<span style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px;background-color:rgb(255,255,255)">Dear All,</span><div style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px;background-color:rgb(255,255,255)">
<br></div><div style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px;background-color:rgb(255,255,255)">Many thanks for your valuable input!</div><div style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px;background-color:rgb(255,255,255)">
<br></div><div style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px;background-color:rgb(255,255,255)">This is how it looks now: I have cleaned up the data/code (actually, only one chapter - on stratified analyses - really suffered and does not make much sense anymore; most of the others were rather ok). I put the data on the GenABEL.org site; and made a small chapter fetching the data following Lennart's suggestion (using 'download.file').</div>
<div style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px;background-color:rgb(255,255,255)"><br></div><div style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px;background-color:rgb(255,255,255)">
I am ready to submit the resulting code.</div><div style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px;background-color:rgb(255,255,255)"><br></div><div style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px;background-color:rgb(255,255,255)">
I think I should make a new directory - say, 'tutorials' - at the same level, as 'pkg', 'tags', 'www' and then will have a sub-directory called 'GenABEL_general' to keep this general tutorial. What do you think?</div>
<div style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px;background-color:rgb(255,255,255)"><br></div><div style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px;background-color:rgb(255,255,255)">
best wishes,</div><div style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.800000190734863px;background-color:rgb(255,255,255)">Yurii</div><br><div class="gmail_quote">On Sun, Mar 10, 2013 at 11:24 PM, L.C. Karssen <span dir="ltr"><<a href="mailto:lennart@karssen.org" target="_blank">lennart@karssen.org</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear all,<br>
<div class="im"><br>
On 08-03-13 09:37, Yurii Aulchenko wrote:<br>
</div><div class="im">> Here is another question: for the tutorials we need relative large data<br>
> sets (as text files or in RData or other binary format).<br>
<br>
</div>Good question, I hadn't thought of that yet.<br>
<div class="im"><br>
><br>
> On one hand, it is handy to have "all in"; on the other hand - why<br>
> putting files which are either binary and/or not likely to change to<br>
> SVN? - this is not logical.<br>
<br>
</div>True. Having binary data in SVN is not ideal. On the other hand, a<br>
definition of what goes into a revision control system is: all the files<br>
that cannot be created by other files. From that point of view having<br>
the data sets in SVN isn't a problem and it does give us the benefit of<br>
the "all in" system.<br>
<div class="im"><br>
><br>
> The only thing I can think of is to put data files to some server and<br>
> then as the first part of the tutorial to "pull" it e.g. using wget.<br>
> Does affect cross-platform compatibility though... Also, where we put<br>
> the files? - Drupal? - if we have say 100 Megs in data, would it<br>
> generate too much traffic so the bill becomes somewhat sensible?<br>
<br>
</div>We could try that. We still have quite some room on our server account:<br>
space and network bandwith are > 90% unused.<br>
<div class="im"><br>
><br>
> I am really not sure what to do in this respect.<br>
<br>
<br>
</div>All in all, I think we should have the data in SVN. We don't want to<br>
make building the documentation too hard. Working around the non-free<br>
data will be hard enough work.<br>
I tried to find out if there is a maximum of storage on the R-forge SVN<br>
server, but I couldn't find an answer.<br>
<br>
<br>
Lennart.<br>
<div class="im HOEnZb"><br>
><br>
> Yurii<br>
><br>
> On Fri, Mar 8, 2013 at 9:30 AM, Yurii Aulchenko<br>
</div><div class="im HOEnZb">> <<a href="mailto:yurii.aulchenko@gmail.com">yurii.aulchenko@gmail.com</a> <mailto:<a href="mailto:yurii.aulchenko@gmail.com">yurii.aulchenko@gmail.com</a>>> wrote:<br>
><br>
>     Ok, great, I think this is the way to go.<br>
><br>
>     Will make an account of private/public files, will push things to<br>
>     SVN (hopefully some time next week), and see what we can do :)<br>
><br>
>     best wishes,<br>
>     Yurii<br>
><br>
><br><br></div></blockquote></div>