Dear All,<div><br></div><div>I'd like to publish the following news on <a href="http://genabel.org">genabel.org</a> in coming days. Your comments are welcome! </div><div><br></div><div>YA</div><div><br></div><div><br></div>
<div><div>A manuscript on a new region-based association analysis method and GRAMMAR+ transformation  </div><div><br></div><div>The team led by Prof. Axenovich has published the manuscript on <a href="<a href="http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0065395">http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0065395</a>">"Region-Based Association Analysis of Human Quantitative Traits in Related Individuals"</a>. Additionally to providing a region-based analysis method, the manuscript also features description of the GRAMMAR+ transformation, which allows treating transformed trait values as if they were measured in a population-based study of unrelated individuals. We foresee this transformation will be very useful, e.g. it allows application of multiple methods developed in the population-based context to the analysis of data with genetic (sub)structure.  </div>
<div><br></div><div>The GRAMMAR+ transformation is an improvement of the <a href="<a href="http://www.genetics.org/content/177/1/577">http://www.genetics.org/content/177/1/577</a>">original GRAMMAR-residuals</a> (aka "environmental residuals"), which are known to lead to conservative analysis. This is not the case with the new GRAMMAR+ transform. </div>
<div><br></div><div>GRAMMAR+ transformation is available in the GenABEL package as one of the objects (...$grresidualY) returned by the 'polygenic' command. </div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>
Update of the open "GenABEL tutorial"</div><div><br></div><div>Open <a href="<a href="http://www.genabel.org/tutorials">http://www.genabel.org/tutorials</a>">GenABEL tutorial</a> -- as announced in <a href="<a href="http://www.genabel.org/news20130625">http://www.genabel.org/news20130625</a>">previous story</a> -- has reached total length of 261 pages after a recent update. The update mostly concerns the chapter "GWA analysis in presence of stratification: theory".</div>
<div><br></div><div><div>The text of this chapter is in large part based on a chapter "Effects of Population Structure in Genome-wide Association Studies" of a the book <a href="<a href="http://store.elsevier.com/Analysis-of-Complex-Disease-Association-Studies/isbn-9780123751423/">http://store.elsevier.com/Analysis-of-Complex-Disease-Association-Studies/isbn-9780123751423/</a>">"Analysis of Complex Disease Association Studies: A Practical Guide"</a> published by Elsvier in 2011. </div>
<div><br></div><div>We thank Elsvier for the permission to reproduce the text and figures in our tutorial.</div></div><div><div><br></div><br>
</div></div>