Agree: seems to be the best option in sake of time<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Oct 4, 2012 at 1:06 AM, L.C. Karssen <span dir="ltr"><<a href="mailto:lennart@karssen.org" target="_blank">lennart@karssen.org</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear all,<br>
<br>
In order to close this bug I've decided to go with option (1): fix the<br>
documentation. This fix is committed in SVN r.971.<br>
<br>
<br>
Best,<br>
<br>
Lennart.<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
<br>
On 16-07-12 15:44, L.C. Karssen wrote:<br>
> On 07/14/2012 04:13 PM, Yurii Aulchenko wrote:<br>
>> I would go for (1) - when Rsq is indeed zero or very close to zero,<br>
>> nonsense results are obtained. Generates a lot of confusion, and this<br>
>> is why the check is there.<br>
><br>
> At the moment the test is:<br>
><br>
>       if (fabs(mli.Rsq[csnp])<1.e-16) poly=0;<br>
><br>
> Isn't that threshold of 1e-16 too low? I observe in our imputations<br>
> using the 1kG phase 1 alpha reference that only for monomorphic SNPs we<br>
> get an Rsq of 0.0, the lowest Rsq for a non-monomorphic SNP is 1e-5.<br>
> Wouldn't a cut-off of 0.3 (as is regularly done in meta-analysis) be<br>
> better? Or, to give some room, use 0.1?<br>
><br>
> Anyway, don't you think we should print a warning message to stderr that<br>
> says something like: "Warning: one or more of your SNPs have a very low<br>
> imputation quality (Rsq < 0.1) and consequently their effect estimates<br>
> are set to 'nan'"?<br>
><br>
><br>
> Thanks,<br>
><br>
> Lennart.<br>
><br>
><br>
>><br>
>> Yurii<br>
>><br>
>> ----------------------<br>
>> Yurii Aulchenko<br>
>> (sent from mobile device)<br>
>><br>
>> On 13 Jul 2012, at 19:46, "L.C. Karssen" <<a href="mailto:lennart@karssen.org">lennart@karssen.org</a>> wrote:<br>
>><br>
>>> Dear list,<br>
>>><br>
>>> As pointed out on the forum<br>
>>> (<a href="http://forum.genabel.org/viewtopic.php?f=10&t=663&p=1145#p1145" target="_blank">http://forum.genabel.org/viewtopic.php?f=10&t=663&p=1145#p1145</a>) the<br>
>>> ProbABEL manual states that the contents of the info file is not<br>
>>> relevant for the ProbABEL output and is simply copied over.<br>
>>><br>
>>> It turns out that this is not the case (see also bug #2147:<br>
>>> <a href="https://r-forge.r-project.org/tracker/index.php?func=detail&aid=2147&group_id=505&atid=2058" target="_blank">https://r-forge.r-project.org/tracker/index.php?func=detail&aid=2147&group_id=505&atid=2058</a>).<br>

>>><br>
>>> In main.cpp line 751 we test for the Rsq values taken from the info<br>
>>> file. The test is used to decide whether to output betas, se_betas etc.<br>
>>> as 'nan' in the output files (see lines 771 and 836 in main.cpp).<br>
>>><br>
>>> I see two possible solutions:<br>
>>> 1) update the manual and say that the Rsq column in the info file should<br>
>>> contain non-zero values. How many people will be using ProbABEL with<br>
>>> 'fake' info files?<br>
>>><br>
>>> 2) remove of modify the Rsq test in main.cpp. Suggestions are welcome on<br>
>>> a sane way to implement this. Print a warning message?<br>
>>><br>
>>><br>
>>> Thanks for thinking along,<br>
>>><br>
>>> Lennart.<br>
>>> --<br>
>>> -----------------------------------------------------------------<br>
>>> L.C. Karssen<br>
>>> Utrecht<br>
>>> The Netherlands<br>
>>><br>
>>> <a href="mailto:lennart@karssen.org">lennart@karssen.org</a><br>
>>> <a href="http://blog.karssen.org" target="_blank">http://blog.karssen.org</a><br>
>>><br>
>>> Stuur mij aub geen Word of Powerpoint bestanden!<br>
>>> Zie <a href="http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.nl.html" target="_blank">http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.nl.html</a><br>
>>> ------------------------------------------------------------------<br>
>>><br>
>>><br>
>>> _______________________________________________<br>
>>> genabel-devel mailing list<br>
>>> <a href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
>>> <a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</a><br>
>> _______________________________________________<br>
>> genabel-devel mailing list<br>
>> <a href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
>> <a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</a><br>
>><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> genabel-devel mailing list<br>
> <a href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
> <a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</a><br>
><br>
<br>
--<br>
-----------------------------------------------------------------<br>
L.C. Karssen<br>
Utrecht<br>
The Netherlands<br>
<br>
<a href="mailto:lennart@karssen.org">lennart@karssen.org</a><br>
<a href="http://blog.karssen.org" target="_blank">http://blog.karssen.org</a><br>
<br>
Stuur mij aub geen Word of Powerpoint bestanden!<br>
Zie <a href="http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.nl.html" target="_blank">http://www.gnu.org/philosophy/no-word-attachments.nl.html</a><br>
------------------------------------------------------------------<br>
<br>
</div></div><br>_______________________________________________<br>
genabel-devel mailing list<br>
<a href="mailto:genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org">genabel-devel@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/genabel-devel</a><br></blockquote></div><br><br clear="all">
<div><br></div>-- <br>-----------------------------------------------------<br>Yurii S. Aulchenko<br><div><br></div><div>[ <a href="http://nl.linkedin.com/in/yuriiaulchenko" target="_blank">LinkedIn</a> ] [ <a href="http://twitter.com/YuriiAulchenko" target="_blank">Twitter</a> ] [ <a href="http://yurii-aulchenko.blogspot.nl/" target="_blank">Blog</a> ]</div>
<br>