<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    Thank you very much Wilfried.<br>
    <br>
    Yes, I mean ASCII grids.<br>
    <br>
    For example, I have 2 files: "tmn6190_ann.asc" and "cld6190_ann.asc"
    (layers from MAXENT) but I want to bring them to BIOMOD.<br>
    <br>
    I found a function in the adehabitatMA package called "join" that I
    think does what I am looking for but it works only for an object of
    class "SpatialPixelsDataFrame" (package sp):<br>
    <br>
    df &lt;- join(locs, map) # "locs" are animal locations and "map" are
    environmental variables. <br>
    <br>
    The result is a data frame containing the value of the variables at
    the speci fied locations.<br>
    <br>
    Do you think the join function will do the same that you suggested
    me.<br>
    <br>
    Best,<br>
    <br>
    Manuel<br>
    <br>
    <br>
    On 05/09/2010 02:34 p.m., Wilfried Thuiller wrote:
    <blockquote
      cite="mid:573A46CD-4FB1-47BC-AC38-1A4F0555F2B8@ujf-grenoble.fr"
      type="cite">Hi Manuel,
      <div>What do you mean by ASCII files? Do you mean ASGII grids?
        (exprt asc from raster/grid). I guess your variables were on
        Arcgis or something like that and you exported them on ASCII
        files?&nbsp;</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>If this right, this is rather easy.</div>
      <div>Make sure your species data (which I guess is a matrix with X
        and Y coordinates and then columns with presence-absence) and
        ASCII files use the same spatial projection.&nbsp;</div>
      <div>Then, load the rgdal and raster package</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>then read the ASCII file (one by one) using the raster
        function of the raster package, then build a stack of raster,
        and then project the values of the variables onto the XY values
        of your sites.</div>
      <div>I give you below an example (with arcgis grid layers not
        ASCII but it works the same way).</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Hope it helps</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Wilfried</div>
      <div><br>
      </div>
      <div><br>
      </div>
      <div>##### Load my XY data (European data with XY coordinates in
        column 2 and 3, and then species.&nbsp;</div>
      <div>
        <div style="margin: 0px; font: 11px Monaco; color: rgb(0, 113,
          40);">library<span style="color: rgb(4, 34, 153);">(</span>foreign<span
            style="color: rgb(4, 34, 153);">)</span></div>
        <div style="margin: 0px; font: 11px Monaco; color: rgb(0, 113,
          40);">AFE_PA_XY<span style="color: rgb(4, 34, 153);"> &lt;- </span>read.dbf<span
            style="color: rgb(4, 34, 153);">(</span><span style="color:
            rgb(176, 20, 12);">'AFE_PA_XY.dbf'</span><span style="color:
            rgb(4, 34, 153);">)</span></div>
        <div style="margin: 0px; font: 11px Monaco; color: rgb(4, 34,
          153); min-height: 15px;"><br>
        </div>
        <div style="margin: 0px; font: 11px Monaco; color: rgb(4, 34,
          153); min-height: 15px;">### Create a vector with the names of
          the variables I want to load (here the worldclim data for
          instance)</div>
        <div style="margin: 0px; font: 11px Monaco; color: rgb(0, 113,
          40);">bio<span style="color: rgb(4, 34, 153);"> &lt;- </span>paste<span
            style="color: rgb(4, 34, 153);">(</span>rep<span
            style="color: rgb(4, 34, 153);">(</span><span style="color:
            rgb(176, 20, 12);">'bio'</span><span style="color: rgb(4,
            34, 153);">, </span>times<span style="color: rgb(4, 34,
            153);">=</span><span style="color: rgb(43, 111, 184);">19</span><span
            style="color: rgb(4, 34, 153);">), </span>seq<span
            style="color: rgb(4, 34, 153);">(</span><span style="color:
            rgb(43, 111, 184);">1</span><span style="color: rgb(4, 34,
            153);">:</span><span style="color: rgb(43, 111, 184);">19</span><span
            style="color: rgb(4, 34, 153);">), </span>sep<span
            style="color: rgb(4, 34, 153);">=</span><span style="color:
            rgb(176, 20, 12);">"_"</span><span style="color: rgb(4, 34,
            153);">)</span></div>
        <div style="margin: 0px; font: 11px Monaco; color: rgb(4, 34,
          153); min-height: 15px;"><br>
        </div>
        <div style="margin: 0px; font: 11px Monaco; color: rgb(0, 113,
          40);">library<span style="color: rgb(4, 34, 153);">(</span>raster<span
            style="color: rgb(4, 34, 153);">)</span></div>
        <div style="margin: 0px; font: 11px Monaco; color: rgb(0, 113,
          40);"><span style="color: rgb(4, 34, 153);">### Create a loop
            to load sequentially the raster (the first line in the loop)
            and then project the value of the loaded raster onto the XY
            coordinates of the original file and store directly in the
            dataframe with the name of the loaded raster</span></div>
        <div style="margin: 0px; font: 11px Monaco; color: rgb(0, 113,
          40);"><span style="color: rgb(4, 34, 153);">You can even add a
            third line to rm the raster/ASCII layer if it is a large
            dataset, something like: e</span><span
            class="Apple-style-span" style="color: rgb(4, 34, 153);">val(parse(text=paste("rm(</span><span
            class="Apple-style-span" style="color: rgb(4, 34, 153);
            font-family: Monaco; font-size: 11px;"><span
              class="Apple-style-span" style="color: rgb(0, 113, 40);">",i,
              ")"</span></span><span class="Apple-style-span"
            style="color: rgb(4, 34, 153); font-family: Monaco;
            font-size: 11px;"><span class="Apple-style-span"
              style="color: rgb(0, 113, 40); font-family: Monaco;
              font-size: 11px;"><span style="color: rgb(4, 34, 153);">,
                sep="")))</span></span></span></div>
        <div style="margin: 0px; font: 11px Monaco; color: rgb(0, 113,
          40);"><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(4, 34,
            153); font-family: Monaco; font-size: 11px;"><span
              class="Apple-style-span" style="color: rgb(0, 113, 40);
              font-family: Monaco; font-size: 11px;"><span style="color:
                rgb(4, 34, 153);"></span></span></span><span
            class="Apple-style-span" style="color: rgb(4, 34, 153);
            font-family: Monaco; font-size: 11px;"><span
              class="Apple-style-span" style="color: rgb(0, 113, 40);">&nbsp;</span></span></div>
        <div style="margin: 0px; font: 11px Monaco; color: rgb(4, 34,
          153);"><span style="color: rgb(219, 34, 74);">for</span>(<span
            style="color: rgb(0, 113, 40);">i</span> <span
            style="color: rgb(219, 34, 74);">in</span> <span
            style="color: rgb(0, 113, 40);">bio</span>)&nbsp;</div>
        <div style="margin: 0px; font: 11px Monaco; color: rgb(176, 20,
          12);"><span style="color: rgb(4, 34, 153);"><span
              class="Apple-tab-span" style="white-space: pre;"> </span></span><span
            style="color: rgb(0, 113, 40);">eval</span><span
            style="color: rgb(4, 34, 153);">(</span><span style="color:
            rgb(0, 113, 40);">parse</span><span style="color: rgb(4, 34,
            153);">(</span><span style="color: rgb(0, 113, 40);">text</span><span
            style="color: rgb(4, 34, 153);">=</span><span style="color:
            rgb(0, 113, 40);">paste</span><span style="color: rgb(4, 34,
            153);">(</span><span style="color: rgb(0, 113, 40);">i</span><span
            style="color: rgb(4, 34, 153);">, </span>"&lt;-
          raster('/Volumes/GIS_Data/Global/Climate/Current/Wordclim/10m/bio/"<span
            style="color: rgb(4, 34, 153);">, </span><span
            style="color: rgb(0, 113, 40);">i</span><span style="color:
            rgb(4, 34, 153);">,</span>"')"<span style="color: rgb(4, 34,
            153);">, </span><span style="color: rgb(0, 113, 40);">sep</span><span
            style="color: rgb(4, 34, 153);">=</span>""<span
            style="color: rgb(4, 34, 153);">)))</span></div>
        <div style="margin: 0px; font: 11px Monaco; color: rgb(4, 34,
          153); min-height: 15px;"><span class="Apple-tab-span"
            style="white-space: pre;"> </span>eval(parse(text=paste("<span
            class="Apple-style-span" style="color: rgb(0, 113, 40);">AFE_PA_XY$",i,
            "</span><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(0,
            113, 40);">xyValues</span><span class="Apple-style-span"
            style="color: rgb(0, 113, 40); font-family: Monaco;
            font-size: 11px;"><span style="color: rgb(4, 34, 153);">(</span></span><span
            class="Apple-style-span" style="color: rgb(0, 113, 40);
            font-family: Monaco; font-size: 11px;">worldclim</span><span
            class="Apple-style-span" style="color: rgb(0, 113, 40);
            font-family: Monaco; font-size: 11px;"><span style="color:
              rgb(4, 34, 153);">,&nbsp;</span></span><span
            class="Apple-style-span" style="color: rgb(0, 113, 40);
            font-family: Monaco; font-size: 11px;">AFE_PA_XY</span><span
            class="Apple-style-span" style="color: rgb(0, 113, 40);
            font-family: Monaco; font-size: 11px;"><span style="color:
              rgb(4, 34, 153);">[,</span></span><span
            class="Apple-style-span" style="color: rgb(0, 113, 40);
            font-family: Monaco; font-size: 11px;"><span style="color:
              rgb(43, 111, 184);">2</span></span><span
            class="Apple-style-span" style="color: rgb(0, 113, 40);
            font-family: Monaco; font-size: 11px;"><span style="color:
              rgb(4, 34, 153);">:</span></span><span
            class="Apple-style-span" style="color: rgb(0, 113, 40);
            font-family: Monaco; font-size: 11px;"><span style="color:
              rgb(43, 111, 184);">3</span></span><span
            class="Apple-style-span" style="color: rgb(0, 113, 40);
            font-family: Monaco; font-size: 11px;"><span style="color:
              rgb(4, 34, 153);">],</span></span><span
            class="Apple-style-span" style="color: rgb(0, 113, 40);
            font-family: Monaco; font-size: 11px;">method</span><span
            class="Apple-style-span" style="color: rgb(0, 113, 40);
            font-family: Monaco; font-size: 11px;"><span style="color:
              rgb(4, 34, 153);">=</span></span><span
            class="Apple-style-span" style="color: rgb(0, 113, 40);
            font-family: Monaco; font-size: 11px;"><span style="color:
              rgb(176, 20, 12);">'bilinear'</span></span><span
            class="Apple-style-span" style="color: rgb(0, 113, 40);
            font-family: Monaco; font-size: 11px;"><span style="color:
              rgb(4, 34, 153);">)", sep="")))</span></span><span
            class="Apple-style-span" style="color: rgb(0, 113, 40);">&nbsp;&nbsp;</span></div>
        <div style="margin: 0px; font: 11px Monaco; color: rgb(0, 113,
          40);"><font class="Apple-style-span" color="#042299"
            face="Helvetica"><span class="Apple-style-span"
              style="font-size: medium;"><font class="Apple-style-span"
                size="3" color="#007128" face="Monaco"><span
                  class="Apple-style-span" style="font-size: 11px;"><br>
                </span></font></span></font></div>
      </div>
      <div style="margin: 0px; font: 11px Monaco; color: rgb(0, 113,
        40);"><font class="Apple-style-span" color="#042299"
          face="Helvetica"><span class="Apple-style-span"
            style="font-size: medium;"><font class="Apple-style-span"
              size="3" color="#007128" face="Monaco"><span
                class="Apple-style-span" style="font-size: 11px;"><br>
              </span></font></span></font></div>
      <div style="margin: 0px; font: 11px Monaco; color: rgb(0, 113,
        40);"><font class="Apple-style-span" color="#042299"
          face="Helvetica"><span class="Apple-style-span"
            style="font-size: medium;"><font class="Apple-style-span"
              size="3" color="#007128" face="Monaco"><span
                class="Apple-style-span" style="font-size: 11px;"><br>
              </span></font></span></font></div>
      <div><br>
        <div>
          <div>Le 5 sept. 2010 &agrave; 17:12, Manuel Sp&iacute;nola a &eacute;crit :</div>
          <br class="Apple-interchange-newline">
          <blockquote type="cite">
            <div> Dear list members,<br>
              <br>
              I know this is a basic question and not completed related
              to BIOMOD.<br>
              I want to run an analysis using BIOMOD but I would like to
              know the best way to bring bioclimatic and land use
              variables from ASCII files to the format that the
              environmental variables are presented in the BIOMOD
              manual.<br>
              Thank you very much in advance.<br>
              Best,<br>
              <br>
              Manuel<br>
              <br>
              -- <br>
              Manuel Sp&iacute;nola, Ph.D.<br>
              Instituto Internacional en Conservaci&oacute;n y Manejo de Vida
              Silvestre<br>
              Universidad Nacional<br>
              Apartado 1350-3000<br>
              Heredia<br>
              COSTA RICA<br>
              <a moz-do-not-send="true" href="mailto:mspinola@una.ac.cr">mspinola@una.ac.cr</a><br>
              <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:mspinola10@gmail.com">mspinola10@gmail.com</a><br>
              Tel&eacute;fono: (506) 2277-3598<br>
              Fax: (506) 2237-7036<br>
              <br>
              _______________________________________________<br>
              Biomod-commits mailing list<br>
              <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Biomod-commits@lists.r-forge.r-project.org">Biomod-commits@lists.r-forge.r-project.org</a><br>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/biomod-commits">https://lists.r-forge.r-project.org/cgi-bin/mailman/listinfo/biomod-commits</a><br>
            </div>
          </blockquote>
        </div>
        <br>
        <div>
          <div style="word-wrap: break-word;"><span
              class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate;
              color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size:
              medium; font-style: normal; font-variant: normal;
              font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height:
              normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform:
              none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px;">
              <div style="word-wrap: break-word;">
                <div><span class="Apple-style-span" style="font-size:
                    12px;">
                    <div>--------------------------</div>
                    <div>Dr. Wilfried Thuiller</div>
                    <div>Laboratoire d'Ecologie Alpine, UMR CNRS 5553</div>
                    <div>Universit&eacute; Joseph Fourier</div>
                    <div>BP53, 38041 Grenoble cedex 9, France</div>
                    <div>tel: +33 (0)4 76 51 44 97</div>
                    <div>fax: +33 (0)4 76 51 42 79</div>
                    <div><br>
                    </div>
                    <div>Email:&nbsp;<a moz-do-not-send="true"
                        href="mailto:wilfried.thuiller@ujf-grenoble.fr">wilfried.thuiller@ujf-grenoble.fr</a><br>
                      Home page:&nbsp;<a moz-do-not-send="true"
                        href="http://www.will.chez-alice.fr/">http://www.will.chez-alice.fr</a><br>
                      Website:&nbsp;<a moz-do-not-send="true"
                        href="http://www-leca.ujf-grenoble.fr/equipes/tde.htm">http://www-leca.ujf-grenoble.fr/equipes/tde.htm</a><br>
                      <br>
                      FP6 European MACIS project:&nbsp;<a
                        moz-do-not-send="true"
                        href="http://www.macis-project.net/">http://www.macis-project.net</a><br>
                      FP6 European EcoChange project:&nbsp;<a
                        moz-do-not-send="true"
                        href="http://www.ecochange-project.eu/">http://www.ecochange-project.eu</a></div>
                    <div><br>
                    </div>
                  </span></div>
              </div>
            </span><br class="Apple-interchange-newline">
          </div>
          <br class="Apple-interchange-newline">
          <br class="Apple-interchange-newline">
        </div>
        <br>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    <br>
    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Manuel Sp&iacute;nola, Ph.D.
Instituto Internacional en Conservaci&oacute;n y Manejo de Vida Silvestre
Universidad Nacional
Apartado 1350-3000
Heredia
COSTA RICA
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:mspinola@una.ac.cr">mspinola@una.ac.cr</a>
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:mspinola10@gmail.com">mspinola10@gmail.com</a>
Tel&eacute;fono: (506) 2277-3598
Fax: (506) 2237-7036</pre>
  </body>
</html>