<div dir="ltr">Here is what I would do.  Read in the file, delete the comments, write it back out and then process it.<div><br></div><div><br></div><div><div>> myFile <- tempfile()  # temp file</div><div>> input <- readLines('/temp/dv.txt')  # this is a copy of the data you posted</div>
<div>> # remove comments</div><div>> input <- input[!grepl("^#", input)]</div><div>> require(data.table)</div><div>Loading required package: data.table</div><div>data.table 1.8.8  For help type: help("data.table")</div>
<div>> writeLines(input, myFile)</div><div>> dv <- fread(myFile)</div><div><br></div><div>      </div><div>> </div><div>> str(dv)</div><div>Classes ‘data.table’ and 'data.frame':  367 obs. of  21 variables:</div>
<div> $ agency_cd        : chr  "5s" "USGS" "USGS" "USGS" ...</div><div> $ site_no          : chr  "15s" "02169570" "02169570" "02169570" ...</div>
<div> $ datetime         : chr  "20d" "2012-08-04" "2012-08-05" "2012-08-06" ...</div><div> $ 04_00095_00001   : chr  "14n" "" "" "" ...</div>
<div> $ 04_00095_00001_cd: chr  "10s" "" "" "" ...</div><div> $ 04_00095_00002   : chr  "14n" "" "" "" ...</div><div> $ 04_00095_00002_cd: chr  "10s" "" "" "" ...</div>
<div> $ 04_00095_00003   : chr  "14n" "" "" "" ...</div><div> $ 04_00095_00003_cd: chr  "10s" "" "" "" ...</div><div> $ 05_00065_00001   : chr  "14n" "2.10" "1.71" "1.77" ...</div>
<div> $ 05_00065_00001_cd: chr  "10s" "A" "A" "A" ...</div><div> $ 05_00065_00002   : chr  "14n" "1.71" "1.56" "1.57" ...</div><div> $ 05_00065_00002_cd: chr  "10s" "A" "A" "A" ...</div>
<div> $ 05_00065_00003   : chr  "14n" "1.89" "1.62" "1.63" ...</div><div> $ 05_00065_00003_cd: chr  "10s" "A" "A" "A" ...</div><div> $ 15_00060_00001   : chr  "14n" "52" "33" "36" ...</div>
<div> $ 15_00060_00001_cd: chr  "10s" "A" "A" "A" ...</div><div> $ 15_00060_00002   : chr  "14n" "33" "27" "27" ...</div><div> $ 15_00060_00002_cd: chr  "10s" "A" "A" "A" ...</div>
<div> $ 15_00060_00003   : chr  "14n" "42" "29" "30" ...</div><div> $ 15_00060_00003_cd: chr  "10s" "A" "A" "A" ...</div><div> - attr(*, ".internal.selfref")=<externalptr> </div>
</div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Aug 5, 2013 at 3:38 PM, iembry <span dir="ltr"><<a href="mailto:iruckaE@mail2world.com" target="_blank">iruckaE@mail2world.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Matthew, this link is in a similar format to the files that I'm processing<br>
now:<br>
<a href="http://waterdata.usgs.gov/nwis/dv?cb_00095=on&cb_00065=on&cb_00060=on&format=rdb&period=&begin_date=2012-08-04&end_date=2013-08-04&site_no=02169570&referred_module=sw" target="_blank">http://waterdata.usgs.gov/nwis/dv?cb_00095=on&cb_00065=on&cb_00060=on&format=rdb&period=&begin_date=2012-08-04&end_date=2013-08-04&site_no=02169570&referred_module=sw</a><br>

<br>
Both file formats begin with the comments followed by the column names<br>
followed by agency code information and then the actual data.<br>
<br>
The .rdb text files vary in length (some may range from a few hundred lines<br>
long to over 20,000 lines). I am given the files that I am processing.<br>
<br>
Thank you.<br>
<br>
Irucka<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
View this message in context: <a href="http://r.789695.n4.nabble.com/data-table-on-existing-data-frame-list-tp4673142p4673181.html" target="_blank">http://r.789695.n4.nabble.com/data-table-on-existing-data-frame-list-tp4673142p4673181.html</a><br>

Sent from the datatable-help mailing list archive at Nabble.com.<br>
_______________________________________________<br>
datatable-help mailing list<br>
<a href="mailto:datatable-help@lists.r-forge.r-project.org">datatable-help@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/datatable-help" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/datatable-help</a><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Jim Holtman<br>Data Munger Guru<br> <br>What is the problem that you are trying to solve?<br>Tell me what you want to do, not how you want to do it.
</div>