<div dir="ltr"><div><br></div>thanks Iago and Ernesto for your prompt responses<div><br></div><div>i will start by incorporating the data into FLR and see how far i get</div><div><br></div><div>best,</div><div>Luis<br><div><br></div><div><br></div></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">*-*-</span><span style="font-size:12.8px">*-*-</span><span style="font-size:12.8px">*-*-</span><span style="font-size:12.8px">*-*-</span><span style="font-size:12.8px">*-*-</span><span style="font-size:12.8px">*-*-</span><span style="font-size:12.8px">*-*-</span><span style="font-size:12.8px">*-*-</span><span style="font-size:12.8px">*-*-</span><span style="font-size:12.8px">*-*-</span><span style="font-size:12.8px">*-*-</span><span style="font-size:12.8px">*-*-</span><br></div><div><span style="font-size:12.8px">*   Luis Ridao Cruz</span></div>*   Faroe Marine Research Institute<br>*   Nóatún 1, P.O. Box 
3051<br>*   FO-110 Tórshavn<br>*   Faroe Islands<br>*   Tel    : (+298) 353900<br>*   Fax: : (+298) 353901<br>*   e-mail: 
<a href="mailto:luisr@hav.fo" target="_blank">luisr@hav.fo</a><br>*              <a href="mailto:luridao@gmail.com" target="_blank">luridao@gmail.com</a></div><div><span style="font-size:12.8px">*-*-</span><span style="font-size:12.8px">*-*-</span><span style="font-size:12.8px">*-*-</span><span style="font-size:12.8px">*-*-</span><span style="font-size:12.8px">*-*-</span><span style="font-size:12.8px">*-*-</span><span style="font-size:12.8px">*-*-</span><span style="font-size:12.8px">*-*-</span><span style="font-size:12.8px">*-*-</span><span style="font-size:12.8px">*-*-</span><span style="font-size:12.8px">*-*-</span><span style="font-size:12.8px">*-*-</span><br><div><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Mon, Mar 5, 2018 at 12:00 PM,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:Ernesto.JARDIM@ec.europa.eu" target="_blank">Ernesto.JARDIM@ec.europa.eu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">BTW that code is not in any package yet. If you'd like to try it please<br>
mail me and I'll make it available.<br>
<br>
Best<br>
<br>
EJ<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
On 05/03/2018 12:00, JARDIM Ernesto (JRC-ISPRA) wrote:<br>
> Hi Luis,<br>
><br>
> The MSE code developed within a4a can take any assessment model, as long<br>
> as it can be called from R. You'll need to code your estimation function<br>
> to deal with it.<br>
><br>
> The sca wrapper is<br>
><br>
> sca.wrapper <- function(stk, idx, ...){<br>
><br>
>     args <- list(...)<br>
>     args$stock <- stk<br>
>     args$indices <- idx<br>
>     if(is.null(args$fit)) args$fit <- 'MP'<br>
>     tracking <- args$tracking<br>
>     args$tracking <- NULL<br>
>     fit <- do.call('a4aSCA', args)<br>
>     stk <- stk + fit<br>
>     tracking["convergence",ac(<wbr>range(stk)["maxyear"]+1)] <-<br>
> fit@fitSumm["maxgrad",]<br>
>     list(stk = stk, tracking = tracking)<br>
> }<br>
><br>
> Adding a SAM model is just about changing the call to "a4aSCA" by the<br>
> call to SAM and fixing the arguments. Convergence flags will need to be<br>
> extracted from the right place, here it's in fitSumm.<br>
><br>
> Best<br>
><br>
> EJ<br>
><br>
><br>
> On 05/03/2018 11:35, Luis Ridao wrote:<br>
>> Dear all,<br>
>><br>
>> I'm trying to set up a MSE in which the assessment model is neither<br>
>> FLXSA nor FLa4a.<br>
>><br>
>> The SAM model (<a href="http://stockassessment.org" rel="noreferrer" target="_blank">stockassessment.org</a> implemented in R) is used as the<br>
>> basis of the advice.<br>
>><br>
>> Can anyone inform me whether it's possible to incorporate this into the<br>
>> 'mse' package in FLR<br>
>> and conduct simulations or another way around it?<br>
>><br>
>> thanks in advance,<br>
>> Luis<br>
>><br>
>><br>
>> On 02/22/2018 02:51 PM, <a href="mailto:Iago.MOSQUEIRA@ec.europa.eu">Iago.MOSQUEIRA@ec.europa.eu</a> wrote:<br>
>>> Dear all,<br>
>>><br>
>>> A new release of FLCore, version 2.6.6, has made it to the FLR repository. Source packages (Linux) as well as binary packages for Windows and Mac OSX El Capitan (10.11.6) are available. Please install using the usual<br>
>>><br>
>>> install.packages(repos="<a href="http://flr-project.org/R" rel="noreferrer" target="_blank">http:/<wbr>/flr-project.org/R</a>")<br>
>>><br>
>>> and test with your code. Please do not hesitate reporting any problem by filling an issue at<br>
>>><br>
>>> <a href="https://github.com/flr/flcore/issues" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/flr/flcore/<wbr>issues</a><br>
>>><br>
>>> These are the most notable changes in FLCore 2.6.6:<br>
>>><br>
>>> FLCore 2.6.6<br>
>>><br>
>>>   NEW FEATURES<br>
>>><br>
>>> - window(FLStocks) method to apply same window call across all elements.<br>
>>> - combine(FLStocks) method collapses all elements into a single FLStock object.<br>
>>>    with as many iters as elements in the list, must all have 1 iter.<br>
>>> - combine(FLQuants, FLQuants) merges them one element at a time.<br>
>>> - drop(FLQuant) returns the result of a call to base::drop on @.Data.<br>
>>> - New verify() method for complex classes evaluates object against a set of<br>
>>>    rules. Checks content rather than structure, as validity functions do.<br>
>>> - New ruleset method to return standard verify rules per class.<br>
>>> - window() and expand() methods for FLPar.<br>
>>> - iter() method for FLlst, lapplies it along the list<br>
>>><br>
>>>   USER-VISIBLE CHANGES<br>
>>><br>
>>> - propagate(FLPar) to return object if iter == iters #45.<br>
>>> - Ratios of numbers written in alternative ways now also return an empty character.<br>
>>><br>
>>>   BUG FIXES<br>
>>><br>
>>> - dimnames<- for FLStock with no ages failed when changing age name #42.<br>
>>> - uom can now handle better products with units containing divisions.<br>
>>> - coerce(FLBiol, FLBiolcpp) will now extend srparam to have as many years as the<br>
>>>    object, to allow params per time period to be passed and used.<br>
>>> - coerce(FLBiol, FLBiolcpp) now windows FLPar if year is given.<br>
>>> - trim(FLBiol) is able to handle predictModel slots.<br>
>>> - [[<- and $<- FLlst now work on extended classes, like predictModel.<br>
>>> - predict(predictModel) now handles correctly iters and extra FLPar dimensions.<br>
>>><br>
>>>   DEPRECATED & DEFUNCT<br>
>>> - catchSel is to be substituted by catch.sel, use the later instead<br>
>>> - wt<-(FLStock) is to be deprecated, use the individual accessor methods instead<br>
>>><br>
>>><br>
>>> Iago<br>
>>><br>
>>> --<br>
>>> Dr Iago Mosqueira<br>
>>><br>
>>> European Commission<br>
>>> DG Joint Research Centre<br>
>>> Directorate D - Sustainable Resources<br>
>>> Unit D.02 Water and Marine Resources<br>
>>><br>
>>> TP 051, Via Enrico Fermi 2749<br>
>>> I-21027 Ispra (VA), Italy<br>
>>><br>
>>> Phone : +39 0332 785413<br>
>>><br>
>>> <a href="mailto:iago.mosqueira@ec.europa.eu">iago.mosqueira@ec.europa.eu</a><br>
>>> ______________________________<wbr>_________________<br>
>>> flr-list mailing list<br>
>>> <a href="mailto:flr-list@flr-project.org">flr-list@flr-project.org</a><br>
>>> <a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/flr-list" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-<wbr>project.org/cgi-bin/mailman/<wbr>listinfo/flr-list</a><br>
><br>
<br>
--<br>
Ernesto Jardim <<a href="mailto:ernesto.jardim@ec.europa.eu">ernesto.jardim@ec.europa.eu</a>><br>
Fisheries Scientist<br>
Joint Research Centre (JRC), Sustainable resources directorate, Water and Marine Resources unit<br>
TP 051, Via Enrico Fermi 2749<br>
I-21027 Ispra (VA), Italy<br>
Office : <a href="tel:%2B39%200332%20785311" value="+390332785311">+39 0332 785311</a><br>
Fax: <a href="tel:%2B39%200332%20789658" value="+390332789658">+39 0332 789658</a><br>
<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
flr-list mailing list<br>
<a href="mailto:flr-list@flr-project.org">flr-list@flr-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/flr-list" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.r-forge.r-<wbr>project.org/cgi-bin/mailman/<wbr>listinfo/flr-list</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>