<HTML>
<BODY>
Hi Matthew, how are you?<br>

<br>

Thank you for the notes on fread. I had tried fread to read sitefiles (see the previous e-mail), but this error message was returned: <br>

<br>

Error in fread(sitefiles) : <br>

  'input' must be a single character string containing a file name, full path to a file, a URL starting 'http://' or 'file://', or the input data itself<br>

<br>

Is there a work around to get fread to read a file path like sitefiles?<br>

<br>

I was detailing what I was doing with read.table to make sure that fread could also accomplish those same objectives with the files.<br>

<br>

Thank you.<br>

<br>

Irucka<br>

<br>

<br>

<br>

<-----Original Message-----> <br>

>From: Matthew Dowle [mdowle@mdowle.plus.com]<br>

>Sent: 8/6/2013 3:49:44 AM<br>

>To: iruckaE@mail2world.com<br>

>Cc: datatable-help@lists.r-forge.r-project.org<br>

>Subject: Re: [datatable-help] data.table on existing data.frame list<br>

><br>

>On 06/08/13 03:12, iembry wrote:<br>

>> Hi Matthew, thank you for your prompt and great assistance.<br>

>><br>

>> Yes, moving the autostart = 40 does work. Yes, it did detect the column<br>

>> names.<br>

>Great.<br>

>><br>

>> In order to read in the .exsa.rdb files I created a function that follows<br>

>><br>

>> getDataRatingDepotFiles <- function (file, hasHeader = TRUE, separator =<br>

>> "\t")<br>

>> {<br>

>>      RDdatatmp <- as.matrix(read.table(file, sep = "\t", fill = TRUE,<br>

>> comment.char = "#", header = T, as.is = TRUE, stringsAsFactors = FALSE,<br>

>> na.strings = "NA", col.names = c("y", "shift", "x", "stor")))<br>

>>      RDdatatmp <- as.matrix(RDdatatmp[c(-1), c(-4)])<br>

>>      RDdatatmp <- as.data.frame(RDdatatmp, stringsAsFactors = FALSE)<br>

>>      RDdatatmp$y <- as.numeric(as.character(RDdatatmp$y))<br>

>>      RDdatatmp$x <- as.numeric(as.character(RDdatatmp$x))<br>

>>      RDdatatmp$shift <- as.numeric(as.character(RDdatatmp$shift))<br>

>>      return(RDdatatmp)<br>

>> }<br>

>><br>

>> I created an object called sitefiles that has the pattern of the file<br>

>> extension that I want. In the same folder there are files with two other<br>

>> file extensions that I do not want to use in this project.<br>

>><br>

>> sitefiles <- list.files(path ="/tried", pattern <- ".exsa.rdb$", full.names<br>

>> = TRUE)<br>

>> getratings <- lapply(sitefiles, getDataRatingDepotFiles)<br>

>><br>

>> Is there any way to replicate the above with fread?<br>

>I don't follow.  fread reads the file. 'select' arg can be used to <br>

>select columns,  or you can use setnames() afterwards to rename them.  <br>

>fread doesn't create factors anyway. The numeric columns should be <br>

>detected automatically but you can pass 'colClasses' manually to fread <br>

>if you need to read integer data as a numeric type, in the latest <br>

>version. Or are you asking if fread can read multiple files?<br>

><br>

><br>

>><br>

>> Irucka<br>

>><br>

>><br>

>><br>

>><br>

>><br>

>><br>

>><br>

>><br>

>> The comments are really a banner at the start of the file it seems. So this<br>

>> is all built in to fread already. But the banner in the example is 34 rows,<br>

>> so the default of autostart=30 isn't enough.  Try:<br>

>><br>

>>      fread("03217500.exsa.rsb", autostart=40)<br>

>><br>

>> That should do it in one shot, including detecting the column names. I've<br>

>> just increased autostart a bit to be within the data block.  See ?fread for<br>

>> a detailed description of autostart and the procedure.<br>

>><br>

>> Btw, if there is more than one table in a single file,  then setting<br>

>> autostart to be within each one is how to read each one in.  And provided<br>

>> there is no footer, you can set autostart to be very large, too (with<br>

>> downside of time to seek back from the end to find the column names).<br>

>><br>

>> Matthew<br>

>><br>

>><br>

>><br>

>> --<br>

>> View this message in context: http://r.789695.n4.nabble.com/data-table-on-existing-data-<br>

>frame-list-tp4673142p4673201.html<br>

>> Sent from the datatable-help mailing list archive at Nabble.com.<br>

>> _______________________________________________<br>

>> datatable-help mailing list<br>

>> datatable-help@lists.r-forge.r-project.org<br>

>> https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/datatable-help<br>

>><br>

><br>

>.<br>

>
</BODY></HTML>


<span id=m2wTl><p><font face="Arial, Helvetica, sans-serif" size="2" style="font-size:13.5px">_______________________________________________________________<BR>Get the Free email that has everyone talking at <a href=http://www.mail2world.com target=new>http://www.mail2world.com</a><br>  <font color=#999999>Unlimited Email Storage – POP3 – Calendar – SMS – Translator – Much More!</font></font></span>