<div dir="ltr">Hi,<br>
<br>
There's an updated versions with some bugfixes regarding the S/R model CV and recruitment prediction.<br>
<br>
As usual install the latest versions with <br>
<br>
install.packages(c("FLCore","FLa4a"), repos=<a class="" href="http://flr-project.org/R">"http://flr-project.org/R"</a>)
<br>

<br>
Best<br>
<br>
EJ<br>
<br>
</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jul 1, 2014 at 2:36 PM, Ernesto Jardim <span dir="ltr"><<a href="mailto:ernesto.jardim@gmail.com" target="_blank">ernesto.jardim@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi,
<br>
<br>Finally we're about to release the first version of the FLa4a package 
and a technical document (<a href="https://github.com/a4a/tech-doc/blob/master/a4aAssessmentMethodology.pdf?raw=true" target="_blank">https://github.com/a4a/tech-doc/blob/master/a4aAssessmentMethodology.pdf?raw=true</a>) which explains how to carry out the 
analysis.
<br>
<br>To run FLa4a you'll need R 3.0.x or higher, and install copula and 
triangle from CRAN. The following code should do it:
<br>
<br>install.packages(c('copula','triangle'))
<br>
<br>and then install the FLCore and FLa4a packages from FLR's repository:
<br>
<br>install.packages(c("FLCore","FLa4a"), repos=<a href="http://flr-project.org/R" target="_blank">"http://flr-project.org/R"</a>)
<br>
<br>A simple demo using the traditional plaice in area 4 (North Sea) is as 
follows
<br>
<br>(start R <span title=":)"></span> and copy paste the code below)
<br>
<br>library(FLa4a)
<br>data(ple4)
<br>data(ple4.indices)
<br>fit <- sca(ple4, ple4.indices, fmodel= ~ s(age, k=4) + s(year, k=20))
<br>res <- residuals(fit, ple4, ple4.indices)
<br>plot(res)
<br>qqmath(res)
<br>plot(fit, ple4)
<br>plot(fit, ple4.indices)
<br>plot(ple4 + fit)
<br>
<br>You can try models for fishing mortality, catchability, recruitment, 
etc, check the tech doc.
<br>
<br>I hope the demo opened your appetite <span title=":)"></span> check the pdf for more info. If 
you're curious about the models you may jump directly to section 5.
<br>
<br>Comments and suggestions are welcome. Feel free to distribute.
<br>
<br>Best
<br><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
<br>EJ
<br>
</font></span><br>ps: If you'd like to keep up with the development there's a repository 
in github <a href="https://github.com/flr/FLa4a" target="_blank">https://github.com/flr/FLa4a</a>
<br>ps2: The tech doc code(knitr) is also in github 
<a href="https://github.com/a4a/tech-doc" target="_blank">https://github.com/a4a/tech-doc</a>
<br><br><br>
</div>
</blockquote></div><br></div>