<div><br></div>Hello--<div>In the past, I've been involved in code contributions to ProbABEL (extracting covariance between regression estimates for snp and snp*E for interaction tests).</div><div><br></div><div>I've set aside some time this summer to work on implementing a weighted Cox regression model in ProbABEL -- the only change that's required in the code is to implement robust standard error estimation in the cox proportional hazard functionality.</div>
<div><br></div><div>(Aside: I see that this is a feature request)</div><div><br></div><div>I noticed that the Cox regression model is under active development in ProbABEL version 0.2.0.  The purpose of this email is to check in with the group regarding my plan:</div>
<div><br></div><div>1) check out some latest developers version of the code</div><div>2) play around with the coxph code (if it isn't fixed)</div><div>3) evaluate and test in a statistical fashion (I am a biostatistician after all!)</div>
<div>4) implement robust standard error estimation</div><div>5) submit patch for review </div><div><br></div><div>Comments and ideas are welcome.</div><div><br></div><div>Thanks!</div><div>Alisa</div><div><div><br></div>-- <br>
<br>Alisa Knodle Manning, Ph.D.<br>Postdoctoral Research Fellow<br>Broad Institute<br>617-714-7662<br><a href="mailto:amanning@broadinstitute.org" target="_blank">amanning@broadinstitute.org</a><br><br>
</div>