<div>šHi Yurii</div><div>š</div><div>03.04.2013, 14:19, "Yurii Aulchenko" <yurii.aulchenko@gmail.com>:</div><blockquote type="cite"><div dir="ltr">Hi Maria,<div>š</div><div>if my understanding is correct, the fix is now only in the devel-version on SVN - so you would need to export and build package if you really want it (seeš<a href="http://genabel.r-forge.r-project.org/tutHowToInstallDevelVersion.html">http://genabel.r-forge.r-project.org/tutHowToInstallDevelVersion.html</a>).</div></div></blockquote><div>š</div><blockquote type="cite"><div dir="ltr"><div>š</div><div>š</div><div>But the 'fix' is very simple (and is not actually fixing anything - just trying to avoid confusion!): the default option now is set to 'transpose=TRUE'. So you can simply set this up manually when calling 'export.plink' :)</div></div></blockquote><div>š</div><div>yes, sure :)</div><div>I was just also thinking about other users - How would you let everybody now about the simple way to 'fix'?š</div><div>š</div><div>Maria</div><div>š</div><blockquote type="cite"><div dir="ltr"><div>š</div><div>š</div><div>Yurii</div></div><div><br /><br /><div>On Wed, Apr 3, 2013 at 11:58 AM, Maria G <span dir="ltr"><<a href="mailto:mgmaria@yandex.ru" target="_blank">mgmaria@yandex.ru</a>></span> wrote:<br /><blockquote style="margin:0 0 0 0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">Dear Lennart,<br /> <br /> that's really helpful, thank you!<br /> <br /> Does it mean I have to update the version of GenABEL to get read of the bug? Which version is fine?<br /> <br /> <br /> best<br /> Mariya<br /> <br /> 02.04.2013, 20:30, "L.C. Karssen" <<a href="mailto:lennart@karssen.org">lennart@karssen.org</a>>:<br /><div><div>> Dear list,<br /> ><br /> > As I didn't get any comments to dissuade me, I've just committed a<br /> > change that sets the default behaviour of export.plink() in GenABEL to<br /> > export .tped/.tfam files. This works around bug #2055.<br /> ><br /> > Best,<br /> ><br /> > Lennart.<br /> ><br /> > On 28/03/13 14:34, L.C. Karssen wrote:<br /> ><br /> >> šDear list,<br /> >><br /> >> šWe recently got bitten by bug #2055 (ref [1]) in GenABEL's<br /> >> šexport.plink() again. Data was exported to .ped format and everything<br /> >> šseemed to have gone well, however, we later found out that the exported<br /> >> šgenotypes were wrong. Exporting to .tped (export.plink(...,<br /> >> štranspose=TRUE)) worked fine.<br /> >><br /> >> šI think we should change the default for the transpose option to TRUE<br /> >> šand add a warning in case someone sets it to FALSE. I'm of course<br /> >> šwilling to write the necessary code.<br /> >> šAt least this will safeguard the users from this problem until the<br /> >> šactual bug is fixed.<br /> >><br /> >> šWhat are you're thoughts on this?<br /> >><br /> >> šBest,<br /> >><br /> >> šLennart.<br /> >><br /> >> š[1]<br /> >> š<a href="https://r-forge.r-project.org/tracker/index.php?func=detail&aid=2055&group_id=505&atid=2058" target="_blank">https://r-forge.r-project.org/tracker/index.php?func=detail&aid=2055&group_id=505&atid=2058</a><br /> >> š--<br /> >> š-----------------------------------------------------------------<br /> >> šL.C. Karssen<br /> >> šUtrecht<br /> >> šThe Netherlands<br /> >><br /> >> š<a href="mailto:lennart@karssen.org">lennart@karssen.org</a><br /> >> š<a href="http://blog.karssen.org/" target="_blank">http://blog.karssen.org</a><br /> >><br /> >> šStuur mij aub geen Word of Powerpoint bestanden!<br /> >> šZie <a href="http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.nl.html" target="_blank">http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.nl.html</a><br /> >> š------------------------------------------------------------------<br /> >><br /> >> š_______________________________________________<br /> >> šgenabel-devel mailing list<br /> >> š<a href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a><br /> >> š<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</a><br /> ><br /> > --<br /> > -----------------------------------------------------------------<br /> > L.C. Karssen<br /> > Utrecht<br /> > The Netherlands<br /> ><br /> > <a href="mailto:lennart@karssen.org">lennart@karssen.org</a><br /> > <a href="http://blog.karssen.org/" target="_blank">http://blog.karssen.org</a><br /> ><br /> > Stuur mij aub geen Word of Powerpoint bestanden!<br /> > Zie <a href="http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.nl.html" target="_blank">http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.nl.html</a><br /> > ------------------------------------------------------------------<br /> ><br /> > ,<br /> > _______________________________________________<br /> > genabel-devel mailing list<br /> > <a href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a><br /> > <a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</a><br /> _______________________________________________<br /> genabel-devel mailing list<br /> <a href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a><br /> <a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</a></div></div></blockquote></div><br /><br clear="all" /><div>š</div>-- <br />-----------------------------------------------------<br />Yurii S. Aulchenko<br /><div>š</div><div>[š<a href="http://nl.linkedin.com/in/yuriiaulchenko" target="_blank">LinkedIn</a>š]š[ <a href="http://twitter.com/YuriiAulchenko" target="_blank">Twitter</a> ] [ <a href="http://yurii-aulchenko.blogspot.nl/" target="_blank">Blog</a> ]</div></div>,<p>_______________________________________________<br />genabel-devel mailing list<br /><a href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a><br /><a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</a></p></blockquote>