<div dir="ltr">Hi Maria,<div><br></div><div style>if my understanding is correct, the fix is now only in the devel-version on SVN - so you would need to export and build package if you really want it (see <a href="http://genabel.r-forge.r-project.org/tutHowToInstallDevelVersion.html">http://genabel.r-forge.r-project.org/tutHowToInstallDevelVersion.html</a>).</div>
<div style><br></div><div style>But the 'fix' is very simple (and is not actually fixing anything - just trying to avoid confusion!): the default option now is set to 'transpose=TRUE'. So you can simply set this up manually when calling 'export.plink' :)</div>
<div style><br></div><div style>Yurii</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Apr 3, 2013 at 11:58 AM, Maria G <span dir="ltr"><<a href="mailto:mgmaria@yandex.ru" target="_blank">mgmaria@yandex.ru</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear Lennart,<br>
<br>
that's really helpful, thank you!<br>
<br>
Does it mean I have to update the version of GenABEL to get read of the bug? Which version is fine?<br>
<br>
<br>
best<br>
Mariya<br>
<br>
02.04.2013, 20:30, "L.C. Karssen" <<a href="mailto:lennart@karssen.org">lennart@karssen.org</a>>:<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5">> Dear list,<br>
><br>
> As I didn't get any comments to dissuade me, I've just committed a<br>
> change that sets the default behaviour of export.plink() in GenABEL to<br>
> export .tped/.tfam files. This works around bug #2055.<br>
><br>
> Best,<br>
><br>
> Lennart.<br>
><br>
> On 28/03/13 14:34, L.C. Karssen wrote:<br>
><br>
>>  Dear list,<br>
>><br>
>>  We recently got bitten by bug #2055 (ref [1]) in GenABEL's<br>
>>  export.plink() again. Data was exported to .ped format and everything<br>
>>  seemed to have gone well, however, we later found out that the exported<br>
>>  genotypes were wrong. Exporting to .tped (export.plink(...,<br>
>>  transpose=TRUE)) worked fine.<br>
>><br>
>>  I think we should change the default for the transpose option to TRUE<br>
>>  and add a warning in case someone sets it to FALSE. I'm of course<br>
>>  willing to write the necessary code.<br>
>>  At least this will safeguard the users from this problem until the<br>
>>  actual bug is fixed.<br>
>><br>
>>  What are you're thoughts on this?<br>
>><br>
>>  Best,<br>
>><br>
>>  Lennart.<br>
>><br>
>>  [1]<br>
>>  <a href="https://r-forge.r-project.org/tracker/index.php?func=detail&aid=2055&group_id=505&atid=2058" target="_blank">https://r-forge.r-project.org/tracker/index.php?func=detail&aid=2055&group_id=505&atid=2058</a><br>

>>  --<br>
>>  -----------------------------------------------------------------<br>
>>  L.C. Karssen<br>
>>  Utrecht<br>
>>  The Netherlands<br>
>><br>
>>  <a href="mailto:lennart@karssen.org">lennart@karssen.org</a><br>
>>  <a href="http://blog.karssen.org" target="_blank">http://blog.karssen.org</a><br>
>><br>
>>  Stuur mij aub geen Word of Powerpoint bestanden!<br>
>>  Zie <a href="http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.nl.html" target="_blank">http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.nl.html</a><br>
>>  ------------------------------------------------------------------<br>
>><br>
>>  _______________________________________________<br>
>>  genabel-devel mailing list<br>
>>  <a href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
>>  <a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</a><br>
><br>
> --<br>
> -----------------------------------------------------------------<br>
> L.C. Karssen<br>
> Utrecht<br>
> The Netherlands<br>
><br>
> <a href="mailto:lennart@karssen.org">lennart@karssen.org</a><br>
> <a href="http://blog.karssen.org" target="_blank">http://blog.karssen.org</a><br>
><br>
> Stuur mij aub geen Word of Powerpoint bestanden!<br>
> Zie <a href="http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.nl.html" target="_blank">http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.nl.html</a><br>
> ------------------------------------------------------------------<br>
><br>
> ,<br>
> _______________________________________________<br>
> genabel-devel mailing list<br>
> <a href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
> <a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</a><br>
_______________________________________________<br>
genabel-devel mailing list<br>
<a href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</a></div></div></blockquote></div><br><br clear="all">
<div><br></div>-- <br>-----------------------------------------------------<br>Yurii S. Aulchenko<br><div><br></div><div>[ <a href="http://nl.linkedin.com/in/yuriiaulchenko" target="_blank">LinkedIn</a> ] [ <a href="http://twitter.com/YuriiAulchenko" target="_blank">Twitter</a> ] [ <a href="http://yurii-aulchenko.blogspot.nl/" target="_blank">Blog</a> ]</div>

</div>