<br><br><div class="gmail_quote">On Sun, May 26, 2013 at 4:34 PM, L.C. Karssen <span dir="ltr"><<a href="mailto:lennart@karssen.org" target="_blank">lennart@karssen.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi Yurii,<br>
<br>
Thanks for your insights!<br>
<div class="im"><br>
On 26-05-13 09:22, Yurii Aulchenko wrote:<br>
> R: that may be too much to ask to install R as a 'library' :) however,<br>
> similarly to boost, this may provide with more opportunities in the future<br>
><br>
> GSL: to my experience should work across major platforms (at least I<br>
> remember compiling MixABEL for Win, and I am using MixABEL for Mac);<br>
> using GSL in MixABEL worked rather straightforwardly<br>
<br>
</div>Good to hear that. I do find GSL's matrix/vector code a hassle to use.<br>
<div class="im">><br>
> boost: no experience<br>
><br>
> So I would personally be more inclined towards GSL, but only because I<br>
> had some experience with it.<br>
<br>
</div>In fact, of all options I presented I also only have actual experience<br>
(beyond a few simple tests) with the GSL.<br>
<div class="im"><br>
> I have however heard that GSL is<br>
> not-so-perfect library ... so it may appear that eventually you want to<br>
> switch to boost - but for one function that should not be a big deal, right?<br>
<br>
</div>Probably not. Can you say something more about GSL being not so perfect?<br>
<div class="im"><br></div></blockquote><div><br></div><div><br></div><div>Nothing specific to tell - just vaguely remember that someone was commenting about GSL this way. May well be not true or true for some aspect :)</div>
<div><br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">
><br>
> Thinking of the future, boost may indeed be the best option, but I<br>
> would definitely do some testing on different platforms. If you give me<br>
> clear instructions, I am willing to do testing for Mac.<br>
<br>
</div>Great!<br>
<div class="im"><br>
<br>
><br>
> Yurii<br>
><br>
> PS what is p.o.p. code?<br>
<br>
</div>Proof of principle.<br>
<br>
<br>
Best,<br>
<br>
Lennart.<br>
<div class="im"><br>
><br>
> On Fri, May 24, 2013 at 2:55 AM, L.C. Karssen <<a href="mailto:lennart@karssen.org">lennart@karssen.org</a><br>
</div><div><div class="h5">> <mailto:<a href="mailto:lennart@karssen.org">lennart@karssen.org</a>>> wrote:<br>
><br>
>     Dear list,<br>
><br>
>     One of the long standing feature requests for ProbABEL (#2086 in the<br>
>     tracker) has been adding p-values to the output files (at least for the<br>
>     most-often used additive model based on dosage files).<br>
>     Maarten and I have discussed this a while ago and we'd like to implement<br>
>     this (Maarten actually already wrote a proof of principle).<br>
><br>
>     Before we go for a certain implementation I'd like to start a discussion<br>
>     on this list on how to deal with dependencies.<br>
>     For this specific example we have the following options:<br>
>     1) Implement p-value code ourselves (from scratch)<br>
>     2) Use the R math library<br>
>     3) Use the GNU Scientific Library<br>
>     4) Use the Boost library<br>
><br>
>     Option 1 is a bad one, because writing good code for extreme p-values is<br>
>     not trivial and this problem has already been solved (by at least the<br>
>     three other options in the list).<br>
><br>
>     As to options 2-4 I'd like to hear your opinion on the following:<br>
>     a) introducing dependencies on external libraries: with any of these<br>
>     solutions we introduce a dependency for the people running ProbABEL.<br>
>     Option 2 depends on R being present, 3 on the installation of the GSL<br>
>     and option 3 on Boost. Note that (for efficient matrix math we already<br>
>     recommend installing the Eigen headers, but that is only necessary when<br>
>     compiling, not when running).<br>
>     Personally I don't see this as a bad thing, especially since I can use<br>
>     the ./configure mechanism to disable the feature if the lib is not<br>
>     installed<br>
>     b) which lib would be best to use? Option 2 is easy (and we have<br>
>     Maarten's p.o.p. code based on that). Option 3 would have been my first<br>
>     choice and is also not difficult to program (also the GSL has been shown<br>
>     to have a stable implementation for low p-values [1]). Option 3 is more<br>
>     complex to program, but given the wide range of the Boost libs, we may<br>
>     be able to leverage some of its other features as well (e.g.<br>
>     reading/writing gzipped files).<br>
><br>
>     So in short:<br>
>     ad 2) easy, but large dependency on R (will probably also work on<br>
>     Windows)<br>
>     ad 3) easy, simple, but may be more difficult for Windows (needs to be<br>
>     checked)<br>
>     ad 4) more difficult, but more possibilities for the future<br>
><br>
><br>
>     Any thoughts/suggestions?<br>
><br>
>     Thanks,<br>
><br>
>     Lennart.<br>
>     --<br>
>     -----------------------------------------------------------------<br>
>     L.C. Karssen<br>
>     Utrecht<br>
>     The Netherlands<br>
><br>
</div></div>>     <a href="mailto:lennart@karssen.org">lennart@karssen.org</a> <mailto:<a href="mailto:lennart@karssen.org">lennart@karssen.org</a>><br>
<div class="im">>     <a href="http://blog.karssen.org" target="_blank">http://blog.karssen.org</a><br>
><br>
>     Stuur mij aub geen Word of Powerpoint bestanden!<br>
>     Zie <a href="http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.nl.html" target="_blank">http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.nl.html</a><br>
>     ------------------------------------------------------------------<br>
><br>
><br>
>     _______________________________________________<br>
>     genabel-devel mailing list<br>
>     <a href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
</div>>     <mailto:<a href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a>><br>
<div class="im">>     <a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</a><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> --<br>
> -----------------------------------------------------<br>
> Yurii S. Aulchenko<br>
><br>
</div>> [ LinkedIn <<a href="http://nl.linkedin.com/in/yuriiaulchenko" target="_blank">http://nl.linkedin.com/in/yuriiaulchenko</a>> ] [ Twitter<br>
> <<a href="http://twitter.com/YuriiAulchenko" target="_blank">http://twitter.com/YuriiAulchenko</a>> ] [ Blog<br>
> <<a href="http://yurii-aulchenko.blogspot.nl/" target="_blank">http://yurii-aulchenko.blogspot.nl/</a>> ]<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
--<br>
-----------------------------------------------------------------<br>
L.C. Karssen<br>
Utrecht<br>
The Netherlands<br>
<br>
<a href="mailto:lennart@karssen.org">lennart@karssen.org</a><br>
<a href="http://blog.karssen.org" target="_blank">http://blog.karssen.org</a><br>
<br>
Stuur mij aub geen Word of Powerpoint bestanden!<br>
Zie <a href="http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.nl.html" target="_blank">http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.nl.html</a><br>
------------------------------------------------------------------<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>-----------------------------------------------------<br>Yurii S. Aulchenko<br><div><br></div><div>[ <a href="http://nl.linkedin.com/in/yuriiaulchenko" target="_blank">LinkedIn</a> ] [ <a href="http://twitter.com/YuriiAulchenko" target="_blank">Twitter</a> ] [ <a href="http://yurii-aulchenko.blogspot.nl/" target="_blank">Blog</a> ]</div>