<div dir="ltr"><span style="font-size:12.8px">Dear BaSTA community, </span><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">I'm involved in the same project as Diederik Strubbe on post-fledging survival of a tropical passerine (see <a href="http://lists.r-forge.r-project.org/pipermail/basta-users/2015-August/thread.html" target="_blank">archive</a>). </div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">Nests were monitored until fledging and juveniles were relocated every 5 to 6 days after fledging. </div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">Our input matrix is formatted accordingly : the birthyear is considered the point of fledging and is set to "1" for all individuals. The resighting matrix starts at day 1 and is "0" for all individuals on that day. Day 2 in the matrix is thus the first day after fledging. <a href="https://www.dropbox.com/sh/kk1wztsftfljbw5/AAC4OHKT-pNXepioaR4qf78oa?dl=0">See screenshot</a> from RStudio. </div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">When running the models, we bumped into following questions :</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">(i) <b>Recapture probability</b> is around 10 %. We however did not check for presence/absence of the bird every day after fledging. Usually on the 5th/6th day (range 3-9). This thus underestimates recapture probability dramatically. We noted on the BaSTA website that future versions would include covariates on recapture and recovery probabilities. We could for example add "search effort" as covariate, stating the specific days when we actually looked for that individual. Is there a possibility of trying this out already ?</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">(ii) Our <b>confidence intervals</b> on the mortality rates just after fledging are big. To that extent that it obscures the real shape of the mortality function when added to the graphs. <a href="https://www.dropbox.com/sh/kk1wztsftfljbw5/AAC4OHKT-pNXepioaR4qf78oa?dl=0">See PlotFancyBaSTA with CI and regular plot without CI</a>. Because we only searched for the juveniles some days after fledging, the first resightings are only done on day 3 and later. Is it possible that the particular sampling strategy is on the origin of this big CI's ? </div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">(iii) Based on the lowest DIC from running all basic models (no covariates), we selected the WEIBULL model with a <b>Makeham</b> shape. Adding the Makeham constant avoids creating immortal individuals when having a declining mortality shape (i.e. when 0 < b0 < 1)  by setting a "base mortality". How do we interpret this value when having other shapes (b0 <= 1) ? Why is this in these cases not (partially) embedded within the scale parameter (b1) ?</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">(iv) The <b>serial autocorrelation</b> of most coefficient estimates appears to be rather high (> 0.4). Would you recommend readjusting the thinning argument or other model settings ? Or does this not really effect our estimates and outcome ? </div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">NB : we noticed a discrepancy between the default values in the package versus the ones listed in the BaSTA vignette (niter = 11000, burnin = 1001 and thinning = 20 vs. niter = 50000, burnin = 5001 and thinning = 50). Which settings to you recommend as default values ?</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">We performed all analysis using BaSTA 1.9.4</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">Your feedback and suggestions are greatly appreciated, </div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">Best wishes, </div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">Dries</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">-----</div><div style="font-size:12.8px"><div>Dries Van de Loock</div><div>PhD student</div><div>Terrestrial Ecology Unit</div><div>Department of Biology</div><div>Ghent University</div><div>KL Ledeganckstraat 35</div><div>B-9000 Ghent, Belgium</div><div>Phone: <a href="tel:%2B32%20%280%299%20265%2050%2039" value="+3292655039" target="_blank">+32 (0)9 265 50 39</a></div><div><a href="http://www.ecology.ugent.be/terec/" target="_blank">http://www.ecology.ugent.be/terec/</a></div></div></div>