<br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Great news! And congratulations with this milestone. The tutorial has<br>
always gotten a lot of positive comments. I'm sure that having it out in<br>
the open will make it even better.<br>
<div class="im"><br></div></blockquote><div><br></div><div>This is the hope :) - and given there are already a couple of fixes (by you :) ) things look good to me </div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div class="im">><br>
> For me, it works fine, e.g.<br>
><br>
> svn export svn://<a href="http://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/genabel/tutorials" target="_blank">svn.r-forge.r-project.org/svnroot/genabel/tutorials</a><br>
</div>> <<a href="http://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/genabel/tutorials" target="_blank">http://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/genabel/tutorials</a>><br>
<div class="im">> cd tutorials/GenABEL_general<br>
> make<br>
><br>
> The latter takes some minutes, but then I can open GenABEL-tutorial.pdf :)<br>
<br>
</div>I ran into the following:<br>
- I didn't have MetABEL or MixABEL installed, so at some point the make<br>
run aborted. Would it make sense to let each chapter install the<br>
packages it needs? You could argue that something like that isn't needed<br>
because make is only to be run by developers who know how to do it. Or<br>
that you don't want to mess with the user's installed packages. On the<br>
other hand it would make the system more robust: only R, LaTeX, svn,<br>
ProbABEL and make would be the dependencies as far as I can see now. </blockquote><div><br></div><div>I totally missed this problem. I think we should not mess up with the user's set up, I would actually think whether we can make a kind of 'checks' (as they are in autoconf) so that if some package is not installed, instead of the part tied to this package a page is generated saying that the package is required... </div>
<div><br></div><div>I actually think this is among the smaller of the troubles :)</div><div><br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Oh<br>

and MixABEL, which doesn't seem to be on CRAN yet.<br>
<br></blockquote><div><br></div><div>This is true. I actually have no problem to (try to) publish it on CRAN, but I am not the only person to have a say - we should definitely check with William (William, please comment if you are reading this :) )</div>
<div><br></div><div>Next thing is that MixA requires GSL, so I am not sure how useful the CRAN version - if they ever accept it - will be for a general user, I always had a feeling that this is kind of 'advanced' skill to get MixA working. </div>
<div><br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im"><br>
</div>I'd say the Makefile looks good. Especially for someone who claims not<br>
to be good in Makefiles :-). </blockquote><div><br></div><div>This is flattering :) I have copied it from someone else (the power of community support!), and I do not quite understand how it works :)</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
Another question popped up while looking at the files: what is your/our<br>
policy on the style of R that is in the tutorial. I see you abbreviate a<br>
lot of options (e.g. head=T instead of header=TRUE when using<br>
read.table()). Personally I always write these out in full because it<br>
reduces possible errors and it is enforced by CRAN I think (and Emacs<br>
makes the TRUEs and FALSEs light up nicely ;-)).<br>
<br></blockquote><div><br></div><div>I agree that full argument names should be preferred. I was just being lazy; I am trying to improve. If other people come up with things which are "not in good style" we should probably think of a "good style rules" document and then ask people to please to follow them. </div>
<div><br></div><div>best wishes,</div><div>Yurii</div></div>