Dear Sarah and Wilfried,<div>I had the same error message before. I didn&#39;t know what is it about, but when I tried to run it in a more powered computer, it ran OK. Also happened when I tried to run with too many variables, before choosing the more independent ones. </div>
<div>Thank you</div><div><br></div><div>Diego Alarcon</div><div>Universidad de Concepcion, Chile.</div><div><a href="http://www.udec.cl/~ecobiosis">http://www.udec.cl/~ecobiosis</a></div><div><div><br><div class="gmail_quote">
On Fri, Feb 4, 2011 at 8:00 AM,  <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:biomod-commits-request@r-forge.wu-wien.ac.at">biomod-commits-request@r-forge.wu-wien.ac.at</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
Send Biomod-commits mailing list submissions to<br>
        <a href="mailto:biomod-commits@lists.r-forge.r-project.org">biomod-commits@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/biomod-commits" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/biomod-commits</a><br>
<br>
or, via email, send a message with subject or body &#39;help&#39; to<br>
        <a href="mailto:biomod-commits-request@lists.r-forge.r-project.org">biomod-commits-request@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        <a href="mailto:biomod-commits-owner@lists.r-forge.r-project.org">biomod-commits-owner@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than &quot;Re: Contents of Biomod-commits digest...&quot;<br>
<br>
<br>
Today&#39;s Topics:<br>
<br>
   1. Re: &quot;xzfile&quot; error with models function (Wilfried Thuiller)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Thu, 3 Feb 2011 20:07:30 +0100<br>
From: Wilfried Thuiller &lt;<a href="mailto:wilfried.thuiller@ujf-grenoble.fr">wilfried.thuiller@ujf-grenoble.fr</a>&gt;<br>
Subject: Re: [Biomod-commits] &quot;xzfile&quot; error with models function<br>
To: Sarah Skikne &lt;<a href="mailto:skikne@gmail.com">skikne@gmail.com</a>&gt;<br>
Cc: <a href="mailto:biomod-commits@r-forge.wu-wien.ac.at">biomod-commits@r-forge.wu-wien.ac.at</a><br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:77CFA348-C41E-4384-90B2-0CBF400DA5A8@ujf-grenoble.fr">77CFA348-C41E-4384-90B2-0CBF400DA5A8@ujf-grenoble.fr</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br>
<br>
Dear Sarah,<br>
Sorry it took me so long to answer. I have no clue about the problem but I expect it has something to do with the selection of pseudo-absence.<br>
Please have a try with using &quot;random&quot; instead and let me know.<br>
<br>
In the meantime, you seem to have a very very large number of variables. Given the names, I expect that many of them are strongly correlated. Running most of these models on correlated data is not a very good practice.<br>

<br>
Cheers,<br>
Wilfried<br>
<br>
<br>
Le 22 janv. 2011 ? 03:34, Sarah Skikne a ?crit :<br>
<br>
&gt; Dear BIOMODers,<br>
&gt;<br>
&gt; I am having some trouble with the models() function in BIOMOD and was hoping to get some help.<br>
&gt;<br>
&gt; Here is the relevant info:<br>
&gt; - R version 2.12.1<br>
&gt; - I re-downloaded the BIOMOD package a few days ago so it should be up to date.<br>
&gt; - code:<br>
&gt;<br>
&gt; TrialDF&lt;-data.frame(XCoord=x, YCoord=y, RAIN1=RAIN1scan, RAIN2=RAIN2scan, RAIN3=RAIN3scan, RAIN4=RAIN4scan, RAIN5=RAIN5scan, RAIN6=RAIN6scan, RAIN7=RAIN7scan, RAIN8=RAIN8scan, RAIN9=RAIN9scan, RAIN10=RAIN10scan, RAIN11=RAIN11scan, RAIN12=RAIN12scan, TMAX1=TMAX1scan, TMAX2=TMAX2scan, TMAX3=TMAX3scan, TMAX4=TMAX4scan, TMAX5=TMAX5scan, TMAX6=TMAX6scan, TMAX7=TMAX7scan, TMAX8=TMAX8scan, TMAX9=TMAX9scan, TMAX10=TMAX10scan, TMAX11=TMAX11scan, TMAX12=TMAX12scan, TMEAN1=TMEAN1scan, TMEAN2=TMEAN2scan, TMEAN3=TMEAN3scan, TMEAN4=TMEAN4scan, TMEAN5=TMEAN5scan, TMEAN6=TMEAN6scan, TMEAN7=TMEAN7scan, TMEAN8=TMEAN8scan, TMEAN9=TMEAN9scan, TMEAN10=TMEAN10scan, TMEAN11=TMEAN11scan, TMEAN12=TMEAN12scan, TMIN1=TMIN1scan, TMIN2=TMIN2scan, TMIN3=TMIN3scan, TMIN4=TMIN4scan, TMIN5=TMIN5scan, TMIN6=TMIN6scan, TMIN7=TMIN7scan, TMIN8=TMIN8scan, TMIN9=TMIN9scan, TMIN10=TMIN10scan, TMIN11=TMIN11scan, TMIN12=TMIN12scan,  LOCALITY=localityscan)<br>

&gt;<br>
&gt; Initial.State(Response=TrialDF[,51], Explanatory=TrialDF[,3:50], IndependentResponse=NULL, IndependentExplanatory=NULL, <a href="http://sp.name" target="_blank">sp.name</a>=&#39;spp1&#39;)<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Models(GLM=T, TypeGLM=&quot;poly&quot;, Test=&quot;AIC&quot;, GBM=T, No.trees=2000, GAM=T, CTA=T, CV.tree=50, ANN=T, CV.ann=3, SRE=T, MARS=T, RF=T, NbRunEval=3, DataSplit=80, NbRepPA=2, strategy=&quot;circles&quot;, coor=TrialDF[,1:2], distance=.5, nb.absences=220, Yweights=NULL, VarImport=T, Roc=T, Optimized.Threshold.Roc=T, Kappa=T, TSS=T, KeepPredIndependent=T)<br>

&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; From this, I get the following:<br>
&gt;<br>
&gt; Modelling summary<br>
&gt;<br>
&gt; -----------------------------------<br>
&gt;<br>
&gt; Number of species modelled :            1<br>
&gt;<br>
&gt; redwood<br>
&gt;<br>
&gt; numerical variables :                   RAIN1, RAIN2, RAIN3, RAIN4, RAIN5, RAIN6, RAIN7, RAIN8, RAIN9, RAIN10, RAIN11, RAIN12, TMAX1, TMAX2, TMAX3, TMAX4, TMAX5, TMAX6, TMAX7, TMAX8, TMAX9, TMAX10, TMAX11, TMAX12, TMEAN1, TMEAN2, TMEAN3, TMEAN4, TMEAN5, TMEAN6, TMEAN7, TMEAN8, TMEAN9, TMEAN10, TMEAN11, TMEAN12, TMIN1, TMIN2, TMIN3, TMIN4, TMIN5, TMIN6, TMIN7, TMIN8, TMIN9, TMIN10, TMIN11, TMIN12<br>

&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; number of evaluation repetitions :      3<br>
&gt;<br>
&gt; number of pseudo-absences runs :        2<br>
&gt;<br>
&gt; models selected :                       ANN, CTA, GAM, GBM, GLM, MARS, RF, SRE<br>
&gt;<br>
&gt; total number of model runs :            64<br>
&gt;<br>
&gt; -----------------------------------<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; #####                    redwood                        #####<br>
&gt;<br>
&gt; #####              pseudo-absence run 1                 #####<br>
&gt;<br>
&gt; Model=Artificial Neural Network<br>
&gt;<br>
&gt;          3 Fold Cross Validation + 3 Repetitions<br>
&gt;<br>
&gt; Calibration and evaluation phase: Nb of cross-validations:  3<br>
&gt;<br>
&gt; Error in xzfile(file, &quot;wb&quot;, compression = 9) : cannot open the connection<br>
&gt;<br>
&gt; In addition: There were 15 warnings (use warnings() to see them)<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; This code used to work for me so not sure what has changed.  When I try it using the sample data given in the manual, I get the error about 50% of the time.  When I use my data, I get the error every time.<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Any help on the &quot;xzfile&quot; error and how to avoid it would be great.<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Thanks!<br>
&gt;<br>
&gt; Sarah<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Center for Applied Biodiversity Informatics<br>
&gt;<br>
&gt; California Academy of Sciences<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; _______________________________________________<br>
&gt; Biomod-commits mailing list<br>
&gt; <a href="mailto:Biomod-commits@lists.r-forge.r-project.org">Biomod-commits@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
&gt; <a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/biomod-commits" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/biomod-commits</a><br>
<br>
--------------------------<br>
Dr. Wilfried Thuiller<br>
Laboratoire d&#39;Ecologie Alpine, UMR CNRS 5553<br>
Universit? Joseph Fourier<br>
BP53, 38041 Grenoble cedex 9, France<br>
tel: +33 (0)4 76 51 44 97<br>
fax: +33 (0)4 76 51 42 79<br>
<br>
Email: <a href="mailto:wilfried.thuiller@ujf-grenoble.fr">wilfried.thuiller@ujf-grenoble.fr</a><br>
Home page: <a href="http://www.will.chez-alice.fr" target="_blank">http://www.will.chez-alice.fr</a><br>
Website: <a href="http://www-leca.ujf-grenoble.fr/equipes/tde.htm" target="_blank">http://www-leca.ujf-grenoble.fr/equipes/tde.htm</a><br>
<br>
FP6 European MACIS project: <a href="http://www.macis-project.net" target="_blank">http://www.macis-project.net</a><br>
FP6 European EcoChange project: <a href="http://www.ecochange-project.eu" target="_blank">http://www.ecochange-project.eu</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: &lt;<a href="http://lists.r-forge.r-project.org/pipermail/biomod-commits/attachments/20110203/e887c977/attachment.html" target="_blank">http://lists.r-forge.r-project.org/pipermail/biomod-commits/attachments/20110203/e887c977/attachment.html</a>&gt;<br>

<br>
------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Biomod-commits mailing list<br>
<a href="mailto:Biomod-commits@lists.r-forge.r-project.org">Biomod-commits@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
<a href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/biomod-commits" target="_blank">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/biomod-commits</a><br>
<br>
<br>
End of Biomod-commits Digest, Vol 22, Issue 2<br>
*********************************************<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Chilebosque - Conociendo y disfrutando de la Flora Nativa Chilena<br><a href="http://www.chilebosque.cl">http://www.chilebosque.cl</a><br><br>
</div></div>