Judging from the unusual silence I'm guessing that this doesn't have an obvious solution.  I can't provide the data, and in my simulated data I don't get the same error. <div><br></div><div>I'll do some more testing today and see if I can isolate the problem. </div>
<div><br></div><div>I have a suspicion about the cause, and ill teat that. The problem seems related to one particularly messy text field. I will bet that there is some combination of characters that is causing the problem. Or some of them are too long. </div>
<div><br></div><div>I could split the file and see if each part blows up in size when I save, in order to isolate the problem. </div><div><br></div><div>Thanks, and my apologies for being unable to send a good example. <span></span><br>
<br>On Thursday, October 18, 2012, Gene Leynes  wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Ok, here is my very lengthy reply with lots of diagnostics. <div>
<br></div><div><br></div><div><div><font face="courier new, monospace">> </font></div><div><font face="courier new, monospace">> ## Clear the workspace</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">> rm(list=ls())</font></div><div><font face="courier new, monospace">> </font></div><div><font face="courier new, monospace">> ## I use a function called "loader" to load single data objects</font></div>

<div><font face="courier new, monospace">> if(!require('geneorama')){</font></div><div><font face="courier new, monospace">+   source('<a href="https://raw.github.com/geneorama/geneorama/master/R/loader.R" target="_blank">https://raw.github.com/geneorama/geneorama/master/R/loader.R</a>')</font></div>

<div><font face="courier new, monospace">+   cat('loading function \"loader\"')</font></div><div><font face="courier new, monospace">+ }</font></div><div><font face="courier new, monospace">> </font></div>

<div><font face="courier new, monospace">> ## Load the data</font></div><div><font face="courier new, monospace">> Small = loader('test0')</font></div><div><font face="courier new, monospace">> Large = loader('test1')</font></div>

<div><font face="courier new, monospace">> </font></div><div><font face="courier new, monospace">> ## The two files will be different because their order is different</font></div><div><font face="courier new, monospace">> str(Small)</font></div>

<div><font face="courier new, monospace">Classes ‘data.table’ and 'data.frame':<span style="white-space:pre-wrap">        </span>3103314 obs. of  42 variables:</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ index : int  1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...</font></div>

<div><font face="courier new, monospace"> $ char1 : chr  "<a href="http://conradhotels3.hilton.com" target="_blank">http://conradhotels3.hilton.com</a>" "<a href="http://conradhotels3.hilton.com" target="_blank">http://conradhotels3.hilton.com</a>" "<a href="http://conradhotels3.hilton.com" target="_blank">http://conradhotels3.hilton.com</a>" "<a href="http://conradhotels3.hilton.com" target="_blank">http://conradhotels3.hilton.com</a>" ...</font></div>

<div><font face="courier new, monospace"> $ char2 : chr  "/en/index.html" "/en/index.html" "/en/index.html" "/en/index.html" ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ char3 : chr  "" "" "" "" ...</font></div>

<div><font face="courier new, monospace"> $ int1  : int  44903 44903 44903 44903 44903 44903 44903 44903 44903 44903 ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ int2  : int  411 411 254 254 336 336 118 118 386 386 ...</font></div>

<div><font face="courier new, monospace"> $ char4 : chr  "2012-05-09 20:17:40.587" "2012-05-09 21:17:54.427" "2012-05-09 20:10:49.560" "2012-05-09 21:11:05.107" ...</font></div><div>

<font face="courier new, monospace"> $ int3  : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ int4  : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ int5  : int  69 69 69 69 69 69 69 68 68 68 ...</font></div>

<div><font face="courier new, monospace"> $ int6  : int  68 68 68 68 68 68 68 67 67 67 ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ int7  : int  35 35 37 35 35 35 33 38 38 40 ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ int8  : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...</font></div>

<div><font face="courier new, monospace"> $ int9  : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ int10 : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ int11 : int  1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...</font></div>

<div><font face="courier new, monospace"> $ int12 : int  334830 334847 335102 334838 334836 342687 334521 318626 318578 326800 ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ int13 : int  36 36 37 36 36 36 35 38 37 39 ...</font></div>

<div><font face="courier new, monospace"> $ int14 : int  44 44 49 47 45 45 45 46 45 48 ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ char5 : chr  "" "" "" "" ...</font></div>

<div><font face="courier new, monospace"> $ int15 : int  NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ int16 : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ int17 : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...</font></div>

<div><font face="courier new, monospace"> $ int18 : int  2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ int19 : int  1381 1152 424 3728 1772 921 385 725 401 314 ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ int20 : int  36 36 37 36 36 36 35 38 37 39 ...</font></div>

<div><font face="courier new, monospace"> $ int21 : int  2199 2201 1492 1448 2559 2529 1084 1432 1876 1984 ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ int22 : int  44 44 49 47 45 45 45 46 45 48 ...</font></div>

<div><font face="courier new, monospace"> $ int23 : int  2203 2188 1199 1162 2324 2346 821 897 1386 1189 ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ int24 : int  13 13 14 13 13 13 12 13 13 14 ...</font></div>

<div><font face="courier new, monospace"> $ int25 : int  5166 5761 3755 3794 5614 7779 2830 3971 4637 5871 ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ int26 : int  103 103 105 103 103 103 101 105 105 107 ...</font></div>

<div><font face="courier new, monospace"> $ int27 : int  70 183 159 197 217 165 153 232 92 102 ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ int28 : int  103 103 105 103 103 103 101 105 105 107 ...</font></div>

<div><font face="courier new, monospace"> $ int29 : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ int30 : int  161 146 200 158 150 160 190 161 163 169 ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ char6 : chr  "Limelight" "Limelight" "Fusepoint/Savvis" "Fusepoint/Savvis" ...</font></div>

<div><font face="courier new, monospace"> $ char7 : chr  "Paris" "Paris" "Toronto" "Toronto" ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ char8 : chr  "-1" "-1" "-1" "-1" ...</font></div>

<div><font face="courier new, monospace"> $ char9 : chr  "FRANCE" "FRANCE" "CANADA" "CANADA" ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ char10: chr  "FR" "FR" "CA" "CA" ...</font></div>

<div><font face="courier new, monospace"></font></div><div><font face="courier new, monospace">> str(Large)</font></div><div><font face="courier new, monospace">Classes ‘data.table’ and 'data.frame':<span style="white-space:pre-wrap"> </span>3103314 obs. of  42 variables:</font></div>

<div><font face="courier new, monospace"> $ index : int  716234 716235 1007651 2679944 1550732 1932010 2879445 1007670 1736006 666363 ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ char1 : chr  "<a href="http://go.compuware.com" target="_blank">http://go.compuware.com</a>" "<a href="http://go.compuware.com" target="_blank">http://go.compuware.com</a>" "<a href="http://www.achmeacollectief.nl" target="_blank">http://www.achmeacollectief.nl</a>" "<a href="https://db3.notify.windows.com" target="_blank">https://db3.notify.windows.com</a>" ...</font></div>

<div><font face="courier new, monospace"> $ char2 : chr  "/default.aspx" "/dynaTraceMonitor" "/unilever/" "/ping" ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ char3 : chr  "?rurl=<a href="http://frontline.compuware.com//products/BU/default.aspx" target="_blank">http://frontline.compuware.com//products/BU/default.aspx</a>" "?url=http%3A%2F%<a href="http://2Fgo.compuware.com" target="_blank">2Fgo.compuware.com</a>%2Fdefault.aspx%3Frurl%3Dhttp%3A%2F%<a href="http://2Ffrontline.compuware.com" target="_blank">2Ffrontline.compuware.com</a>%2F%2Fproducts%2FBU%2Fdefault.as"| __truncated__ "" "" ...</font></div>

<div><font face="courier new, monospace"> $ int1  : int  2812881 2812881 3149757 4286896 3618836 3861870 4315803 3149760 3779387 2754629 ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ int2  : int  133 133 133 133 340 340 326 133 133 340 ...</font></div>

<div><font face="courier new, monospace"> $ char4 : chr  "2012-05-09 20:00:00.000" "2012-05-09 20:00:00.000" "2012-05-09 20:00:00.000" "2012-05-09 20:00:00.000" ...</font></div><div>

<font face="courier new, monospace"> $ int3  : int  0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ int4  : int  2264 2496 1782 461 1953 1418 641 1207 167 278 ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ int5  : int  26 20 6 1 71 64 1 6 1 15 ...</font></div>

<div><font face="courier new, monospace"> $ int6  : int  26 20 6 1 69 64 1 6 1 15 ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ int7  : int  2 2 4 0 2 12 0 2 0 0 ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ int8  : int  0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 ...</font></div>

<div><font face="courier new, monospace"> $ int9  : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ int10 : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ int11 : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...</font></div>

<div><font face="courier new, monospace"> $ int12 : int  392752 417195 43107 0 1419015 1031349 187344 62969 43 428189 ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ int13 : int  4 4 5 1 8 22 1 3 1 1 ...</font></div>

<div><font face="courier new, monospace"> $ int14 : int  9 11 8 1 17 38 1 6 1 15 ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ char5 : chr  "" "" "" "" ...</font></div>

<div><font face="courier new, monospace"> $ int15 : int  NA NA NA NA 0 NA NA NA NA 0 ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ int16 : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ int17 : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...</font></div>

<div><font face="courier new, monospace"> $ int18 : int  2 28 3 0 0 1 0 1 0 0 ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ int19 : int  137 0 136 298 277 255 147 141 137 209 ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ int20 : int  4 0 5 1 8 22 1 3 1 1 ...</font></div>

<div><font face="courier new, monospace"> $ int21 : int  945 612 59 22 689 1153 54 29 13 59 ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ int22 : int  9 5 8 1 17 38 1 6 1 15 ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ int23 : int  0 0 0 118 0 0 0 0 0 0 ...</font></div>

<div><font face="courier new, monospace"> $ int24 : int  0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ int25 : int  3243 2653 1585 22 3292 3076 64 1043 13 81 ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ int26 : int  28 22 10 1 73 76 1 8 1 15 ...</font></div>

<div><font face="courier new, monospace"> $ int27 : int  2060 3365 257 1 3304 1038 376 258 4 80 ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ int28 : int  28 22 10 1 73 76 1 8 1 15 ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ int29 : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...</font></div>

<div><font face="courier new, monospace"> $ int30 : int  921 750 203 578 609 1078 234 187 31 140 ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ char6 : chr  "Interoute" "Interoute" "Interoute" "Interoute" ...</font></div>

<div><font face="courier new, monospace"> $ char7 : chr  "Amsterdam" "Amsterdam" "Amsterdam" "Amsterdam" ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ char8 : chr  "-1" "-1" "-1" "-1" ...</font></div>

<div><font face="courier new, monospace"> $ char9 : chr  "NETHERLANDS" "NETHERLANDS" "NETHERLANDS" "NETHERLANDS" ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> $ char10: chr  "NL" "NL" "NL" "NL" ...</font></div>

<div><font face="courier new, monospace"> $ char11: chr  "NETHERLANDS" "NETHERLANDS" "NETHERLANDS" "NETHERLANDS" ...</font></div><div><font face="courier new, monospace"> - attr(*, ".internal.selfref")=<externalptr> </font></div>

<div><font face="courier new, monospace"> - attr(*, "sorted")= chr "char4"</font></div><div><font face="courier new, monospace">> </font></div><div><font face="courier new, monospace">> ## The difference is shown here</font></div>

<div><font face="courier new, monospace">> mapply(identical, Small, Large)</font></div><div><font face="courier new, monospace"> index  char1  char2  char3   int1   int2  char4   int3   int4   int5   int6   int7   int8   int9 </font></div>

<div><font face="courier new, monospace"> FALSE  FALSE  FALSE  FALSE  FALSE  FALSE  FALSE  FALSE  FALSE  FALSE  FALSE  FALSE  FALSE  FALSE </font></div><div><font face="courier new, monospace"> int10  int11  int12  int13  int14  char5  int15  int16  int17  int18  int19  int20  int21  int22 </font></div>

<div><font face="courier new, monospace"> FALSE  FALSE  FALSE  FALSE  FALSE  FALSE  FALSE  FALSE  FALSE  FALSE  FALSE  FALSE  FALSE  FALSE </font></div><div><font face="courier new, monospace"> int23  int24  int25  int26  int27  int28  int29  int30  char6  char7  char8  char9 char10 char11 </font></div>

<div><font face="courier new, monospace"> FALSE  FALSE  FALSE  FALSE  FALSE  FALSE  FALSE  FALSE  FALSE  FALSE  FALSE  FALSE  FALSE  FALSE </font></div><div><font face="courier new, monospace">> mapply(all.equal, Small, Large)</font></div>

<div><font face="courier new, monospace">                                                         index </font></div><div><font face="courier new, monospace">                         "Mean relative difference: 0.6660698" </font></div>

<div><font face="courier new, monospace">                                                         char1 </font></div><div><font face="courier new, monospace">                                   "3100674 string mismatches" </font></div>

<div><font face="courier new, monospace">                                                         char2 </font></div><div><font face="courier new, monospace">                                   "2961621 string mismatches" </font></div>

<div><font face="courier new, monospace">                                                         char3 </font></div><div><font face="courier new, monospace">                                   "1753352 string mismatches" </font></div>

<div><font face="courier new, monospace">                                                          int1 </font></div><div><font face="courier new, monospace">                         "Mean relative difference: 0.2945024" </font></div>

<div><font face="courier new, monospace">                                                          int2 </font></div><div><font face="courier new, monospace">                         "Mean relative difference: 0.4866954" </font></div>

<div><font face="courier new, monospace">                                                         char4 </font></div><div><font face="courier new, monospace">                                   "3103308 string mismatches" </font></div>

<div><font face="courier new, monospace">                                                          int3 </font></div><div><font face="courier new, monospace">                          "Mean relative difference: 1.759713" </font></div>

<div><font face="courier new, monospace">                                                          int4 </font></div><div><font face="courier new, monospace">                          "Mean relative difference: 1.408616" </font></div>

<div><font face="courier new, monospace">                                                          int5 </font></div><div><font face="courier new, monospace">                          "Mean relative difference: 1.411817" </font></div>

<div><font face="courier new, monospace">                                                          int6 </font></div><div><font face="courier new, monospace">                          "Mean relative difference: 1.415648" </font></div>

<div><font face="courier new, monospace">                                                          int7 </font></div><div><font face="courier new, monospace">                          "Mean relative difference: 1.705137" </font></div>

<div><font face="courier new, monospace">                                                          int8 </font></div><div><font face="courier new, monospace">                          "Mean relative difference: 1.954795" </font></div>

<div><font face="courier new, monospace">                                                          int9 </font></div><div><font face="courier new, monospace">                           "Mean relative difference: 1.99701" </font></div>

<div><font face="courier new, monospace">                                                         int10 </font></div><div><font face="courier new, monospace">                          "Mean relative difference: 1.995529" </font></div>

<div><font face="courier new, monospace">                                                         int11 </font></div><div><font face="courier new, monospace">                                 "Mean relative difference: 2" </font></div>

<div><font face="courier new, monospace">                                                         int12 </font></div><div><font face="courier new, monospace">                          "Mean relative difference: 1.479043" </font></div>

<div><font face="courier new, monospace">                                                         int13 </font></div><div><font face="courier new, monospace">                          "Mean relative difference: 1.323619" </font></div>

<div><font face="courier new, monospace">                                                         int14 </font></div><div><font face="courier new, monospace">                          "Mean relative difference: 1.360022" </font></div>

<div><font face="courier new, monospace">                                                         char5 </font></div><div><font face="courier new, monospace">                                   "1454309 string mismatches" </font></div>

<div><font face="courier new, monospace">                                                         int15 </font></div><div><font face="courier new, monospace">"'is.NA' value mismatch: 2260789 in current 2260789 in target" </font></div>

<div><font face="courier new, monospace">                                                         int16 </font></div><div><font face="courier new, monospace">                          "Mean relative difference: 1.997195" </font></div>

<div><font face="courier new, monospace">                                                         int17 </font></div><div><font face="courier new, monospace">                                 "Mean relative difference: 2" </font></div>

<div><font face="courier new, monospace">                                                         int18 </font></div><div><font face="courier new, monospace">                          "Mean relative difference: 1.799441" </font></div>

<div><font face="courier new, monospace">                                                         int19 </font></div><div><font face="courier new, monospace">        </font></div></div></blockquote></div>