * 122756(SNPs) * 8 (sizeof(double)) * 5 (columns:beta_1,se_1,beta_SNP,se_SNP, etc) =  5 303 059 200<br>
max(int) = 2 147 483 647<br>max(unsigned int) = 4 294 967 295<br>This values is lower than max(tile_coordinate). That's why tile_coordinates for a half of data were incorrect and senseless.<br>So, the solution of this problem is change type of variabels for tile_coordinates: I select int64_t instead of int.<br>

max (int64_t)= 9,223,372,036,854,775,808. I think this is enough!=)<br>Now, "reshuffle" works with big data correctly. Compilation for Linux and Windows was succesful.<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div>
-- <br><div dir="ltr"><u>_________________________________</u><div>

<u><br></u>With best regards<br><br>Sodbo Zh. Sharapov<div>Phone:  +79831347688</div><div>Email:    <a href="mailto:sharapovsodbo@gmail.com" target="_blank">sharapovsodbo@gmail.com</a></div><div>             <a href="mailto:sharapov@bionet.nsc.ru" target="_blank">sharapov@bionet.nsc.ru</a></div>


<div>Skype:   sharapovsodbo
</div></div></div>
</div></font></span></div>
<br>_______________________________________________<br>
genabel-devel mailing list<br>
<a href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</a><br></blockquote></div><br><br clear="all">
<div><br></div>-- <br>-----------------------------------------------------<br>Yurii S. Aulchenko<br><div><br></div><div>[ <a href="http://nl.linkedin.com/in/yuriiaulchenko" target="_blank">LinkedIn</a> ] [ <a href="http://twitter.com/YuriiAulchenko" target="_blank">Twitter</a> ] [ <a href="http://yurii-aulchenko.blogspot.nl/" target="_blank">Blog</a> ]</div>

</div></div>