Dear <span style="color:rgb(34,34,34);font-size:13px;font-family:Helvetica">Damien </span>and <span style="color:rgb(34,34,34);font-size:13px;font-family:Helvetica">BIOMOD-users,</span><div><br></div><div>I would like to ask a question about MaxEnt results on biomod2. I followed each step and run the models of Myocastor from <span style="color:rgb(34,34,34);font-size:13px;font-family:Helvetica">vignette/biomod2. </span></div>



<div><br></div><div>When I compare the results of biomod2-maxent (on R) with the results in the folder of MaxEnt model ("Myocastor\models\Myocastor_PA1_RUN1_MAXENT"), I saw that the order of importance of the variance and AUC values of the model are different. </div>






<div><br></div><div>For example;</div><div><br></div><div>getModelsVarImport(myBiomodModelOut) returns as </div><div><br></div><div>....</div><div><div>, , RUN1, PA1</div><div><br></div><div>       SRE    RF MAXENT</div>




<div>Var1 0.048 0.343  0.531</div><div>Var2 0.048 0.270  0.140</div><div>Var3 0.140 0.187  0.134</div><div>Var4 0.162 0.328  0.568</div><div>Var5 0.074 0.115  0.126</div></div><div>

</div><div>....</div><div><br></div><div>while " Myocastor_PA1_RUN1.html" shows the order of the variables as </div><div><br></div><div><table border="" cols="3"><tbody><tr><th>Variable</th><th>Percent contribution</th>




<th>Permutation importance</th></tr><tr align="right"><td>bio_3(Var1)</td><td>47</td><td>41.1</td></tr><tr align="right"><td>bio_11(Var4)</td><td>24.4</td><td>39.7</td></tr><tr align="right"><td>bio_4(Var2)</td><td>19.4</td>




<td>3</td></tr><tr align="right"><td>bio_12(Var5)</td><td>6.5</td><td>11</td></tr><tr align="right"><td>bio_7(Var3)</td><td>2.8</td><td>5.2</td></tr></tbody></table></div><div><br></div><div><br></div><div>As you see, the order of the variance by "getModelsVarImport" is Var4/ Var1/ Var2/ Var3/ Var5 whereas the order of the variance in the MaxEnt results is Var1/ Var4/ Var2/ Var5/Var3. So what could be the reason for this differences? </div>





<div><br></div><div>Moreover, there is a difference between ROC(AUC) values between biomod2-maxent and MaxEnt documents. Is this because that biomod2 calculates ROC of testing data ("myBiomodModelEval["ROC",,"MAXENT",,]"? </div>



<div><br></div><div>By the way I run models with my own data and I have same differences in the order of importance of the variance in the maxent results. </div>
<div><br></div><div>Thank you in advance.</div><div><br></div><div>Semra.</div><div><br></div><div><br></div><div><span style="color:rgb(34,34,34);font-family:Helvetica;font-size:13px"><br></span></div><div><br></div><div>





<br></div>