
<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Dear Nagore,</div><div>Rob Hijmans recently updated the raster package in a way that several functions (Projections.raster, EnsembleForecasting.raster) in BIOMOD did not work anymore.</div><div>I have fixed everything during the weekend and it should work now.</div><div><br></div><div>I think the package has been compiled on R-Forge so make sure you update the package and get version 1.1-6.1.</div><div><br></div><div>Wilfried</div><div><br></div><div><br></div><br><div><div>Le 7 déc. 2010 à 12:39, Nagore García a écrit :</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">Hi all,<br>This is my first run in BIOMOD, and I'm afraid I'm having troubles with Projection.raster. Here I attach de script I used, function Models() runs nicely, but then I have an error message when trying to run Projection.raster. Anybody has an idea why I get this error message?<br>

<br>ovit&nbsp; <br>Error en as.numeric(g) : <br>&nbsp; cannot coerce type 'S4' to vector of type 'double'<br><br><br>sdmdata&lt;-read.csv("sdmdata.csv")<br>head(sdmdata)<br>&nbsp; idw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; x&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; y ibe_biof1 ibe_biof10 ibe_biof11 ibe_biof12 ibe_biof13<br>

1&nbsp;&nbsp; 1 -2.238898 37.92525&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 114&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 203&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 39&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 561&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 72<br>2&nbsp;&nbsp; 2 -1.704232 37.92057&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 113&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 199&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 568&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 73<br>3&nbsp;&nbsp; 3 -2.064232 38.23942&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 114&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 201&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 39&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 551&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 71<br>

4&nbsp;&nbsp; 4 -3.764231 40.95501&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 100&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 185&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 532&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 62<br>5&nbsp;&nbsp; 5 -2.638544 42.54070&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 123&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 195&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 55&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 611&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 64<br>6&nbsp;&nbsp; 6 -3.764483 40.95520&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 100&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 185&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 532&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 62<br>

&nbsp; ibe_biof14 ibe_biof15 ibe_biof16 ibe_biof17 ibe_biof18 ibe_biof19 ibe_biof2<br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 34&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 190&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 71&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 72&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 152&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 118<br>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 31&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 188&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 80&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 81&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 143&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 116<br>

3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 186&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 75&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 75&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 119<br>4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 162&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 78&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 86&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 138&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 104<br>5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 178&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 122&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 122&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 160&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 97<br>

6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 162&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 78&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 86&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 138&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 104<br>&nbsp; ibe_biof3 ibe_biof4 ibe_biof5 ibe_biof6 ibe_biof7 ibe_biof8 ibe_biof9<br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 38&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6472&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 296&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 309&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 91&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 202<br>

2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 38&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6255&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 286&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 299&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 89&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 197<br>3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 38&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6425&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 294&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 309&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 92&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 201<br>4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 36&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6286&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 266&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 283&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 60&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 184<br>

5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 38&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5484&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 265&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 250&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 90&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 195<br>6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 36&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6286&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 266&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 283&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 60&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 184<br>&nbsp; ibe_elevf pv<br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1317&nbsp; 1<br>2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1408&nbsp; 1<br>3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1370&nbsp; 1<br>

4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1244&nbsp; 1<br>5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 503&nbsp; 1<br>6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1244&nbsp; 1<br><br>Initial.State(Response = sdmdata[,24], Explanatory = sdmdata[,c(23,4,14,17)],IndependentResponse = NULL,<a href="http://sp.name/">sp.name</a>="ovit")<br><br>

Models(GLM = F, TypeGLM = "poly", Test = "AIC", GBM = F, No.trees = 2000, GAM = T, Spline = 3, CTA = F, CV.tree = 50, ANN = F, CV.ann = 2, SRE = F, quant=0.025, FDA = F,MARS = F, RF = F, NbRunEval = 4, DataSplit = 80, Yweights=NULL, Roc = T, Optimized.Threshold.Roc = T, Kappa = T, TSS=T, KeepPredIndependent = F, VarImport=F, NbRepPA=0)<br>

Biomod.Manual()<br><br>CurrentPred(GLM=T, GBM=T, GAM=T, CTA=T, ANN=T, SRE=T, MARS=F, RF=T,BinRoc=T, BinKappa=T, BinTSS=T, FiltKappa=T)<br><br>files &lt;- list.files("<a href="smb://encuadre">\\encuadre</a> iberico",pattern='asc', full.names=TRUE )<br>

pred.1 &lt;- stack(files[c(1,14,11,20)])<br><br>Projection.raster(RasterProj = pred.1, Proj.name='Pred.ovit1', GLM = T, GBM = T, GAM = T,CTA = T, ANN = T, SRE = T, MARS = T, RF = T,BinRoc = T, BinKappa = T, BinTSS = T, FiltRoc = T, FiltKappa = T, FiltTSS = T,repetition.model=T)<br clear="all">

<br>-- <br>Nagore García Medina. <a href="mailto:ngmedina@gmail.com">ngmedina@gmail.com</a><br>

_______________________________________________<br>Biomod-commits mailing list<br><a href="mailto:Biomod-commits@lists.r-forge.r-project.org">Biomod-commits@lists.r-forge.r-project.org</a><br>https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/biomod-commits<br></blockquote></div><br><div>

<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; "><div>--------------------------</div><div>Dr. Wilfried Thuiller</div><div>Laboratoire d'Ecologie Alpine, UMR CNRS 5553</div><div>Université Joseph Fourier</div><div>BP53, 38041 Grenoble cedex 9, France</div><div>tel: +33 (0)4 76 51 44 97</div><div>fax: +33 (0)4 76 51 42 79</div><div><br></div><div>Email:&nbsp;<a href="mailto:wilfried.thuiller@ujf-grenoble.fr">wilfried.thuiller@ujf-grenoble.fr</a><br>Home page:&nbsp;<a href="http://www.will.chez-alice.fr/">http://www.will.chez-alice.fr</a><br>Website:&nbsp;<a href="http://www-leca.ujf-grenoble.fr/equipes/tde.htm">http://www-leca.ujf-grenoble.fr/equipes/tde.htm</a><br><br>FP6 European MACIS project:&nbsp;<a href="http://www.macis-project.net/">http://www.macis-project.net</a><br>FP6 European EcoChange project:&nbsp;<a href="http://www.ecochange-project.eu/">http://www.ecochange-project.eu</a></div><div><br></div></span></div></div></span><br class="Apple-interchange-newline"></div></span><br class="Apple-interchange-newline"></span><br class="Apple-interchange-newline">

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<br></body></html>