In theory I agree :)<div><br></div><div>In practice submitting to CRAN takes from 4 hours to a full day, so I personally would not like to submit unless strictly necessary.</div><div><br></div><div>As for this particular fix - I expect some more code changes still this week, so if we decide to publish on CRAN I would wait till next week.</div>
<div><br></div><div>best wishes,</div><div>YA<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Apr 3, 2013 at 1:20 PM, L.C. Karssen <span dir="ltr"><<a href="mailto:lennart@karssen.org" target="_blank">lennart@karssen.org</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Yurii, Maria,<br>
<br>
Indeed, this is more a workaround than a fix. I think we communicated<br>
this simple workaround in the past, but I agree with Maria we should<br>
either announce it more widely, or, probably better push a new GenABEL<br>
release to CRAN (for those people who don't read the announcements :-)).<br>
<br>
Yurii, what do you think? One the one hand it is not urgent (we've been<br>
living with this bug for a while) on the other hand, the present<br>
situation is a dangerous one... Are there any developments in GenABEL<br>
SVN that are not ready for publishing yet?<br>
<br>
<br>
Best,<br>
<br>
Lennart.<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On 04/03/2013 12:19 PM, Yurii Aulchenko wrote:<br>
> Hi Maria,<br>
><br>
> if my understanding is correct, the fix is now only in the devel-version on<br>
> SVN - so you would need to export and build package if you really want it<br>
> (see <a href="http://genabel.r-forge.r-project.org/tutHowToInstallDevelVersion.html" target="_blank">http://genabel.r-forge.r-project.org/tutHowToInstallDevelVersion.html</a>).<br>
><br>
> But the 'fix' is very simple (and is not actually fixing anything - just<br>
> trying to avoid confusion!): the default option now is set to<br>
> 'transpose=TRUE'. So you can simply set this up manually when calling<br>
> 'export.plink' :)<br>
><br>
> Yurii<br>
><br>
><br>
> On Wed, Apr 3, 2013 at 11:58 AM, Maria G <<a href="mailto:mgmaria@yandex.ru">mgmaria@yandex.ru</a>> wrote:<br>
><br>
>> Dear Lennart,<br>
>><br>
>> that's really helpful, thank you!<br>
>><br>
>> Does it mean I have to update the version of GenABEL to get read of the<br>
>> bug? Which version is fine?<br>
>><br>
>><br>
>> best<br>
>> Mariya<br>
>><br>
>> 02.04.2013, 20:30, "L.C. Karssen" <<a href="mailto:lennart@karssen.org">lennart@karssen.org</a>>:<br>
>>> Dear list,<br>
>>><br>
>>> As I didn't get any comments to dissuade me, I've just committed a<br>
>>> change that sets the default behaviour of export.plink() in GenABEL to<br>
>>> export .tped/.tfam files. This works around bug #2055.<br>
>>><br>
>>> Best,<br>
>>><br>
>>> Lennart.<br>
>>><br>
>>> On 28/03/13 14:34, L.C. Karssen wrote:<br>
>>><br>
>>>>  Dear list,<br>
>>>><br>
>>>>  We recently got bitten by bug #2055 (ref [1]) in GenABEL's<br>
>>>>  export.plink() again. Data was exported to .ped format and everything<br>
>>>>  seemed to have gone well, however, we later found out that the exported<br>
>>>>  genotypes were wrong. Exporting to .tped (export.plink(...,<br>
>>>>  transpose=TRUE)) worked fine.<br>
>>>><br>
>>>>  I think we should change the default for the transpose option to TRUE<br>
>>>>  and add a warning in case someone sets it to FALSE. I'm of course<br>
>>>>  willing to write the necessary code.<br>
>>>>  At least this will safeguard the users from this problem until the<br>
>>>>  actual bug is fixed.<br>
>>>><br>
>>>>  What are you're thoughts on this?<br>
>>>><br>
>>>>  Best,<br>
>>>><br>
>>>>  Lennart.<br>
>>>><br>
>>>>  [1]<br>
>>>><br>
>> <a href="https://r-forge.r-project.org/tracker/index.php?func=detail&aid=2055&group_id=505&atid=2058" target="_blank">https://r-forge.r-project.org/tracker/index.php?func=detail&aid=2055&group_id=505&atid=2058</a><br>

>>>>  --<br>
>>>>  -----------------------------------------------------------------<br>
>>>>  L.C. Karssen<br>
>>>>  Utrecht<br>
>>>>  The Netherlands<br>
>>>><br>
>>>>  <a href="mailto:lennart@karssen.org">lennart@karssen.org</a><br>
>>>>  <a href="http://blog.karssen.org" target="_blank">http://blog.karssen.org</a><br>
>>>><br>
>>>>  Stuur mij aub geen Word of Powerpoint bestanden!<br>
>>>>  Zie <a href="http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.nl.html" target="_blank">http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.nl.html</a><br>
>>>>  ------------------------------------------------------------------<br>
>>>><br>
>>>>  _______________________________________________<br>
>>>>  genabel-devel mailing list<br>
>>>>  <a href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
>>>><br>
>> <a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</a><br>
>>><br>
>>> --<br>
>>> -----------------------------------------------------------------<br>
>>> L.C. Karssen<br>
>>> Utrecht<br>
>>> The Netherlands<br>
>>><br>
>>> <a href="mailto:lennart@karssen.org">lennart@karssen.org</a><br>
>>> <a href="http://blog.karssen.org" target="_blank">http://blog.karssen.org</a><br>
>>><br>
>>> Stuur mij aub geen Word of Powerpoint bestanden!<br>
>>> Zie <a href="http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.nl.html" target="_blank">http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.nl.html</a><br>
>>> ------------------------------------------------------------------<br>
>>><br>
>>> ,<br>
>>> _______________________________________________<br>
>>> genabel-devel mailing list<br>
>>> <a href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
>>><br>
>> <a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</a><br>
>> _______________________________________________<br>
>> genabel-devel mailing list<br>
>> <a href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
>> <a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</a><br>
>><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> genabel-devel mailing list<br>
> <a href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
> <a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</a><br>
><br>
<br>
<br>
--<br>
-----------------------------------------------------------------<br>
L.C. Karssen<br>
Utrecht<br>
The Netherlands<br>
<br>
<a href="mailto:lennart@karssen.org">lennart@karssen.org</a><br>
<a href="http://blog.karssen.org" target="_blank">http://blog.karssen.org</a><br>
<br>
Stuur mij aub geen Word of Powerpoint bestanden!<br>
Zie <a href="http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.nl.html" target="_blank">http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.nl.html</a><br>
------------------------------------------------------------------<br>
<br>
</div></div><br>_______________________________________________<br>
genabel-devel mailing list<br>
<a href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</a><br></blockquote></div><br><br clear="all">
<div><br></div>-- <br>-----------------------------------------------------<br>Yurii S. Aulchenko<br><div><br></div><div>[ <a href="http://nl.linkedin.com/in/yuriiaulchenko" target="_blank">LinkedIn</a> ] [ <a href="http://twitter.com/YuriiAulchenko" target="_blank">Twitter</a> ] [ <a href="http://yurii-aulchenko.blogspot.nl/" target="_blank">Blog</a> ]</div>

</div>