<div dir="ltr">Now it is much better! - there are still many problems, but, as far as I can see these are not related to the FastMixedModel :)<div><br></div><div style>Thank you very much for such prompt reaction, William! - I really appreciate this!</div>
<div style><br></div><div style>best wishes,</div><div style>Yurii</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Feb 12, 2013 at 9:47 PM, William Astle <span dir="ltr"><<a href="mailto:william.astle@mail.mcgill.ca" target="_blank">william.astle@mail.mcgill.ca</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word">
Hi,
<div><br>
</div>
<div>I think this is fixed. I don't have access to a compiler on Mac OS X. Would you mind testing it for me Yurii?</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks</div>
<div><br>
</div>
<div>Will</div>
<div> <br>
<div>
<div>On 12 Feb 2013, at 15:16, Yurii Aulchenko <<a href="mailto:yurii.aulchenko@gmail.com" target="_blank">yurii.aulchenko@gmail.com</a>></div>
<div> wrote:</div>
<br>
<blockquote type="cite"><div><div class="h5">
<div dir="ltr">This is a possible bug report:
<div><br>
</div>
<div>I am trying to build latest MixABEL on Mac OS using the 'makedistrib' script</div>
<div><br>
</div>
<div><a href="https://r-forge.r-project.org/scm/viewvc.php/pkg/GenABEL-general/scripts/makedistrib_MixABEL.sh?view=markup&root=genabel" target="_blank">https://r-forge.r-project.org/scm/viewvc.php/pkg/GenABEL-general/scripts/makedistrib_MixABEL.sh?view=markup&root=genabel</a><br>

</div>
<div><br>
</div>
<div>I get</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>> time0.fmm <- proc.time()</div>
<div>> fmm <- FastMixedModel(Response=res,</div>
<div>+ <span style="white-space:pre-wrap"></span>Explan=expl,</div>
<div>+ <span style="white-space:pre-wrap"></span>Kin = gkin,</div>
<div>+ <span style="white-space:pre-wrap"></span>Cov=covariates)</div>
<div><br>
</div>
<div> *** caught bus error ***</div>
<div>address 0x105639487, cause 'non-existent physical address'</div>
<div><br>
</div>
<div> *** caught bus error ***</div>
<div><br>
</div>
<div> *** caught bus error ***</div>
<div>address 0x105639487, cause 'non-existent physical address'</div>
<div>address 0x105639487, cause 'non-existent physical address'</div>
<div><br>
</div>
<div> *** caught bus error ***</div>
<div>address 0x105639487, cause 'non-existent physical address'</div>
<div><br>
</div>
<div>Traceback:</div>
<div> 1: .Call("rint_flmm", as.double(Explan), as.double(Response), as.integer(dim(Explan)[1]),     as.integer(dim(Explan)[2]), as.double(t(Covariates)), as.integer(dim(Covariates)[2]),     as.double(t(GenVar)), as.double(nu_naught), as.double(gamma_naught))</div>

<div> 2: FastMixedModel(Response = res, Explan = expl, Kin = gkin, Cov = covariates)</div>
<div>aborting ...</div>
<div><br>
</div>
<div>Traceback:</div>
<div> 1: </div>
<div>Traceback:</div>
<div><br>
</div>
<div>Traceback:</div>
<div>.Call("rint_flmm", as.double(Explan), as.double(Response), as.integer(dim(Explan)[1]),  1:  1:     as.integer(dim(Explan)[2]), as.double(t(Covariates)), as.integer(dim(Covariates)[2]), .Call("rint_flmm", as.double(Explan), as.double(Response), as.integer(dim(Explan)[1]),
 .Call("rint_flmm", as.double(Explan), as.double(Response), as.integer(dim(Explan)[1]),     as.double(t(GenVar)), as.double(nu_naught), as.double(gamma_naught))    as.integer(dim(Explan)[2]), as.double(t(Covariates)), as.integer(dim(Covariates)[2]),     as.integer(dim(Explan)[2]),
 as.double(t(Covariates)), as.integer(dim(Covariates)[2]), </div>
<div>    as.double(t(GenVar)), as.double(nu_naught), as.double(gamma_naught))    as.double(t(GenVar)), as.double(nu_naught), as.double(gamma_naught)) 2: </div>
<div><br>
</div>
<div>FastMixedModel(Response = res, Explan = expl, Kin = gkin, Cov = covariates) 2:  2: </div>
<div>FastMixedModel(Response = res, Explan = expl, Kin = gkin, Cov = covariates)FastMixedModel(Response = res, Explan = expl, Kin = gkin, Cov = covariates)aborting ...</div>
<div><br>
</div>
<div>... SO ON</div>
</div>
</div></div></div>
_______________________________________________<br>
genabel-devel mailing list<br>
<a href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org" target="_blank">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</a></blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>

</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>-----------------------------------------------------<br>Yurii S. Aulchenko<br><div><br></div><div>[ <a href="http://nl.linkedin.com/in/yuriiaulchenko" target="_blank">LinkedIn</a> ] [ <a href="http://twitter.com/YuriiAulchenko" target="_blank">Twitter</a> ] [ <a href="http://yurii-aulchenko.blogspot.nl/" target="_blank">Blog</a> ]</div>

</div>