<div>Hi all,</div>
<div> </div>
<div>I am trying to run analyse a data set with BaSTA but running to a problem whenever I tried to constrain recapture probabilities and or run more than one simulation. It runs perfectly when either is not included. I would appreciate any help.</div>

<div> </div>
<div>Histories<- read.csv("Histories1.csv", header = TRUE)</div>
<div><br>newData<-DataCheck(Histories,studyStart=1988, studyEnd=2000, autofix=rep(1,7), silent = TRUE) #checking for errors</div>
<div><br>rawCovMat<- read.csv("SexAndFarmType.csv", header = TRUE) #inputting covariates</div>
<div><br>covMat <- MakeCovMat(x = c("sex", "farm"), data = rawCovMat) #constructing the covariate matrix for BaSTA, </div>
<div> </div>
<div>inputMat <- as.data.frame(cbind(Histories, covMat[, -1]))   #merging capture histories with covariates<br></div>
<div>out<-basta(object=inputMat,studyStart=1988,studyEnd=2000) #model runs perfectly</div>
<div> </div>
<div>As soon as I add recaptTrans or try multiple simulations then I get an error message:</div>
<div>the error message says: Error in `colnames<-`(`*tmp*`, value = "pi[1987]") : <br>  length of 'dimnames' [2] not equal to array extent</div>
<div> </div>
<div>out<-basta(object=inputMat,studyStart=1987,studyEnd=2000, model = "WE", shape = "simple", minAge = 1, recaptTrans = c(1987, 1995)) # error message<br></div>
<div>out <- basta(object = inputMat, studyStart = 1987, studyEnd = 2000, recaptTrans = c(1987, 1995), model = "GO", shape = "simple", niter = 1000, burnin = 100, thinning = 10, nsim = 2) # error message</div>

<div> </div>
<div>
<div>No problems were detected with the data. # data check </div>
<div> </div>
<div>Best,</div>
<div>Fabiano</div></div>
<div><br><br> </div>
<div class="gmail_quote">2012/4/3 Ezequiel Fabiano <span dir="ltr"><<a href="mailto:chimbioputo@gmail.com" target="_blank">chimbioputo@gmail.com</a>></span><br>
<blockquote style="BORDER-LEFT:#ccc 1px solid;MARGIN:0px 0px 0px 0.8ex;PADDING-LEFT:1ex" class="gmail_quote">Hi all, 
<div><br></div>
<div>I am busy sorting out my data to run with BaSTA. I have a question. In most cases no data in available for pre-emergence litters. How does BaSTA handles this? Or is it similar to ways previously used like in life-tables?</div>

<div><br></div>
<div>Thanks<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br clear="all">
<div>Fabiano</div><br></font></span></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>
<div>Ezequiel C. Fabiano, MEnvDev</div>
<div>PhD student at Pontificia Universidade Catolica do Rio Grande do Sul, Brazil</div>
<div>Senior Research Assistant at Cheetah Conservation Fund, Namibia</div><br>