<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Hi Ashley,</div><div><br></div><div>Yes you need to update R and then BIOMOD.&nbsp;</div><div>I think we have addressed this problem which was in the Kappa/TSS calculation.&nbsp;</div><div>Please update and then let me know if the bug is still there.&nbsp;</div><div><br></div><div>Best</div><div>Wilfried</div><div><br></div><div><br></div><br><div><div>Le 14 sept. 2010 à 14:55, Ashley Brooks a écrit :</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">Hi,<br><br>I am using BioMod version 1.1-3 and R version 2.9.2.&nbsp; I suppose I should update these versions?<br>The following is what I typed into R to run the models and the error message I recieved.&nbsp; Also I have listed the summary of my data.&nbsp; Occurance is just the name of the column with my 0/1 info on species data. <br>
<br><br>&gt; Models(GLM = T, TypeGLM = "quad", Test = "AIC", GBM = T, No.trees = 2000, GAM = T, Spline = 3, CTA = T, CV.tree = 50, ANN = T, CV.ann = 3, SRE = T, Perc025=F, Perc05 = T, MDA = T, MARS = T, RF = T, NbRunEval = 3, DataSplit = 70, Yweights = NULL, Roc = T, Optimized.Threshold.Roc = T, Kappa = T, TSS = T, KeepPredIndependent = T, VarImport = 5, NbRepPA = 2, strategy = "circles", coor = Coors, distance = 2, nb.absences = 1000)<br>
<br><br>----------------------------------- <br>Modelling summary <br>----------------------------------- <br>Number of species modelled :&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>Occurance<br><br>numerical variables :&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; curbio1cli, curbio2cli, curbio7cli, curbio12cl, curbio15cl, curbio17cl<br>
<br><br>number of evaluation repetitions :&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br>number of pseudo-absences runs :&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>models selected :&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ANN, CTA, GAM, GBM, GLM, MARS, MDA, RF, SRE<br>total number of model runs :&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 72<br>
----------------------------------- <br><br><br>#####&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Occurance&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; #####<br>#####&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; pseudo-absence run 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; #####<br>Model=Artificial Neural Network <br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 Fold Cross Validation + 3 Repetitions <br>
Calibration and evaluation phase: Nb of cross-validations:&nbsp; 3 <br>Evaluating Predictor Contributions in&nbsp; ANN ... <br>Error in if (a != "NA") if (a &gt; 0) { : <br>&nbsp; missing value where TRUE/FALSE needed<br>In addition: Warning message:<br>
In n1. * n.1 : NAs produced by integer overflow<br><br><br>summary(My.Data)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; X&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Y&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; curbio1cli&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; curbio2cli&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; curbio7cli&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; curbio12cl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; curbio15cl&nbsp;&nbsp; <br>&nbsp;Min.&nbsp;&nbsp; :-106.65&nbsp;&nbsp; Min.&nbsp;&nbsp; : 0.00&nbsp;&nbsp; Min.&nbsp;&nbsp; : -4.0&nbsp;&nbsp; Min.&nbsp;&nbsp; : 69.0&nbsp;&nbsp; Min.&nbsp;&nbsp; :155.0&nbsp;&nbsp; Min.&nbsp;&nbsp; : 170&nbsp;&nbsp; Min.&nbsp;&nbsp; : 6.00&nbsp; <br>
&nbsp;1st Qu.: -93.98&nbsp;&nbsp; 1st Qu.:33.35&nbsp;&nbsp; 1st Qu.: 89.0&nbsp;&nbsp; 1st Qu.:119.0&nbsp;&nbsp; 1st Qu.:337.0&nbsp;&nbsp; 1st Qu.: 798&nbsp;&nbsp; 1st Qu.:17.00&nbsp; <br>&nbsp;Median : -87.65&nbsp;&nbsp; Median :37.44&nbsp;&nbsp; Median :130.0&nbsp;&nbsp; Median :126.0&nbsp;&nbsp; Median :368.0&nbsp;&nbsp; Median :1015&nbsp;&nbsp; Median :23.00&nbsp; <br>
&nbsp;Mean&nbsp;&nbsp; : -78.52&nbsp;&nbsp; Mean&nbsp;&nbsp; :34.31&nbsp;&nbsp; Mean&nbsp;&nbsp; :127.9&nbsp;&nbsp; Mean&nbsp;&nbsp; :127.4&nbsp;&nbsp; Mean&nbsp;&nbsp; :370.6&nbsp;&nbsp; Mean&nbsp;&nbsp; :1001&nbsp;&nbsp; Mean&nbsp;&nbsp; :29.97&nbsp; <br>&nbsp;3rd Qu.: -78.94&nbsp;&nbsp; 3rd Qu.:41.65&nbsp;&nbsp; 3rd Qu.:169.0&nbsp;&nbsp; 3rd Qu.:134.0&nbsp;&nbsp; 3rd Qu.:403.0&nbsp;&nbsp; 3rd Qu.:1214&nbsp;&nbsp; 3rd Qu.:44.00&nbsp; <br>
&nbsp;Max.&nbsp;&nbsp; :&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp; Max.&nbsp;&nbsp; :49.35&nbsp;&nbsp; Max.&nbsp;&nbsp; :247.0&nbsp;&nbsp; Max.&nbsp;&nbsp; :186.0&nbsp;&nbsp; Max.&nbsp;&nbsp; :505.0&nbsp;&nbsp; Max.&nbsp;&nbsp; :2043&nbsp;&nbsp; Max.&nbsp;&nbsp; :91.00&nbsp; <br>&nbsp;&nbsp; curbio17cl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Occurance&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&nbsp;Min.&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 6.0&nbsp;&nbsp; Min.&nbsp;&nbsp; :0.000000&nbsp; <br>&nbsp;1st Qu.: 88.0&nbsp;&nbsp; 1st Qu.:0.000000&nbsp; <br>
&nbsp;Median :184.0&nbsp;&nbsp; Median :0.000000&nbsp; <br>&nbsp;Mean&nbsp;&nbsp; :171.2&nbsp;&nbsp; Mean&nbsp;&nbsp; :0.005968&nbsp; <br>&nbsp;3rd Qu.:246.0&nbsp;&nbsp; 3rd Qu.:0.000000&nbsp; <br>&nbsp;Max.&nbsp;&nbsp; :480.0&nbsp;&nbsp; Max.&nbsp;&nbsp; :1.000000&nbsp; <br><br>Again, I am not sure where to start with troubleshooting.&nbsp; Any help would be most appreciated!<br>
<br>Ashley<br>
_______________________________________________<br>Biomod-commits mailing list<br><a href="mailto:Biomod-commits@lists.r-forge.r-project.org">Biomod-commits@lists.r-forge.r-project.org</a><br>https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/biomod-commits<br></blockquote></div><br><div>
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; "><div>--------------------------</div><div>Dr. Wilfried Thuiller</div><div>Laboratoire d'Ecologie Alpine, UMR CNRS 5553</div><div>Université Joseph Fourier</div><div>BP53, 38041 Grenoble cedex 9, France</div><div>tel: +33 (0)4 76 51 44 97</div><div>fax: +33 (0)4 76 51 42 79</div><div><br></div><div>Email:&nbsp;<a href="mailto:wilfried.thuiller@ujf-grenoble.fr">wilfried.thuiller@ujf-grenoble.fr</a><br>Home page:&nbsp;<a href="http://www.will.chez-alice.fr/">http://www.will.chez-alice.fr</a><br>Website:&nbsp;<a href="http://www-leca.ujf-grenoble.fr/equipes/tde.htm">http://www-leca.ujf-grenoble.fr/equipes/tde.htm</a><br><br>FP6 European MACIS project:&nbsp;<a href="http://www.macis-project.net/">http://www.macis-project.net</a><br>FP6 European EcoChange project:&nbsp;<a href="http://www.ecochange-project.eu/">http://www.ecochange-project.eu</a></div><div><br></div></span></div></div></span><br class="Apple-interchange-newline"></div></span><br class="Apple-interchange-newline"></span><br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br></body></html>