<br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div style="word-wrap: break-word;"><div>I think the residuals from the mixed model is the most interesting stuff that will be passed into the next GWAS in GenABEL.</div>
<div><br></div></div></blockquote><div><br>an object returned by polygenic contains <br><br>    h2an: A list supplied by the ‘nlm’ minimisation routine.  Of<br>          particular interest are elements &quot;estimate&quot; containing<br>
          parameter maximal likelihood estimates (MLEs) (order: mean,<br>          betas for covariates, heritability, (polygenic + residual<br>          variance)). The value of twice negative maximum<br>          log-likelihood is returned as h2an\$minimum.<br>
<br>residualY: Residuals from analysis, based on covariate effects only;<br>          NOTE: these are NOT grammar &quot;environmental residuals&quot;!<br><br>   esth2: Estimate (or fixed value) of heritability<br><br>pgresidualY: Environmental residuals from analysis, based on covariate<br>
          effects and predicted breeding value.<br><br>InvSigma: Inverse of the variance-covariance matrix, computed at the<br>          MLEs - these are used in ‘mmscore’ and ‘grammar’ functions.<br><br>    call: The details of call<br>
<br>InvSigma, residualY and pgresidualY are used in other analyses (e.g. mmscore and grammar)<br><br>anyways, given estimates and kin-matrix are there, it is not great deal to compute these values<br><br>Yurii<br></div></div>