<div><div><font face="sans-serif">Hi Damien,</font></div><div><font face="sans-serif"><br></font></div><div><font face="sans-serif">I get error message while running the BIOMOD_EnsembleModeling argument. Briefly, ensembling of PA1 models and PA2 models worked fine, but it stopped after selecting of proper models of PA3. </font></div>

<div><font face="sans-serif"><br></font></div><div><font face="sans-serif">It said "</font><span style="font-family:sans-serif">models kept :.... </span><font face="sans-serif">Error in `[.data.frame`(getModelsPrediction(modeling.output, as.data.frame = TRUE): </font><span style="font-family:sans-serif">undefined column selection" for PA3 models. </span></div>

<div><font face="sans-serif"><div>  </div><div>I've tried to rerun of models with changing the number of PA and the number of evaluation run etc., but none of these changes worked.</div></font></div>
<div><font face="sans-serif"><br></font></div><div><span>What could be the reason of this? </span></div><div><span><br></span></div><div><span>Thanks so much in advance..</span></div><div><span><br></span></div><div><span>Semra</span></div>


<div><font face="sans-serif"><br></font></div><div><font face="sans-serif"><br></font></div><div><font face="sans-serif"><br></font></div><div><font face="sans-serif" color="#666666">Here my codes:</font></div></div><div>

<font color="#666666"><br></font></div><div><font color="#666666">###########################
</font></div><div><font color="#666666"><br></font></div><div><div><font color="#666666">library(biomod2)</font></div><div><font color="#666666"><br></font></div><div><font color="#666666">myResp.ras <- raster("speciesdata/kn500.img")</font></div>


<div><font color="#666666">myRespName <- 'Kayin'</font></div><div><font color="#666666">myRespXY <- xyFromCell(object=myResp.ras, cell=which(myResp.ras[]>0))</font></div>

<div><font color="#666666">myResp <- extract(x=myResp.ras, y=myRespXY)</font></div><div><font color="#666666"><br></font></div><div><font color="#666666">datacurr = stack("Current/tr/aspect","Current/tr/bio04","Current/tr/bio05", "Current/tr/bio06","Current/tr/bio09", </font></div>




<div><font color="#666666">"Current/tr/bio12", "Current/tr/bio14", "Current/tr/wetness")</font></div><div><font color="#666666"><br></font></div><div><div><font color="#666666">myBiomodDataSet1KN <- BIOMOD_FormatingData (resp.var = myResp,</font></div>


<div><font color="#666666">expl.var = datacurr,</font></div>

<div><font color="#666666">resp.xy = myRespXY,</font></div><div><font color="#666666"><a href="http://resp.name">resp.name</a> = myRespName,</font></div><div><font color="#666666">PA.nb.rep = 5,</font></div>
<div><font color="#666666">PA.nb.absences = 10000,</font></div><div><font color="#666666">PA.strategy = 'random')</font></div></div><div>
<font color="#666666"><br></font></div><div>
<div><font color="#666666">myBiomodOption <- BIOMOD_ModelingOptions()</font></div><div><font color="#666666"><br></font></div><div><font color="#666666">myBiomodModelOutSet1KN <- BIOMOD_Modeling( </font></div><div>


<font color="#666666">myBiomodDataSet1KN,</font></div><div><font color="#666666">models = c('GLM','GAM', 'GBM', 'CTA','ANN', 'FDA', 'RF','MAXENT'),</font></div>




<div><font color="#666666">models.options = myBiomodOption,</font></div><div><font color="#666666">NbRunEval=5,</font></div><div><font color="#666666">DataSplit=70,</font></div><div><font color="#666666">Yweights=NULL,</font></div>


<div><font color="#666666">VarImport=3,</font></div><div><font color="#666666">models.eval.meth = c('TSS','ROC'),</font></div><div><font color="#666666">SaveObj = TRUE,</font></div>

<div><font color="#666666">rescal.all.models = TRUE)</font></div></div><div><font color="#666666"><br></font></div><div><div><font color="#666666">myBiomodEMSET1KN<- BIOMOD_EnsembleModeling( myBiomodModelOutSet1KN,</font></div>


<div><font color="#666666">                         chosen.models = 'all',</font></div><div><font color="#666666">                         eval.metric = c('ROC'),</font></div>

<div><font color="#666666">                         eval.metric.quality.threshold = c(0.85),</font></div><div><font color="#666666">                         prob.mean = TRUE,</font></div><div><font color="#666666">                         <a href="http://prob.cv">prob.cv</a> = TRUE,</font></div>



<div><font color="#666666">                         <a href="http://prob.ci">prob.ci</a> = TRUE,</font></div>
<div><font color="#666666">                         prob.ci.alpha = 0.05,</font></div><div><font color="#666666">                         prob.median = FALSE,</font></div><div><font color="#666666">                         committee.averaging = TRUE,</font></div>


<div><font color="#666666">                         prob.mean.weight = TRUE,</font></div>

<div><font color="#666666">                         prob.mean.weight.decay = 'proportional')</font></div></div><div><font color="#666666"><br></font></div><div><font color="#666666">###########################</font></div>


<div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div>