<div dir="ltr">something we also need are methods for sampling individuals, e.g. when sampling for an ALK we want integers. I am therefore going to implement some methods for randomly drawing integers.<div><br></div><div style>
Laurie</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, May 14, 2013 at 8:45 PM, Iago MOSQUEIRA (JRC) <span dir="ltr"><<a href="mailto:iago.mosqueira-sanchez@jrc.ec.europa.eu" target="_blank">iago.mosqueira-sanchez@jrc.ec.europa.eu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>
For what specific use of length data?<br>
<br>
<br>
Iago<br>
<div><div class="h5"><br>
On 05/14/2013 07:11 PM, Laurie wrote:<br>
> Think it would make sense to have a specific class inherited from FLPar<br>
> for length.<br>
><br>
> Laurie<br>
><br>
> On 14/05/13 15:05, Iago Mosqueira wrote:<br>
>><br>
>><br>
>> On 05/13/2013 05:51 PM, Laurie Kell wrote:<br>
>>> maybe allowing param dim to be named len in FLPar, as is allowed for<br>
>>> quant and age in FLQuant may be all that is needed.<br>
>> Right now the validity only checks that last dim is iter<br>
>><br>
>> validFLPar <- function(object) {<br>
>><br>
>>     # Last dimension is called 'iter' ...<br>
>>    if(names(dimnames(object))[length(dim(object))] != "iter")<br>
>>      return("last dimension must be named 'iter'")<br>
>>    # ... and the first 'params'<br>
>><br>
>>     return(TRUE)<br>
>> }<br>
>><br>
>> So len will work, let's see which methods fail. But maybe for an<br>
>> specific type of information like this it would make more sense to have<br>
>> a class based on FLPar, with appropriate validity checks and specific<br>
>> methods. You could then dispatch on it any ALK method<br>
>><br>
>><br>
>> Iago<br>
>><br>
>>><br>
>>> On Mon, May 13, 2013 at 9:09 AM, Laurie <<a href="mailto:lauriekell@googlemail.com">lauriekell@googlemail.com</a><br>
>>> <mailto:<a href="mailto:lauriekell@googlemail.com">lauriekell@googlemail.com</a>>> wrote:<br>
>>><br>
>>>      Thanks, I worked with Alberto Murta and José Francisco Loff to<br>
>>>      implement ALKr which is on CRAN. There are some method for<br>
>>>      simulation, e.g. to generate size from length and growth paramters<br>
>>>      and also to simuate ALKs and LFDs, that will be in the next<br>
>>> release.<br>
>>>      I am thinking about how to store ALKs and length data in FLR and<br>
>>> for<br>
>>>      methods to work on them.<br>
>>><br>
>>>      Laurie<br>
>>><br>
>>><br>
>>><br>
>>><br>
>>>      On 13/05/13 07:56, Ernesto wrote:<br>
>>><br>
>>>          HI,<br>
>>><br>
>>>          I'm about to start looking at it. My idea is to develop a<br>
>>> method to<br>
>>>          convert length to ages using vB (or other) to feed the a4a<br>
>>> stock<br>
>>>          assessment method. Still working on the details but I want<br>
>>> to use vB<br>
>>>          parameters and their uncertainty to introduce uncertainty on<br>
>>> the<br>
>>>          FLStock<br>
>>>          object and run the model for each iteration. Kind of<br>
>>> operating model<br>
>>>          approach.<br>
>>><br>
>>>          I've done something similar for setting up M. It's all based on<br>
>>>          a new<br>
>>>          FLModelSim class (in dev now).<br>
>>><br>
>>>          You can take a look at it using the prototype. Source this one<br>
>>><br>
>>> <a href="https://raw.github.com/__ejardim/a4a/master/packages/__FLa4a/R/FLSimpleModel-class.R" target="_blank">https://raw.github.com/__ejardim/a4a/master/packages/__FLa4a/R/FLSimpleModel-class.R</a><br>
>>><br>
>>><br>
>>> <<a href="https://raw.github.com/ejardim/a4a/master/packages/FLa4a/R/FLSimpleModel-class.R" target="_blank">https://raw.github.com/ejardim/a4a/master/packages/FLa4a/R/FLSimpleModel-class.R</a>><br>
>>><br>
>>>          and the new M class for a4a is here<br>
>>><br>
>>> <a href="https://raw.github.com/__ejardim/a4a/master/packages/__FLa4a/R/a4aM-class.R" target="_blank">https://raw.github.com/__ejardim/a4a/master/packages/__FLa4a/R/a4aM-class.R</a><br>
>>><br>
>>><br>
>>> <<a href="https://raw.github.com/ejardim/a4a/master/packages/FLa4a/R/a4aM-class.R" target="_blank">https://raw.github.com/ejardim/a4a/master/packages/FLa4a/R/a4aM-class.R</a>><br>
>>><br>
>>>          , there's some examples.<br>
>>><br>
>>>          Best<br>
>>><br>
>>>          EJ<br>
>>><br>
>>>          On 05/10/2013 11:09 AM, Laurie wrote:<br>
>>><br>
>>>              Hi<br>
>>><br>
>>>              I am working on length and age data as part of linking the<br>
>>>              ALKr package<br>
>>>              and FLR.<br>
>>><br>
>>>              I was going to propose to use FLPar to add the length dim.<br>
>>><br>
>>>              Has anybody done anything with length, i.e. methods, data<br>
>>>              classes etc....<br>
>>><br>
>>>              Laurie<br>
>>><br>
>>><br>
>>> ------------------------------__------------------------------__------------------<br>
>>><br>
>>>              Learn Graph Databases - Download FREE O'Reilly Book<br>
>>>              "Graph Databases" is the definitive new guide to graph<br>
>>>              databases and<br>
>>>              their applications. This 200-page book is written by three<br>
>>>              acclaimed<br>
>>>              leaders in the field. The early access version is<br>
>>> available now.<br>
>>>              Download your free book today!<br>
>>>              <a href="http://p.sf.net/sfu/neotech___d2d_may" target="_blank">http://p.sf.net/sfu/neotech___d2d_may</a><br>
>>>              <<a href="http://p.sf.net/sfu/neotech_d2d_may" target="_blank">http://p.sf.net/sfu/neotech_d2d_may</a>><br>
>>>              _________________________________________________<br>
>>>              FLR-devel mailing list<br>
>>>              FLR-devel@lists.sourceforge.__net<br>
>>>              <mailto:<a href="mailto:FLR-devel@lists.sourceforge.net">FLR-devel@lists.sourceforge.net</a>><br>
>>>              <a href="https://lists.sourceforge.net/__lists/listinfo/flr-devel" target="_blank">https://lists.sourceforge.net/__lists/listinfo/flr-devel</a><br>
>>>              <<a href="https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/flr-devel" target="_blank">https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/flr-devel</a>><br>
>>><br>
>>><br>
>>><br>
>>><br>
>>><br>
>>><br>
>>> ------------------------------------------------------------------------------<br>
>>><br>
>>> Learn Graph Databases - Download FREE O'Reilly Book<br>
>>> "Graph Databases" is the definitive new guide to graph databases and<br>
>>> their applications. This 200-page book is written by three acclaimed<br>
>>> leaders in the field. The early access version is available now.<br>
>>> Download your free book today! <a href="http://p.sf.net/sfu/neotech_d2d_may" target="_blank">http://p.sf.net/sfu/neotech_d2d_may</a><br>
>>><br>
>>><br>
>>><br>
>>> _______________________________________________<br>
>>> FLR-devel mailing list<br>
>>> <a href="mailto:FLR-devel@lists.sourceforge.net">FLR-devel@lists.sourceforge.net</a><br>
>>> <a href="https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/flr-devel" target="_blank">https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/flr-devel</a><br>
>>><br>
>> _______________________________________________<br>
>> flr-list mailing list<br>
>> <a href="mailto:flr-list@flr-project.org">flr-list@flr-project.org</a><br>
>> <a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/flr-list" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/flr-list</a><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> flr-list mailing list<br>
> <a href="mailto:flr-list@flr-project.org">flr-list@flr-project.org</a><br>
> <a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/flr-list" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/flr-list</a><br>
<br>
<br>
</div></div>--<br>
Dr Iago Mosqueira<br>
<br>
European Commission – Joint Research Center<br>
Institute for the Protection and Security of the Citizen (IPSC)<br>
Maritime Affairs Unit FISHREG – Scientific Support to Fisheries<br>
<div class="im">TP 051, Via Enrico Fermi 2749<br>
I-21027 Ispra (VA), Italy<br>
<br>
</div>Office : <a href="tel:%2B39%200332%20785413" value="+390332785413">+39 0332 785413</a><br>
Fax: <a href="tel:%2B39%200332%20789658" value="+390332789658">+39 0332 789658</a><br>
<br>
<a href="mailto:iago.mosqueira@jrc.ec.europa.eu">iago.mosqueira@jrc.ec.europa.eu</a><br>
<br>
<a href="http://fishreg.jrc.ec.europa.eu/home" target="_blank">http://fishreg.jrc.ec.europa.eu/home</a><br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
_______________________________________________<br>
flr-list mailing list<br>
<a href="mailto:flr-list@flr-project.org">flr-list@flr-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/flr-list" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/flr-list</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>