
<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Dear Joseph,</div><div>Better to do it sequentially. There is the option to save the response curves (similar to the option in box plot, see ?response.plot). That way you can really play with the response curves</div><div><br></div><div>I have done it the BIOMOD data. Not easy to see anything nice. I would rather recommend the rug option instead of the histogram to show the density of points</div><div><br></div><div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 4px; text-indent: -4px; font: normal normal normal 11px/normal Monaco; color: rgb(15, 33, 149); ">library(<span style="color: #007128">BIOMOD</span>)</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 4px; text-indent: -4px; font: normal normal normal 11px/normal Monaco; min-height: 15px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 13px/normal Courier; color: rgb(0, 113, 40); "><span style="color: #0f2195">data(</span>Sp.Env<span style="color: #0f2195">)</span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 13px/normal Courier; min-height: 16px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 13px/normal Courier; color: rgb(169, 65, 203); ">#This command is necessary for the run of BIOMOD as a new dataframe is produced for the Models function</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 13px/normal Courier; color: rgb(0, 113, 40); "><span style="color: #0f2195">Initial.State(</span>Response<span style="color: #0f2195">=</span>Sp.Env<span style="color: #0f2195">[,</span><span style="color: #2b6fb8">12</span><span style="color: #0f2195">:</span><span style="color: #2b6fb8">13</span><span style="color: #0f2195">],</span><span style="color: #000000"> </span>Explanatory<span style="color: #0f2195">=</span>Sp.Env<span style="color: #0f2195">[,</span><span style="color: #2b6fb8">4</span><span style="color: #0f2195">:</span><span style="color: #2b6fb8">10</span><span style="color: #0f2195">],</span><span style="color: #000000"> </span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 13px/normal Courier; color: rgb(0, 113, 40); ">IndependentResponse<span style="color: #0f2195">=</span><span style="color: #db224a">NULL</span><span style="color: #0f2195">,</span><span style="color: #000000"> </span>IndependentExplanatory<span style="color: #0f2195">=</span><span style="color: #db224a">NULL</span><span style="color: #0f2195">)</span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 13px/normal Courier; min-height: 16px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 13px/normal Courier; color: rgb(169, 65, 203); ">#Let's run only a few models : GLM, FDA and RF. This will take a few moments to run.</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 13px/normal Courier; color: rgb(169, 65, 203); ">#Do note that the response.plot() function works for all the models available. Feel free to switch them on or off.</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 13px/normal Courier; color: rgb(0, 113, 40); "><span style="color: #0f2195">Models(</span>GLM<span style="color: #000000"> </span><span style="color: #0f2195">=</span><span style="color: #000000"> </span><span style="color: #db224a">TRUE</span><span style="color: #0f2195">,</span><span style="color: #000000"> </span>TypeGLM<span style="color: #000000"> </span><span style="color: #0f2195">=</span><span style="color: #000000"> </span><span style="color: #b6110d">"quad"</span><span style="color: #0f2195">,</span><span style="color: #000000"> </span>Test<span style="color: #000000"> </span><span style="color: #0f2195">=</span><span style="color: #000000"> </span><span style="color: #b6110d">"AIC"</span><span style="color: #0f2195">,</span><span style="color: #000000"> </span>FDA<span style="color: #000000"> </span><span style="color: #0f2195">=</span><span style="color: #000000"> </span><span style="color: #db224a">TRUE</span><span style="color: #0f2195">,</span><span style="color: #000000"> </span>CV.tree<span style="color: #000000"> </span><span style="color: #0f2195">=</span><span style="color: #000000"> </span><span style="color: #2b6fb8">50</span><span style="color: #0f2195">,</span><span style="color: #000000"> </span>RF<span style="color: #000000"> </span><span style="color: #0f2195">=</span><span style="color: #000000"> </span><span style="color: #db224a">TRUE</span><span style="color: #0f2195">,</span><span style="color: #000000"> </span>CV.ann<span style="color: #000000"> </span><span style="color: #0f2195">=</span><span style="color: #000000"> </span><span style="color: #2b6fb8">2</span><span style="color: #0f2195">,</span><span style="color: #000000"> </span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 13px/normal Courier; color: rgb(0, 113, 40); "><span style="color: #000000">   </span>NbRunEval<span style="color: #000000"> </span><span style="color: #0f2195">=</span><span style="color: #000000"> </span><span style="color: #2b6fb8">0</span><span style="color: #0f2195">,</span><span style="color: #000000"> </span>DataSplit<span style="color: #000000"> </span><span style="color: #0f2195">=</span><span style="color: #000000"> </span><span style="color: #2b6fb8">80</span><span style="color: #0f2195">,</span><span style="color: #000000"> </span>Roc<span style="color: #0f2195">=</span><span style="color: #db224a">TRUE</span><span style="color: #0f2195">,</span><span style="color: #000000"> </span>Optimized.Threshold.Roc<span style="color: #0f2195">=</span><span style="color: #db224a">TRUE</span><span style="color: #0f2195">,</span><span style="color: #000000"> </span>Kappa<span style="color: #0f2195">=</span><span style="color: #db224a">TRUE</span><span style="color: #0f2195">,</span><span style="color: #000000"> </span>TSS<span style="color: #0f2195">=</span><span style="color: #db224a">TRUE</span><span style="color: #0f2195">,</span><span style="color: #000000"> </span>VarImport<span style="color: #0f2195">=</span><span style="color: #2b6fb8">5</span><span style="color: #0f2195">,</span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 13px/normal Courier; color: rgb(0, 113, 40); "><span style="color: #000000">   </span>NbRepPA<span style="color: #0f2195">=</span><span style="color: #2b6fb8">0</span><span style="color: #0f2195">,</span><span style="color: #000000"> </span>strategy<span style="color: #0f2195">=</span><span style="color: #b6110d">"sre"</span><span style="color: #0f2195">,</span><span style="color: #000000"> </span>coor<span style="color: #0f2195">=</span><span style="color: #db224a">NULL</span><span style="color: #0f2195">,</span><span style="color: #000000"> </span>distance<span style="color: #0f2195">=</span><span style="color: #2b6fb8">0</span><span style="color: #0f2195">,</span><span style="color: #000000"> </span>nb.absences<span style="color: #0f2195">=</span><span style="color: #2b6fb8">1000</span><span style="color: #0f2195">)</span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 13px/normal Courier; min-height: 16px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 13px/normal Courier; color: rgb(169, 65, 203); ">#The response plots for the first species modelled </div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 13px/normal Courier; color: rgb(182, 17, 13); "><span style="color: #0f2195">load(</span>"models/Sp290_GLM_full"<span style="color: #0f2195">)</span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 13px/normal Courier; color: rgb(0, 113, 40); ">GLM.RC<span style="color: #000000"> </span><span style="color: #0f2195"><-</span><span style="color: #000000"> </span><span style="color: #0f2195">response.plot(</span>Sp290_GLM_full<span style="color: #0f2195">,</span><span style="color: #000000"> </span>Sp.Env<span style="color: #0f2195">[,</span><span style="color: #2b6fb8">4</span><span style="color: #0f2195">:</span><span style="color: #2b6fb8">10</span><span style="color: #0f2195">],</span><span style="color: #000000"> </span>plot<span style="color: #0f2195">=</span><span style="color: #db224a">F</span><span style="color: #0f2195">,</span><span style="color: #000000"> </span>save.file<span style="color: #0f2195">=</span><span style="color: #b6110d">"yes"</span><span style="color: #0f2195">)</span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 13px/normal Courier; min-height: 16px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 13px/normal Courier; color: rgb(15, 33, 149); ">par(<span style="color: #007128">mfrow</span>=c(<span style="color: #2b6fb8">3</span>,<span style="color: #2b6fb8">3</span>))</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 13px/normal Courier; color: rgb(15, 33, 149); "><span style="color: #db224a">for</span>(<span style="color: #007128">i</span><span style="color: #000000"> </span><span style="color: #db224a">in</span><span style="color: #000000"> </span><span style="color: #2b6fb8">1</span>:ncol(<span style="color: #007128">Sp.Env</span>[,<span style="color: #2b6fb8">4</span>:<span style="color: #2b6fb8">10</span>])){<span style="color: #000000"><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span></span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 13px/normal Courier; color: rgb(15, 33, 149); "><span style="color: #000000"><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">     </span></span>plot(<span style="color: #007128">GLM.RC</span>[,<span style="color: #2b6fb8">1</span>,<span style="color: #007128">i</span>],<span style="color: #000000"> </span><span style="color: #007128">GLM.RC</span>[,<span style="color: #2b6fb8">2</span>,<span style="color: #007128">i</span>],<span style="color: #000000">  </span><span style="color: #007128">type</span>=<span style="color: #b6110d">"l"</span>,<span style="color: #000000"> </span><span style="color: #007128">ylim</span>=c(<span style="color: #2b6fb8">0</span>,<span style="color: #2b6fb8">1</span>),<span style="color: #000000"> </span><span style="color: #007128">xlab</span>=colnames(<span style="color: #007128">GLM.RC</span>[,<span style="color: #2b6fb8">1</span>,])[<span style="color: #007128">i</span>],<span style="color: #000000"> </span><span style="color: #007128">ylab</span>=<span style="color: #b6110d">"Probability of occurrence"</span>)</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 13px/normal Courier; color: rgb(169, 65, 203); "><span style="color: #000000"><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">      </span></span>#hist(x=Sp.Env[,3+i],add=T,freq=F)</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 13px/normal Courier; color: rgb(15, 33, 149); "><span style="color: #000000"><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">   </span></span>rug(<span style="color: #007128">Sp.Env</span>[,<span style="color: #2b6fb8">3</span>+<span style="color: #007128">i</span>])</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 13px/normal Courier; "><span style="color: #0f2195">}</span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 13px/normal Courier; min-height: 16px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 13px/normal Courier; min-height: 16px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 13px/normal Courier; min-height: 16px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 13px/normal Courier; min-height: 16px; ">Hope it helps,</div></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 13px/normal Courier; min-height: 16px; ">Wilfried</div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 13px/normal Courier; min-height: 16px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 13px/normal Courier; min-height: 16px; "><br></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 13px/normal Courier; min-height: 16px; "><br></div><br><div><div>Le 18 mai 2012 � 12:38, Joseph Maina a �crit :</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div>Hi,<br><br>I am trying to add histograms to response curves which were generated<br>from a model using the 'response.plot' function. For each variable in<br>Expl.Var, histograms should be plotted with the corresponding response<br>curve. My script below adds a histogram only to the last response plot<br>in the graph. I would appreciate any help with suggestions on how to<br>add a histogram to the response plots, where x in the histogram is<br>based on Expl.Var or the x-axis of the response curve.<br><br>Thanks.<br>JOSEPH<br><br>response.plot(speciesA_GLM_full, Expl.Var, show.variables =<br>seq(1:ncol(Expl.Var)))<br>for(i in seq(1:ncol(Expl.Var){<br>      hist((x=Expl.Var[,i]),add=TRUE,freq=FALSE)}<br></div></blockquote></div><br><div apple-content-edited="true">

<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; "><div>--------------------------</div><div>Dr. Wilfried Thuiller</div><div>Laboratoire d'Ecologie Alpine, UMR CNRS 5553</div><div>Universit� Joseph Fourier</div><div>BP53, 38041 Grenoble cedex 9, France</div><div>tel: +33 (0)4 76 51 44 97</div><div>fax: +33 (0)4 76 51 42 79</div><div><br></div><div>Email: <a href="mailto:wilfried.thuiller@ujf-grenoble.fr">wilfried.thuiller@ujf-grenoble.fr</a><br>Personal website: <a href="http://www.will.chez-alice.fr/">http://www.will.chez-alice.fr</a><br>Team website: <a href="http://www-leca.ujf-grenoble.fr/equipes/emabio.htm">http://www-leca.ujf-grenoble.fr/equipes/emabio.htm</a><br><br>ERC Starting Grant TEEMBIO project: <a href="http://www.will.chez-alice.fr/Research.html">http://www.will.chez-alice.fr/Research.html</a><br>FP6 European EcoChange project: <a href="http://www.ecochange-project.eu/">http://www.ecochange-project.eu</a></div><div><br></div></span></div></div></span><br class="Apple-interchange-newline"></div></span><br class="Apple-interchange-newline"></div></span><br class="Apple-interchange-newline"></div><br class="Apple-interchange-newline"><br class="Apple-interchange-newline">

</div>

<br></body></html>