I am - in general - for it. Something like 'current bugs and workarounds'? We will need to keep this updated (e.g. when problem gets eventually fixed, update the entry). <div><br></div><div>Yurii</div><div><br><div class="gmail_quote">
On Wed, Apr 3, 2013 at 1:25 PM, Nicola Pirastu <span dir="ltr"><<a href="mailto:pirastu@burlo.trieste.it" target="_blank">pirastu@burlo.trieste.it</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Dear all,<br>
<br>
how about we create a FAQ page on the website or on the forum as sticky topic?<br>
<br>
<br>
I think we are missing one and this is one of those questions which are bound to come up every once in a while (together with "ProbABEL won't work with 1000G indels imputed with IMPUTE").<br>
<br>
<br>
Best<br>
<br>
Nicola<br>
<br>
<br>
<br>
Il giorno 03/apr/2013, alle ore 13:20, "L.C. Karssen" <<a href="mailto:lennart@karssen.org">lennart@karssen.org</a>> ha scritto:<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
> Hi Yurii, Maria,<br>
><br>
> Indeed, this is more a workaround than a fix. I think we communicated<br>
> this simple workaround in the past, but I agree with Maria we should<br>
> either announce it more widely, or, probably better push a new GenABEL<br>
> release to CRAN (for those people who don't read the announcements :-)).<br>
><br>
> Yurii, what do you think? One the one hand it is not urgent (we've been<br>
> living with this bug for a while) on the other hand, the present<br>
> situation is a dangerous one... Are there any developments in GenABEL<br>
> SVN that are not ready for publishing yet?<br>
><br>
><br>
> Best,<br>
><br>
> Lennart.<br>
><br>
> On 04/03/2013 12:19 PM, Yurii Aulchenko wrote:<br>
>> Hi Maria,<br>
>><br>
>> if my understanding is correct, the fix is now only in the devel-version on<br>
>> SVN - so you would need to export and build package if you really want it<br>
>> (see <a href="http://genabel.r-forge.r-project.org/tutHowToInstallDevelVersion.html" target="_blank">http://genabel.r-forge.r-project.org/tutHowToInstallDevelVersion.html</a>).<br>
>><br>
>> But the 'fix' is very simple (and is not actually fixing anything - just<br>
>> trying to avoid confusion!): the default option now is set to<br>
>> 'transpose=TRUE'. So you can simply set this up manually when calling<br>
>> 'export.plink' :)<br>
>><br>
>> Yurii<br>
>><br>
>><br>
>> On Wed, Apr 3, 2013 at 11:58 AM, Maria G <<a href="mailto:mgmaria@yandex.ru">mgmaria@yandex.ru</a>> wrote:<br>
>><br>
>>> Dear Lennart,<br>
>>><br>
>>> that's really helpful, thank you!<br>
>>><br>
>>> Does it mean I have to update the version of GenABEL to get read of the<br>
>>> bug? Which version is fine?<br>
>>><br>
>>><br>
>>> best<br>
>>> Mariya<br>
>>><br>
>>> 02.04.2013, 20:30, "L.C. Karssen" <<a href="mailto:lennart@karssen.org">lennart@karssen.org</a>>:<br>
>>>> Dear list,<br>
>>>><br>
>>>> As I didn't get any comments to dissuade me, I've just committed a<br>
>>>> change that sets the default behaviour of export.plink() in GenABEL to<br>
>>>> export .tped/.tfam files. This works around bug #2055.<br>
>>>><br>
>>>> Best,<br>
>>>><br>
>>>> Lennart.<br>
>>>><br>
>>>> On 28/03/13 14:34, L.C. Karssen wrote:<br>
>>>><br>
>>>>> Dear list,<br>
>>>>><br>
>>>>> We recently got bitten by bug #2055 (ref [1]) in GenABEL's<br>
>>>>> export.plink() again. Data was exported to .ped format and everything<br>
>>>>> seemed to have gone well, however, we later found out that the exported<br>
>>>>> genotypes were wrong. Exporting to .tped (export.plink(...,<br>
>>>>> transpose=TRUE)) worked fine.<br>
>>>>><br>
>>>>> I think we should change the default for the transpose option to TRUE<br>
>>>>> and add a warning in case someone sets it to FALSE. I'm of course<br>
>>>>> willing to write the necessary code.<br>
>>>>> At least this will safeguard the users from this problem until the<br>
>>>>> actual bug is fixed.<br>
>>>>><br>
>>>>> What are you're thoughts on this?<br>
>>>>><br>
>>>>> Best,<br>
>>>>><br>
>>>>> Lennart.<br>
>>>>><br>
>>>>> [1]<br>
>>>>><br>
>>> <a href="https://r-forge.r-project.org/tracker/index.php?func=detail&aid=2055&group_id=505&atid=2058" target="_blank">https://r-forge.r-project.org/tracker/index.php?func=detail&aid=2055&group_id=505&atid=2058</a><br>

>>>>> --<br>
>>>>> -----------------------------------------------------------------<br>
>>>>> L.C. Karssen<br>
>>>>> Utrecht<br>
>>>>> The Netherlands<br>
>>>>><br>
>>>>> <a href="mailto:lennart@karssen.org">lennart@karssen.org</a><br>
>>>>> <a href="http://blog.karssen.org" target="_blank">http://blog.karssen.org</a><br>
>>>>><br>
>>>>> Stuur mij aub geen Word of Powerpoint bestanden!<br>
>>>>> Zie <a href="http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.nl.html" target="_blank">http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.nl.html</a><br>
>>>>> ------------------------------------------------------------------<br>
>>>>><br>
>>>>> _______________________________________________<br>
>>>>> genabel-devel mailing list<br>
>>>>> <a href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
>>>>><br>
>>> <a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</a><br>
>>>><br>
>>>> --<br>
>>>> -----------------------------------------------------------------<br>
>>>> L.C. Karssen<br>
>>>> Utrecht<br>
>>>> The Netherlands<br>
>>>><br>
>>>> <a href="mailto:lennart@karssen.org">lennart@karssen.org</a><br>
>>>> <a href="http://blog.karssen.org" target="_blank">http://blog.karssen.org</a><br>
>>>><br>
>>>> Stuur mij aub geen Word of Powerpoint bestanden!<br>
>>>> Zie <a href="http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.nl.html" target="_blank">http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.nl.html</a><br>
>>>> ------------------------------------------------------------------<br>
>>>><br>
>>>> ,<br>
>>>> _______________________________________________<br>
>>>> genabel-devel mailing list<br>
>>>> <a href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
>>>><br>
>>> <a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</a><br>
>>> _______________________________________________<br>
>>> genabel-devel mailing list<br>
>>> <a href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
>>> <a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</a><br>
>>><br>
>><br>
>><br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> _______________________________________________<br>
>> genabel-devel mailing list<br>
>> <a href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
>> <a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</a><br>
>><br>
><br>
><br>
> --<br>
> -----------------------------------------------------------------<br>
> L.C. Karssen<br>
> Utrecht<br>
> The Netherlands<br>
><br>
> <a href="mailto:lennart@karssen.org">lennart@karssen.org</a><br>
> <a href="http://blog.karssen.org" target="_blank">http://blog.karssen.org</a><br>
><br>
> Stuur mij aub geen Word of Powerpoint bestanden!<br>
> Zie <a href="http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.nl.html" target="_blank">http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.nl.html</a><br>
> ------------------------------------------------------------------<br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> genabel-devel mailing list<br>
> <a href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
> <a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
genabel-devel mailing list<br>
<a href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>-----------------------------------------------------<br>Yurii S. Aulchenko<br><div><br></div><div>[ <a href="http://nl.linkedin.com/in/yuriiaulchenko" target="_blank">LinkedIn</a> ] [ <a href="http://twitter.com/YuriiAulchenko" target="_blank">Twitter</a> ] [ <a href="http://yurii-aulchenko.blogspot.nl/" target="_blank">Blog</a> ]</div>

</div>