<div>Sounds good.</div><div>š</div><div>Is it possible to duplicate the bugs-info into both:š<a href="http://www.genabel.org">http://www.genabel.org</a>š andš<a href="http://forum.genabel.org">http://forum.genabel.org</a>š? (Which website is more popular by reading? )</div><div>š</div><div>š</div><div>Another small thing, is it possible to add anywhere on the main page of GenABEL (š<a href="http://www.genabel.org">http://www.genabel.org</a>š) a direct link to the forum? e.g. within "Primary links"</div><h2 style="margin:0px;padding:0px;font-weight:normal;font-family:Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:19px;line-height:24px;color:#494949;background-color:#edf5fa;">š</h2><div>Maria</div><div>š</div><div>š</div><div>š</div><div>03.04.2013, 15:33, "Yurii Aulchenko" <yurii.aulchenko@gmail.com>:</div><blockquote type="cite">I am - in general - for it. Something like 'current bugs and workarounds'? We will need to keep this updated (e.g. when problem gets eventually fixed, update the entry).š<div>š</div><div>Yurii</div><div><br /><div>On Wed, Apr 3, 2013 at 1:25 PM, Nicola Pirastu <span dir="ltr"><<a href="mailto:pirastu@burlo.trieste.it" target="_blank">pirastu@burlo.trieste.it</a>></span> wrote:<br /><blockquote style="margin:0 0 0 0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">Dear all,<br /> <br /> how about we create a FAQ page on the website or on the forum as sticky topic?<br /> <br /> <br /> I think we are missing one and this is one of those questions which are bound to come up every once in a while (together with "ProbABEL won't work with 1000G indels imputed with IMPUTE").<br /> <br /> <br /> Best<br /> <br /> Nicola<br /> <br /> <br /> <br /> Il giorno 03/apr/2013, alle ore 13:20, "L.C. Karssen" <<a href="mailto:lennart@karssen.org">lennart@karssen.org</a>> ha scritto:<br /><div><div><br /> > Hi Yurii, Maria,<br /> ><br /> > Indeed, this is more a workaround than a fix. I think we communicated<br /> > this simple workaround in the past, but I agree with Maria we should<br /> > either announce it more widely, or, probably better push a new GenABEL<br /> > release to CRAN (for those people who don't read the announcements :-)).<br /> ><br /> > Yurii, what do you think? One the one hand it is not urgent (we've been<br /> > living with this bug for a while) on the other hand, the present<br /> > situation is a dangerous one... Are there any developments in GenABEL<br /> > SVN that are not ready for publishing yet?<br /> ><br /> ><br /> > Best,<br /> ><br /> > Lennart.<br /> ><br /> > On 04/03/2013 12:19 PM, Yurii Aulchenko wrote:<br /> >> Hi Maria,<br /> >><br /> >> if my understanding is correct, the fix is now only in the devel-version on<br /> >> SVN - so you would need to export and build package if you really want it<br /> >> (see <a href="http://genabel.r-forge.r-project.org/tutHowToInstallDevelVersion.html" target="_blank">http://genabel.r-forge.r-project.org/tutHowToInstallDevelVersion.html</a>).<br /> >><br /> >> But the 'fix' is very simple (and is not actually fixing anything - just<br /> >> trying to avoid confusion!): the default option now is set to<br /> >> 'transpose=TRUE'. So you can simply set this up manually when calling<br /> >> 'export.plink' :)<br /> >><br /> >> Yurii<br /> >><br /> >><br /> >> On Wed, Apr 3, 2013 at 11:58 AM, Maria G <<a href="mailto:mgmaria@yandex.ru">mgmaria@yandex.ru</a>> wrote:<br /> >><br /> >>> Dear Lennart,<br /> >>><br /> >>> that's really helpful, thank you!<br /> >>><br /> >>> Does it mean I have to update the version of GenABEL to get read of the<br /> >>> bug? Which version is fine?<br /> >>><br /> >>><br /> >>> best<br /> >>> Mariya<br /> >>><br /> >>> 02.04.2013, 20:30, "L.C. Karssen" <<a href="mailto:lennart@karssen.org">lennart@karssen.org</a>>:<br /> >>>> Dear list,<br /> >>>><br /> >>>> As I didn't get any comments to dissuade me, I've just committed a<br /> >>>> change that sets the default behaviour of export.plink() in GenABEL to<br /> >>>> export .tped/.tfam files. This works around bug #2055.<br /> >>>><br /> >>>> Best,<br /> >>>><br /> >>>> Lennart.<br /> >>>><br /> >>>> On 28/03/13 14:34, L.C. Karssen wrote:<br /> >>>><br /> >>>>> Dear list,<br /> >>>>><br /> >>>>> We recently got bitten by bug #2055 (ref [1]) in GenABEL's<br /> >>>>> export.plink() again. Data was exported to .ped format and everything<br /> >>>>> seemed to have gone well, however, we later found out that the exported<br /> >>>>> genotypes were wrong. Exporting to .tped (export.plink(...,<br /> >>>>> transpose=TRUE)) worked fine.<br /> >>>>><br /> >>>>> I think we should change the default for the transpose option to TRUE<br /> >>>>> and add a warning in case someone sets it to FALSE. I'm of course<br /> >>>>> willing to write the necessary code.<br /> >>>>> At least this will safeguard the users from this problem until the<br /> >>>>> actual bug is fixed.<br /> >>>>><br /> >>>>> What are you're thoughts on this?<br /> >>>>><br /> >>>>> Best,<br /> >>>>><br /> >>>>> Lennart.<br /> >>>>><br /> >>>>> [1]<br /> >>>>><br /> >>> <a href="https://r-forge.r-project.org/tracker/index.php?func=detail&aid=2055&group_id=505&atid=2058" target="_blank">https://r-forge.r-project.org/tracker/index.php?func=detail&aid=2055&group_id=505&atid=2058</a><br /> >>>>> --<br /> >>>>> -----------------------------------------------------------------<br /> >>>>> L.C. Karssen<br /> >>>>> Utrecht<br /> >>>>> The Netherlands<br /> >>>>><br /> >>>>> <a href="mailto:lennart@karssen.org">lennart@karssen.org</a><br /> >>>>> <a href="http://blog.karssen.org/" target="_blank">http://blog.karssen.org</a><br /> >>>>><br /> >>>>> Stuur mij aub geen Word of Powerpoint bestanden!<br /> >>>>> Zie <a href="http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.nl.html" target="_blank">http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.nl.html</a><br /> >>>>> ------------------------------------------------------------------<br /> >>>>><br /> >>>>> _______________________________________________<br /> >>>>> genabel-devel mailing list<br /> >>>>> <a href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a><br /> >>>>><br /> >>> <a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</a><br /> >>>><br /> >>>> --<br /> >>>> -----------------------------------------------------------------<br /> >>>> L.C. Karssen<br /> >>>> Utrecht<br /> >>>> The Netherlands<br /> >>>><br /> >>>> <a href="mailto:lennart@karssen.org">lennart@karssen.org</a><br /> >>>> <a href="http://blog.karssen.org/" target="_blank">http://blog.karssen.org</a><br /> >>>><br /> >>>> Stuur mij aub geen Word of Powerpoint bestanden!<br /> >>>> Zie <a href="http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.nl.html" target="_blank">http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.nl.html</a><br /> >>>> ------------------------------------------------------------------<br /> >>>><br /> >>>> ,<br /> >>>> _______________________________________________<br /> >>>> genabel-devel mailing list<br /> >>>> <a href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a><br /> >>>><br /> >>> <a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</a><br /> >>> _______________________________________________<br /> >>> genabel-devel mailing list<br /> >>> <a href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a><br /> >>> <a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</a><br /> >>><br /> >><br /> >><br /> >><br /> >><br /> >><br /> >> _______________________________________________<br /> >> genabel-devel mailing list<br /> >> <a href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a><br /> >> <a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</a><br /> >><br /> ><br /> ><br /> > --<br /> > -----------------------------------------------------------------<br /> > L.C. Karssen<br /> > Utrecht<br /> > The Netherlands<br /> ><br /> > <a href="mailto:lennart@karssen.org">lennart@karssen.org</a><br /> > <a href="http://blog.karssen.org/" target="_blank">http://blog.karssen.org</a><br /> ><br /> > Stuur mij aub geen Word of Powerpoint bestanden!<br /> > Zie <a href="http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.nl.html" target="_blank">http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.nl.html</a><br /> > ------------------------------------------------------------------<br /> ><br /> > _______________________________________________<br /> > genabel-devel mailing list<br /> > <a href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a><br /> > <a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</a><br /> <br /> _______________________________________________<br /> genabel-devel mailing list<br /> <a href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a><br /> <a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</a></div></div></blockquote></div><br /><br clear="all" /><div>š</div>-- <br />-----------------------------------------------------<br />Yurii S. Aulchenko<br /><div>š</div><div>[š<a href="http://nl.linkedin.com/in/yuriiaulchenko" target="_blank">LinkedIn</a>š]š[ <a href="http://twitter.com/YuriiAulchenko" target="_blank">Twitter</a> ] [ <a href="http://yurii-aulchenko.blogspot.nl/" target="_blank">Blog</a> ]</div></div>,<p>_______________________________________________<br />genabel-devel mailing list<br /><a href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a><br /><a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</a></p></blockquote>